Trong hoạt động xuất nhập khẩu, việc quản lý và lưu trữ chứng từ không chỉ là vấn đề quản trị nội bộ mà còn là nghĩa vụ pháp lý bắt buộc. Đối với loại hình công ty TNHH hai thành viên trở lên, việc nắm vững quy định về lưu giữ hồ sơ hải quan là yếu tố then chốt để đảm bảo tính tuân thủ và sẵn sàng cho các đợt kiểm tra sau thông quan của cơ quan chức năng.

1. Thời hạn 05 năm: Con số "vàng" doanh nghiệp cần ghi nhớ

Theo quy định tại Luật Hải quan 2014, doanh nghiệp có nghĩa vụ lưu giữ hồ sơ hải quan trong một khoảng thời gian nhất định để phục vụ công tác hậu kiểm. Cụ thể, căn cứ vào khoản 5 Điều 18 Luật Hải quan 2014:

Lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đã được thông quan trong thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác; lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán và các chứng từ khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan trong thời hạn theo quy định của pháp luật về kế toán; xuất trình hồ sơ, cung cấp thông tin, chứng từ liên quan khi cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra theo quy định tại các điều 32, 79 và 82 của Luật này;

Như vậy, dù doanh nghiệp tự làm thủ tục hay thông qua đại lý hải quan, bản chính các chứng từ vẫn phải được bảo quản cẩn thận trong ít nhất 05 năm. Việc thất lạc hồ sơ có thể dẫn đến những mức xử phạt hành chính nặng nề hoặc gặp khó khăn khi giải trình về trị giá hải quan và mã số hàng hóa.

Mẫu tờ khai hải quan và các chứng từ đi kèm cần được lưu trữ khoa học (ảnh minh họa)

2. Danh mục hồ sơ hải quan bắt buộc phải lưu giữ

Không chỉ dừng lại ở tờ khai, hồ sơ hải quan là một tập hợp các chứng từ chứng minh tính hợp pháp và giá trị của lô hàng. Dựa trên hướng dẫn tại Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC), doanh nghiệp cần lưu ý các nhóm chứng từ sau:

• Chứng từ cơ bản: Tờ khai hải quan, Hợp đồng mua bán (Sales Contract), Hóa đơn thương mại (Commercial Invoice), Vận đơn (Bill of Lading).
• Chứng từ chuyên ngành: Giấy phép xuất nhập khẩu, Giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành (kiểm dịch, kiểm tra chất lượng, an toàn thực phẩm).
• Chứng từ ưu đãi và kỹ thuật: Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), tài liệu kỹ thuật, catalogue, bản phân tích thành phần hàng hóa.
• Hồ sơ kế toán: Sổ chi tiết, chứng từ kế toán liên quan đến việc nhập - xuất kho và thanh toán lô hàng.

Đặc biệt, đối với các doanh nghiệp thực hiện loại hình gia công hoặc sản xuất xuất khẩu, hồ sơ còn bao gồm báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư và định mức thực tế sản xuất.

3. Hình thức lưu trữ: Điện tử hay Giấy?

Trong kỷ nguyên chuyển đổi số, cơ quan Hải quan đã triển khai mạnh mẽ hệ thống VNACCS/VCIS. Tuy nhiên, chế độ lưu giữ vẫn yêu cầu sự song hành giữa các hình thức:

• Đối với chứng từ điện tử: Doanh nghiệp phải lưu trữ bản điện tử trên hệ thống máy chủ hoặc các thiết bị lưu trữ đảm bảo tính toàn vẹn của dữ liệu.
• Đối với chứng từ giấy: Các bản chính bằng giấy (như C/O bản gốc, giấy phép bản gốc) phải được lưu trữ vật lý. Trường hợp bản chính đã nộp cho cơ quan hải quan, doanh nghiệp phải lưu giữ bản chụp (copy) có xác nhận.

Việc lưu trữ này không chỉ nhằm mục đích đối chiếu mà còn là căn cứ pháp lý quan trọng nhất khi doanh nghiệp thực hiện các thủ tục hoàn thuế, miễn thuế hoặc giải quyết tranh chấp thương mại quốc tế.

Lời khuyên từ chuyên gia: Các công ty TNHH nên thiết lập một quy trình lưu trữ hồ sơ hải quan tập trung, phân loại theo từng năm và từng loại hình xuất nhập khẩu. Việc ứng dụng các phần mềm quản lý chứng từ sẽ giúp doanh nghiệp dễ dàng truy xuất thông tin khi có yêu cầu kiểm tra đột xuất từ cơ quan Hải quan, từ đó giảm thiểu tối đa các rủi ro pháp lý không đáng có.