Bước sang năm 2026, công tác quản lý tài nguyên nước và bảo vệ môi trường tại Việt Nam chính thức bước vào một kỷ nguyên mới với sự ra đời của hàng loạt chính sách thắt chặt. Một trong những văn bản pháp lý quan trọng nhất, tác động trực tiếp và sâu rộng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của hàng vạn doanh nghiệp chính là Nghị định 346/2025/NĐ-CP quy định phí bảo vệ môi trường đối với nước thải.

Chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026, văn bản này thay thế hoàn toàn cho Nghị định 53/2020/NĐ-CP trước đây. Được ban hành dựa trên các căn cứ pháp lý vững chắc như Luật Phí và lệ phí 2015 và Luật Bảo vệ môi trường 2020, nghị định mới không chỉ thay đổi về mặt kỹ thuật tính toán mà còn thể hiện một tư duy quản lý hoàn toàn khác biệt. Dưới đây là phân tích chuyên sâu về 5 thay đổi cốt lõi mà mọi tổ chức, cá nhân và đặc biệt là cộng đồng doanh nghiệp không thể bỏ qua.

1. Mở rộng danh mục các trường hợp được miễn phí bảo vệ môi trường

Một trong những điểm sáng mang tính nhân văn và khuyến khích phát triển bền vững của quy định mới là việc bổ sung, làm rõ các đối tượng được miễn phí bảo vệ môi trường đối với nước thải. Điều này nhằm hỗ trợ các khu vực có điều kiện khó khăn, đồng thời tạo động lực kinh tế để các doanh nghiệp đầu tư vào công nghệ tuần hoàn, tái sử dụng tài nguyên nước.

Cụ thể, theo quy định tại Điều 5 Nghị định 346/2025/NĐ-CP, các trường hợp được miễn phí bao gồm:

• Nước thải từ nước biển dùng vào sản xuất muối.
• Nước thải sinh hoạt của tổ chức, hộ gia đình, cá nhân ở địa bàn cấp xã có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật đầu tư.
• Nước thải từ hoạt động khai thác khoáng sản theo quy định của pháp luật về địa chất và khoáng sản.
• Nước thải từ hoạt động nuôi trồng thủy sản, hải sản.
• Đặc biệt, nước thải từ hoạt động sản xuất, chế biến của cơ sở được tái sử dụng theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường cũng sẽ không phải chịu phí. Đây là một cú hích cực kỳ lớn, giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí vận hành nếu chủ động đầu tư hệ thống tuần hoàn nước khép kín.

2. Thay đổi tư duy tính phí: Từ "ngưỡng" sang "lượng xả thực tế"

Nếu như trước đây dưới thời kỳ áp dụng Nghị định 53/2020/NĐ-CP, mức phí bảo vệ môi trường thường được tính toán dựa trên các ngưỡng lưu lượng bình quân cố định, dẫn đến tình trạng cào bằng và thiếu công bằng, thì nay Điều 7 Nghị định 346/2025/NĐ-CP đã chuyển dịch hoàn toàn sang phương pháp tính dựa trên lượng xả thải thực tế và mức độ ô nhiễm thực tế.

Sự thay đổi này triệt để tuân thủ nguyên tắc cốt lõi của Luật Bảo vệ môi trường: "Người gây ô nhiễm phải trả tiền và trả tương xứng với mức độ gây ô nhiễm". Cách tính phí được chia làm hai nhóm rõ rệt:

• Đối với các cơ sở không thuộc diện quan trắc: Mức phí được ấn định đơn giản là 1.700 đồng/m3 nhân với tổng lượng nước thải thực tế phát sinh trong quý (được xác định qua đồng hồ đo lưu lượng đầu ra).
• Đối với các cơ sở thuộc diện phải quan trắc: Doanh nghiệp sẽ phải nộp phí dựa trên hàm lượng các chất gây ô nhiễm cụ thể có trong nước thải. Điều này buộc các doanh nghiệp phải vận hành hệ thống xử lý nước thải liên tục và hiệu quả để kéo giảm nồng độ các chất ô nhiễm trước khi xả ra nguồn tiếp nhận, từ đó giảm thiểu số phí phải nộp.

3. Tăng mạnh mức phí đối với các thông số ô nhiễm độc hại

Nhằm tăng cường tính răn đe và buộc các ngành công nghiệp nặng, công nghiệp có nguy cơ ô nhiễm cao phải triệt để xử lý chất thải nguy hại, Nghị định 346/2025/NĐ-CP đã điều chỉnh tăng rất mạnh mức phí đối với các thông số ô nhiễm công nghiệp đặc biệt độc hại. Điển hình như:

• Thủy ngân (Hg): Tăng mạnh từ mức 20 triệu đồng/kg lên mức kỷ lục 55 triệu đồng/kg (tăng gần gấp 3 lần).
• Arsenic (As): Tăng lên mức 1,1 triệu đồng/kg.
• Các thông số thông thường như COD (Nhu cầu oxy hóa học) và TSS (Tổng chất rắn lơ lửng): Cũng ghi nhận mức tăng rõ rệt, phản ánh áp lực quản lý ngày càng lớn đối với các chất hữu cơ và cặn lơ lửng trong nước thải công nghiệp.

Sự điều chỉnh này chắc chắn sẽ làm tăng đáng kể chi phí đối với các doanh nghiệp lơ là trong khâu xử lý nước thải, nhưng đồng thời cũng là phần thưởng xứng đáng cho những đơn vị chấp hành nghiêm túc quy chuẩn môi trường.

4. Thống nhất thời hạn nộp phí hàng quý cho mọi cơ sở

Một điểm nghẽn hành chính trước đây là việc phân chia thời hạn nộp phí: cơ sở quy mô lớn nộp theo quý, trong khi các cơ sở quy mô nhỏ lại nộp theo năm. Điều này gây ra không ít khó khăn trong công tác quản lý thuế và theo dõi dòng tiền của cơ quan chức năng.

Khắc phục bất cập đó, quy định mới tại Điều 8 Nghị định 346/2025/NĐ-CP đã áp dụng một thời hạn thống nhất cho tất cả các cơ sở nộp phí nước thải công nghiệp. Theo đó:

Hằng quý, chậm nhất là ngày 20 của tháng đầu tiên của quý tiếp theo, người nộp phí phải tự xác định số phí phải nộp và hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

Việc thống nhất thời hạn theo quý giúp doanh nghiệp dễ dàng đưa khoản phí này vào kế hoạch tài chính định kỳ, đồng thời giúp cơ quan quản lý dễ dàng giám sát, đối chiếu số liệu.

5. Linh hoạt hình thức nộp phí không dùng tiền mặt

Đồng hành cùng chương trình chuyển đổi số quốc gia và đề án phát triển thanh toán không dùng tiền mặt của Chính phủ, khoản 2 Điều 8 Nghị định 346/2025/NĐ-CP đã mở ra cơ chế thanh toán cực kỳ thông thoáng và tiện lợi cho người dân cũng như doanh nghiệp.

Thay vì phải xếp hàng nộp tiền mặt trực tiếp tại các cơ quan thu phí hay kho bạc, người nộp phí hiện nay được lựa chọn:

• Nộp trực tiếp vào Kho bạc Nhà nước.
• Hoặc nộp cho tổ chức thu phí theo hình thức không dùng tiền mặt (chuyển khoản, thanh toán điện tử) vào tài khoản chuyên thu phí mở tại tổ chức tín dụng của tổ chức thu phí.

Sự linh hoạt này không chỉ giúp tiết kiệm tối đa thời gian, chi phí đi lại cho doanh nghiệp mà còn đảm bảo tính minh bạch, chính xác tuyệt đối trong công tác quản lý nguồn thu ngân sách từ phí bảo vệ môi trường.

Lời khuyên pháp lý dành cho doanh nghiệp từ năm 2026

Trước những thay đổi mang tính bước ngoặt của Nghị định 346/2025/NĐ-CP, các chuyên gia pháp lý khuyến nghị doanh nghiệp cần chủ động thực hiện ngay các biện pháp sau:

1. Rà soát toàn diện hệ thống quan trắc: Kiểm tra độ chính xác của đồng hồ đo lưu lượng nước thải đầu ra và các thiết bị quan trắc tự động (nếu có) để đảm bảo số liệu xả thải thực tế được ghi nhận chính xác, tránh sai lệch dẫn đến bị áp mức phí mặc định bất lợi.
2. Tối ưu hóa quy trình xử lý nước thải: Đầu tư nâng cấp công nghệ xử lý để kéo giảm tối đa nồng độ các chất ô nhiễm độc hại (đặc biệt là kim loại nặng như Thủy ngân, Arsenic), từ đó giảm trực tiếp số phí phải nộp hàng quý.
3. Nghiên cứu phương án tuần hoàn nước: Đánh giá tính khả thi của việc tái sử dụng nước thải trong quy trình sản xuất nội bộ. Đây không chỉ là giải pháp bảo vệ tài nguyên nước mà còn giúp doanh nghiệp được miễn hoàn toàn phí bảo vệ môi trường đối với lượng nước tái sử dụng theo quy định tại Điều 5 Nghị định 346/2025/NĐ-CP.
4. Chấp hành nghiêm túc thời hạn kê khai: Thiết lập quy trình kế toán nội bộ để tự xác định và nộp phí đúng hạn trước ngày 20 của tháng đầu quý sau, tránh các chế tài xử phạt chậm nộp theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

Việc chủ động thích ứng với các quy định mới tại Nghị định 346/2025/NĐ-CP không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật, giảm thiểu rủi ro pháp lý mà còn là cơ hội để khẳng định uy tín, thương hiệu xanh bền vững trên thị trường.