Từ ngày 01/7/2026, một trong những thay đổi quan trọng nhất trong công tác quản lý hải quan và ưu đãi đầu tư chính thức có hiệu lực. Theo đó, chủ dự án có hàng hóa nhập khẩu miễn thuế thuộc trường hợp phải thông báo Danh mục miễn thuế với cơ quan hải quan bắt buộc phải thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế định kỳ hằng năm. Quy định mới này nhằm siết chặt quản lý, tránh thất thu ngân sách nhà nước và đảm bảo hàng hóa ưu đãi được sử dụng đúng mục đích cam kết.

Trách nhiệm và phương thức thông báo của chủ dự án

Căn cứ quy định tại khoản 1 Điều 29 Thông tư 86/2026/TT-BTC, chủ dự án có trách nhiệm báo cáo chi tiết về tình hình sử dụng các loại máy móc, thiết bị, nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã được miễn thuế. Việc thông báo phải tuân thủ nghiêm ngặt các chỉ tiêu thông tin quy định.

Doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong hai phương thức nộp báo cáo sau:

• Phương thức điện tử: Thực hiện khai báo trực tuyến theo các chỉ tiêu thông tin tại Mẫu số 10 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 86/2026/TT-BTC thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Đây là phương thức được khuyến khích nhằm tối ưu hóa thủ tục hành chính và rút ngắn thời gian xử lý.
• Phương thức giấy: Trong trường hợp hệ thống gặp sự cố hoặc chưa đáp ứng, doanh nghiệp gửi văn bản theo Mẫu số 33 Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC trực tiếp đến cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế.

Doanh nghiệp chủ động thực hiện khai báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế qua hệ thống điện tử (ảnh minh họa)

Thời hạn nộp thông báo hằng năm và các mốc thời gian bối cảnh

Về thời hạn thực hiện, định kỳ hằng năm, trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính, tổ chức, cá nhân phải hoàn thành việc thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế trong năm tài chính đó cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế.

Nghĩa vụ thông báo này được thực hiện liên tục cho đến khi:

1. Doanh nghiệp đã nhập khẩu hết toàn bộ hàng hóa theo Danh mục miễn thuế đã thông báo với cơ quan hải quan; hoặc
2. Danh mục miễn thuế đã hết hiệu lực theo quy định của pháp luật.

Quy định đối với dự án đã kết thúc nhập khẩu hoặc danh mục hết hiệu lực

Một điểm cực kỳ lưu ý đối với các chủ đầu tư là ngay cả khi dự án đã kết thúc nhập khẩu hàng hóa theo Danh mục miễn thuế, hoặc Danh mục miễn thuế đã hết hiệu lực, nghĩa vụ báo cáo vẫn chưa chấm dứt hoàn toàn.

Cụ thể, tổ chức, cá nhân vẫn phải tiếp tục thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế định kỳ 03 năm một lần, kể từ năm kết thúc nhập khẩu hoặc năm hết hiệu lực của Danh mục miễn thuế. Thời hạn nộp báo cáo vẫn là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

Nghĩa vụ báo cáo định kỳ 03 năm này chỉ thực sự chấm dứt khi:

• Dự án đầu tư chấm dứt hoạt động theo quy định của pháp luật về đầu tư;
• Toàn bộ hàng hóa miễn thuế đã được tái xuất khẩu ra khỏi lãnh thổ Việt Nam;
• Hàng hóa được thay đổi mục đích sử dụng được miễn thuế, chuyển tiêu thụ nội địa hoặc tiến hành tiêu hủy theo quy định hải quan.

Xử lý các trường hợp thay đổi mục đích sử dụng và chuyển nhượng dự án

Trong quá trình hoạt động, nếu doanh nghiệp phát sinh nhu cầu thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa đã được miễn thuế hoặc chuyển tiêu thụ nội địa, người nộp thuế không được tự ý thực hiện mà phải đăng ký tờ khai hải quan mới, kê khai và nộp đủ các loại thuế phát sinh theo quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016.

Đối với trường hợp chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư cho tổ chức, cá nhân khác, trách nhiệm báo cáo sẽ được chuyển giao. Tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng dự án có trách nhiệm tiếp tục thực hiện nghĩa vụ thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu định kỳ theo đúng quy định pháp luật hiện hành.

Giới hạn thời gian báo cáo đối với một số trường hợp đặc thù

Bên cạnh quy định chung, đối với các trường hợp miễn thuế nhập khẩu quy định tại Điều 15, Điều 23 Nghị định 134/2016/NĐ-CP và một số trường hợp đặc thù khác theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, việc thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế phải được thực hiện hằng năm trong thời hạn 05 năm liên tục.

Sau khi kết thúc thời hạn 05 năm nêu trên, nếu doanh nghiệp vẫn còn nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu đã được miễn thuế nhưng chưa sử dụng hết, thì trong thời hạn 30 ngày, chủ dự án bắt buộc phải đăng ký tờ khai hải quan mới, thực hiện kê khai và nộp thuế theo quy định.

Hệ quả pháp lý khi vi phạm quy định thông báo

Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận thông báo Danh mục miễn thuế sẽ tiến hành kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế tại trụ sở của chủ dự án trên cơ sở áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro.

Nếu doanh nghiệp không thực hiện thông báo đúng hạn, hoặc kết quả kiểm tra thực tế của cơ quan hải quan xác định hàng hóa miễn thuế sử dụng sai mục đích, không đủ điều kiện miễn thuế, cơ quan hải quan sẽ tiến hành ấn định thuế, xử phạt vi phạm hành chính và áp dụng các biện pháp cưỡng chế nghiêm khắc theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Do đó, các doanh nghiệp và chủ đầu tư dự án cần chủ động rà soát, xây dựng quy trình theo dõi tài sản, hàng hóa nhập khẩu miễn thuế chặt chẽ để đảm bảo tuân thủ đúng bối cảnh pháp lý mới từ ngày 01/7/2026.