Việc sáp nhập đơn vị hành chính kéo theo những thay đổi lớn trong bộ máy Đoàn TNCS Hồ Chí Minh. Hướng dẫn 65-HD/TWĐTN-TCKT năm 2025 đã đưa ra lộ trình cụ thể về việc kết thúc hoạt động và chuyển giao tổ chức Đoàn tại các địa phương thực hiện sắp xếp.