Kê khai hóa đơn thay thế vào kỳ nào là đúng luật?

Trong hoạt động kế toán doanh nghiệp, việc phát hiện hóa đơn điện tử đã lập có sai sót sau khi đã kết thúc kỳ kê khai là tình huống không hiếm gặp. Tuy nhiên, việc xử lý hóa đơn thay thế khác kỳ như thế nào để vừa đảm bảo đúng quy định tại Thông tư 78/2021/TT-BTC, vừa tránh được các rủi ro pháp lý về thuế là điều mà nhiều kế toán còn lúng túng.

Căn cứ theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, khi hóa đơn điện tử có sai sót về các chỉ tiêu quan trọng (như mã số thuế, số tiền, thuế suất...), người nộp thuế có quyền lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc lập hóa đơn thay thế.

"b) Trường hợp có sai: mã số thuế; sai sót về số tiền ghi trên hóa đơn, sai về thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng thì có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn điện tử như sau: ... lập hóa đơn điện tử mới thay thế cho hóa đơn điện tử có sai sót..."

Vấn đề cốt lõi mà các doanh nghiệp thường gặp phải là: Hóa đơn thay thế phát sinh ở kỳ này nhưng hóa đơn gốc lại ở kỳ trước, vậy phải kê khai vào đâu?

Theo nguyên tắc xác định thời điểm phát sinh thuế GTGT tại Thông tư 219/2013/TT-BTC, nghĩa vụ thuế gắn liền với thời điểm lập hóa đơn gốc (thời điểm chuyển giao hàng hóa/dịch vụ). Do đó, khi lập hóa đơn thay thế làm thay đổi nghĩa vụ thuế đã kê khai, doanh nghiệp bắt buộc phải lập tờ khai bổ sung cho kỳ có hóa đơn bị sai sót, thay vì kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn thay thế.

Hướng dẫn chi tiết cách kê khai bổ sung

Việc kê khai bổ sung được thực hiện dựa trên quy định tại khoan 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 và khoan 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Cụ thể:

• Trường hợp sai sót không làm thay đổi tiền thuế: Doanh nghiệp chỉ cần nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu liên quan.
• Trường hợp làm tăng số thuế phải nộp: Doanh nghiệp lập tờ khai bổ sung cho kỳ gốc, nộp đủ số tiền thuế thiếu và tiền chậm nộp (nếu có).
• Trường hợp làm tăng/giảm số thuế khấu trừ: Điều chỉnh tại chỉ tiêu [37] hoặc [38] trên tờ khai của kỳ phát hiện sai sót.

Ví dụ minh họa thực tế

Giả sử Công ty A xuất hóa đơn số 01 vào tháng 11/2025 với số tiền 10 triệu đồng và đã kê khai thuế tháng 11. Đến tháng 01/2026, kế toán phát hiện hóa đơn số 01 sai đơn giá, thực tế phải là 15 triệu đồng. Kế toán lập hóa đơn thay thế số 05 vào ngày 15/01/2026.

Cách xử lý: Kế toán không kê khai hóa đơn số 05 vào tờ khai tháng 01/2026. Thay vào đó, kế toán phải vào tờ khai tháng 11/2025 để lập Tờ khai bổ sung (KHBS), điều chỉnh tăng doanh thu và thuế GTGT đầu ra tương ứng với phần chênh lệch 5 triệu đồng.

Bảng tra cứu nhanh các chỉ tiêu cần điều chỉnh

Việc tuân thủ đúng quy trình kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ không chỉ giúp doanh nghiệp minh bạch trong sổ sách kế toán mà còn là lá chắn vững chắc trước các đợt thanh kiểm tra của cơ quan thuế. Nếu có bất kỳ vướng mắc nào về quy trình kỹ thuật trên phần mềm, kế toán nên chủ động tham khảo ý kiến từ cơ quan thuế quản lý trực tiếp.