Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 69/2025/TT-BTC ngày 01/07/2025 nhằm quy định chi tiết một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và hướng dẫn thi hành Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Trong bối cảnh quản lý thuế có nhiều bước chuyển biến hiện nay, rất nhiều kế toán, quản lý doanh nghiệp thắc mắc: Thông tư 69/2025/TT-BTC còn hiệu lực thi hành không? Bài viết dưới đây sẽ phân tích toàn diện tình trạng pháp lý, nội dung trọng tâm cũng như danh mục văn bản bị thay thế để người nộp thuế áp dụng chính xác.

1. Thông tư 69/2025/TT-BTC còn hiệu lực thi hành không?

Tính đến thời điểm hiện tại, Thông tư 69/2025/TT-BTC vẫn đang CÒN HIỆU LỰC THI HÀNH. Văn bản này bắt đầu có hiệu lực kể từ ngày 01/07/2025 và chưa từng bị đình chỉ, sửa đổi, bổ sung hay bãi bỏ bởi bất kỳ văn bản quy phạm pháp luật nào khác của Bộ Tài chính hay cơ quan có thẩm quyền.

Việc ban hành thông tư này là bước hoàn thiện quan trọng hệ thống chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) mới, bảo đảm tính đồng bộ với hệ thống văn bản quy phạm pháp luật được Quốc hội và Chính phủ thông qua. Do đó, người nộp thuế, doanh nghiệp, tổ chức và cá nhân hoạt động kinh doanh tại Việt Nam tiếp tục áp dụng các quy định tại thông tư này khi thực hiện nghĩa vụ thuế GTGT.

2. Những nội dung pháp lý quan trọng được quy định tại Thông tư 69/2025/TT-BTC

Căn cứ theo quy định tại Điều 1 Thông tư 69/2025/TT-BTC, văn bản này tập trung hướng dẫn chuyên sâu các nghiệp vụ quản lý thuế GTGT then chốt mà doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm:

• Hồ sơ, thủ tục xác định đối tượng không chịu thuế GTGT: Chi tiết tại Điều 3 Thông tư 69/2025/TT-BTC, hướng dẫn lập chứng từ, giấy tờ xác minh cho hàng hóa, dịch vụ không thuộc diện chịu thuế GTGT.
• Hồ sơ, thủ tục áp dụng mức thuế suất 0%: Quy định cụ thể tại Điều 4 Thông tư 69/2025/TT-BTC đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, hoạt động vận tải quốc tế và hàng hóa bán cho khu phi thuế quan.
• Phân loại danh mục hàng hóa, dịch vụ tính thuế theo tỷ lệ %: Xác định nhóm đối tượng kinh doanh áp dụng phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng.
• Chứng từ nộp thuế GTGT thay mặt nhà thầu nước ngoài: Quy định về nghĩa vụ kê khai, khấu trừ và nộp thuế đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc phát sinh thu nhập tại Việt Nam.
• Phương pháp xác định số thuế GTGT được hoàn: Hướng dẫn chi tiết cách tính số thuế GTGT đầu vào được hoàn đối với hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ cũng như hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ áp dụng mức thuế suất 5%.

Đặc biệt, trong quá trình thực hiện kiểm tra, thanh tra thuế, khi cơ quan quản lý nhà nước có yêu cầu, người nộp thuế bắt buộc phải xuất trình bộ hồ sơ chứng minh điều kiện được hưởng thuế suất 0% theo các quy định của Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Đối với giao dịch xuất khẩu hàng hóa qua các sàn thương mại điện tử xuyên biên giới hoặc các trường hợp giao dịch đặc thù khác, người nộp thuế phải chuẩn bị và xuất trình chứng từ kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào hợp lệ để đảm bảo quyền lợi về hoàn thuế.

3. Danh sách các văn bản pháp luật bị thay thế hoặc bãi bỏ từ ngày 01/07/2025

Một trong những điểm quan trọng nhất người làm công tác kế toán - thuế cần lưu ý là hiệu lực bãi bỏ văn bản. Căn cứ theo khoản 2 Điều 10 Thông tư 69/2025/TT-BTC, các văn bản sau đây chính thức HẾT HIỆU LỰC thi hành kể từ ngày 01/07/2025:

• Thông tư 219/2013/TT-BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng.
• Thông tư 193/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung Thông tư 219/2013/TT-BTC.
• Thông tư 173/2016/TT-BTC sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
• Thông tư 82/2018/TT-BTC bãi bỏ ví dụ 37 điểm a.4 khoản 10 Điều 7 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
• Thông tư 43/2021/TT-BTC sửa đổi, bổ sung khoản 11 Điều 10 Thông tư 219/2013/TT-BTC.
• Thông tư 13/2023/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 49/2022/NĐ-CP.

Đồng thời, theo khoản 3 Điều 10 Thông tư 69/2025/TT-BTC, một số điều khoản, chương liên quan đến thuế GTGT tại các thông tư tài chính khác cũng chính thức bị bãi bỏ để đảm bảo tính nhất quán.

4. Khuyên dùng cho doanh nghiệp và người nộp thuế

Do hệ thống pháp luật thuế GTGT đã có sự thay đổi quy mô lớn, khi tra cứu chính sách áp dụng cho kỳ kê khai thuế hiện tại, người nộp thuế KHÔNG sử dụng các quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC cũ mà phải căn cứ trực tiếp vào bộ ba văn bản có hiệu lực hiện hành:

1. Luật Thuế giá trị gia tăng 2024;
2. Nghị định 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ;
3. Thông tư 69/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính.

Việc nắm rõ và tuân thủ các quy định tại Thông tư 69/2025/TT-BTC giúp doanh nghiệp hạn chế tối đa rủi ro bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính, đồng thời tối ưu hóa quyền lợi khấu trừ và hoàn thuế GTGT theo đúng quy định pháp luật.