Một trong những nỗi lo lớn nhất của người dân khi thực hiện chuyển mục đích sử dụng đất trong các giai đoạn giao thời chính sách là nguy cơ bị tính tiền thuế đắt hơn so với quy định mới. Để bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp chính đáng cho người sử dụng đất, Bộ Tài chính đã ban hành hướng dẫn quan trọng khẳng định: Nếu số tiền sử dụng đất sau khi xác định lại thấp hơn số tiền đã nộp, người dân chắc chắn được Nhà nước hoàn trả khoản chênh lệch này.

Quyền lợi chính đáng của hộ gia đình, cá nhân khi tính lại tiền sử dụng đất

Nhằm tháo gỡ các vướng mắc phát sinh từ thực tiễn thi hành nghĩa vụ tài chính đất đai, Bộ Tài chính đã phát đi Công văn 10657/BTC-QLCS ngày 21/7/2026 gửi UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cùng Cục Thuế các địa phương về việc triển khai thực hiện Nghị định 50/2026/NĐ-CP. Điểm tựa pháp lý vững chắc cho hướng dẫn này dựa trên tinh thần cốt lõi của Luật Đất đai 2024 nhằm minh bạch hóa công tác thu nghĩa vụ tài chính và bảo vệ tối đa lợi ích của công dân.

Cụ thể, Bộ Tài chính viện dẫn khoản 2 Điều 12 Nghị định 50/2026/NĐ-CP quy định chi tiết về xử lý chuyển tiếp đối với hộ gia đình, cá nhân đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định cho phép chuyển mục đích sử dụng đất thuộc các trường hợp tại Điều 6 Nghị định này trong khoảng thời gian từ ngày 01/8/2024 đến trước ngày 01/01/2026. Đây là giai đoạn chuyển tiếp quan trọng khi hệ thống bảng giá đất và cơ chế xác định giá đất có những bước điều chỉnh lớn.

"Theo quy định chuyển tiếp tại Nghị định 50/2026/NĐ-CP, người sử dụng đất thuộc đối tượng điều chỉnh được quyền đề nghị tính lại tiền sử dụng đất theo chính sách mới. Trường hợp số tiền sử dụng đất sau khi xác định lại thấp hơn số tiền đã nộp theo thông báo của cơ quan thuế thì người sử dụng đất được Nhà nước hoàn trả số tiền chênh lệch."

Trường hợp nào được hoàn lại tiền và cơ chế xử lý chênh lệch ra sao?

Hướng dẫn tại Công văn 10657/BTC-QLCS đã phân định rõ hai nhóm trường hợp thực tế mà người dân thường gặp phải khi thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đai:

• Trường hợp nộp một phần nghĩa vụ tài chính: Theo điểm c khoản 2 Điều 12 Nghị định 50/2026/NĐ-CP, đối với những hộ gia đình, cá nhân mới nộp một phần tiền sử dụng đất theo thông báo trước đây của cơ quan thuế, khi tiến hành tính lại theo cơ chế mới, nếu số tiền phải nộp mới nhỏ hơn số tiền thực tế đã nộp vào ngân sách, phần chênh lệch dư ra sẽ được cơ quan thẩm quyền hoàn trả lại đầy đủ.
• Trường hợp đã hoàn tất 100% nghĩa vụ tài chính: Theo điểm d khoản 2 Điều 12 Nghị định 50/2026/NĐ-CP, ngay cả với những công dân đã tuân thủ chấp hành nộp đủ 100% số tiền sử dụng đất theo thông báo thuế ban đầu vẫn hoàn toàn có quyền đề nghị cơ quan thuế và cơ quan tài nguyên môi trường xác định lại. Nếu số tiền tính lại thấp hơn số đã nộp, Nhà nước sẽ làm thủ tục hoàn trả phần tiền nộp thừa cho người dân.

Phương thức hoàn trả tiền sử dụng đất nộp thừa theo hướng dẫn của Bộ Tài chính

Về quy trình và cơ chế hoàn trả, Bộ Tài chính nhấn mạnh nguyên tắc bù trừ linh hoạt và thuận tiện cho người nộp thuế, tuân thủ đúng định hướng của Luật Quản lý thuế 2019. Việc xử lý khoản tiền chênh lệch được thực hiện theo thứ tự ưu tiên rõ ràng như sau:

1. Khấu trừ vào nghĩa vụ đất đai hiện tại hoặc tương lai: Số tiền chênh lệch nộp thừa trước hết sẽ được ưu tiên bù trừ trực tiếp vào các khoản nghĩa vụ tài chính còn nợ hoặc phát sinh mới về tiền sử dụng đất, tiền thuê đất của chính người sử dụng đất đó.
2. Khấu trừ vào các khoản thuế, phí khác: Trong trường hợp người dân không còn phát sinh bất kỳ nghĩa vụ nào liên quan đến tiền sử dụng đất hay tiền thuê đất, khoản tiền dư sẽ được trừ vào các nghĩa vụ tài chính khác còn nợ (như thuế thu nhập cá nhân, lệ phí trước bạ, thuế sử dụng đất phi nông nghiệp...) theo quy định chung của pháp luật quản lý thuế.
3. Hoàn trả trực tiếp bằng tiền mặt hoặc chuyển khoản: Nếu người sử dụng đất đã hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ tài chính và không còn bất kỳ khoản nợ thuế hay lệ phí nào khác để bù trừ, cơ quan thuế sẽ lập hồ sơ hoàn trả trực tiếp bằng tiền từ Ngân sách Nhà nước cho người dân theo quy định hiện hành về quản lý ngân sách.

Tình huống thực tế minh họa quyền lợi của người dân

Để giúp bạn đọc dễ hình dung, hãy xét tình huống giả định của hộ gia đình ông Nguyễn Văn A (ngụ tại TP. Hồ Chí Minh). Vào tháng 9/2025, gia đình ông A được cho phép chuyển mục đích sử dụng 100m² đất vườn sang đất ở. Tại thời điểm đó, theo thông báo của cơ quan thuế, số tiền sử dụng đất ông A phải nộp là 500 triệu đồng và ông A đã nộp đủ 500 triệu đồng vào Kho bạc Nhà nước.

Đến giữa năm 2026, áp dụng chính sách tính lại tiền sử dụng đất theo Nghị định 50/2026/NĐ-CP và hướng dẫn tại Công văn 10657/BTC-QLCS, số tiền sử dụng đất cho diện tích 100m² của gia đình ông A được xác định lại chỉ còn 410 triệu đồng. Như vậy, số tiền ông A đã nộp cao hơn số tiền tính lại là 90 triệu đồng. Do gia đình ông A không còn nợ bất kỳ khoản thuế nào khác, cơ quan thuế sẽ thực hiện thủ tục hoàn trả trực tiếp 90 triệu đồng tiền mặt/chuyển khoản cho gia đình ông A từ ngân sách.

Chỉ đạo khẩn trương từ Bộ Tài chính đối với các địa phương

Tại Công văn 10657/BTC-QLCS, Bộ Tài chính đề nghị Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khẩn trương chỉ đạo các sở, ngành liên quan (Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Cục Thuế) phối hợp chặt chẽ, rà soát toàn bộ các hồ sơ chuyển mục đích sử dụng đất trong giai đoạn từ 01/8/2024 đến trước 01/01/2026.Các địa phương có nhiệm vụ hoàn thiện nhanh chóng quy trình chuyên môn, rút ngắn thời gian xử lý thủ tục hành chính để tiến hành tính lại và hoàn trả khoản tiền chênh lệch đúng thời hạn, không để xảy ra tình trạng nhũng nhiễu hay kéo dài thời gian, qua đó bảo đảm tối đa quyền và lợi ích hợp pháp của người dân trên cả nước.