Khi doanh nghiệp rơi vào tình trạng tạm ngừng hoạt động hoặc bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, nhiều chủ doanh nghiệp lầm tưởng rằng nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế cũng nghiễm nhiên chấm dứt. Tuy nhiên, theo quy định pháp luật quản lý thuế hiện hành, việc ở trạng thái 03 (ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế) hay trạng thái 06 (không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký) không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp được hoàn toàn miễn trừ nghĩa vụ thuế. Việc nắm rõ các bước xử lý nghĩa vụ thuế trong từng trường hợp là cực kỳ quan trọng để tránh phát sinh các khoản phạt vi phạm hành chính nặng nề hoặc bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế thuế.

1. Doanh nghiệp ở trạng thái 03 có phải nộp hồ sơ khai thuế hay không?

Mã số thuế ở trạng thái 03 phản ánh tình trạng người nộp thuế đã tạm ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành toàn bộ thủ tục đóng mã số thuế (chấm dứt hiệu lực mã số thuế) tại cơ quan thuế. Trong giai đoạn chuyển tiếp này, pháp luật quy định doanh nghiệp bắt buộc phải hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ thuế còn tồn đọng, bao gồm việc rà soát, nộp bổ sung các hồ sơ khai thuế còn thiếu và thực hiện quyết toán thuế đúng thời hạn.

Căn cứ theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 và hướng dẫn tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp phải thực hiện rà soát các kỳ khai thuế kể từ thời điểm chính thức thành lập và đi vào hoạt động cho đến thời điểm có quyết định giải thể hoặc chấm dứt hoạt động. Danh mục hồ sơ phải rà soát bao gồm:

• Thuế Giá trị gia tăng (GTGT): Nộp đầy đủ tờ khai GTGT của các kỳ tính thuế (tháng hoặc quý). Trường hợp kỳ tính thuế chưa đến hạn nhưng đã phát sinh sự kiện giải thể, doanh nghiệp vẫn phải xác định kỳ tính thuế cuối cùng để kê khai tới thời điểm giải thể. Ví dụ: Doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo tháng và thông qua quyết định giải thể vào giữa tháng 6 thì vẫn phải lập và nộp tờ khai thuế GTGT cho kỳ tháng 6 hoặc quý 2 tương ứng.
• Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) & Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN): Trong thời hạn chậm nhất là 45 ngày kể từ ngày xảy ra sự kiện giải thể, chấm dứt hoạt động, doanh nghiệp phải nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN (mẫu số 03/TNDN) kèm theo báo cáo tài chính đến thời điểm chấm dứt hoạt động. Với thuế TNCN từ tiền lương, tiền công, nếu doanh nghiệp có phát sinh chi trả thu nhập thì phải kê khai quyết toán thuế TNCN (và quyết toán thay cho cá nhân có ủy quyền), bất kể trong năm đó có phát sinh khấu trừ thuế hay không.
• Các khoản thuế, phí khác: Lệ phí môn bài, thuế nhà thầu nước ngoài, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế tài nguyên, các khoản thu về đất... cũng phải được rà soát và nộp đầy đủ tờ khai còn thiếu (nếu có).

Quy trình 6 bước xử lý nghĩa vụ thuế đối với doanh nghiệp ở trạng thái 03

Để hoàn thành việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế một cách hợp pháp và suôn sẻ, doanh nghiệp cần tuân thủ tiến trình các bước sau:

1. Bước 1: Rà soát tổng thể nghĩa vụ tài chính và hồ sơ khai thuế
   Doanh nghiệp tiến hành rà soát nội bộ trước khi thông qua nghị quyết giải thể. Thực hiện kiểm tra hồ sơ thuế GTGT, TNDN, TNCN; rà soát hóa đơn điện tử đã phát hành, điều chỉnh, hủy bỏ theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP; tập hợp đầy đủ sổ sách kế toán.
2. Bước 2: Thông qua và nộp quyết định giải thể
   Gửi nghị quyết/quyết định giải thể doanh nghiệp đến Cơ quan Đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
3. Bước 3: Theo dõi trạng thái mã số thuế
   Theo dõi thông báo chính thức từ cơ quan thuế về việc người nộp thuế ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế (chuyển sang trạng thái 03).
4. Bước 4: Hoàn thành nghĩa vụ quyết toán và nộp tiền thuế
   Nộp đầy đủ hồ sơ quyết toán thuế TNDN, TNCN trong vòng 45 ngày; phối hợp giải trình, kiểm tra quyết toán với cơ quan thuế; nộp nợ thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt (nếu có).
5. Bước 5: Nhận thông báo hoàn thành nghĩa vụ thuế
   Cơ quan thuế ban hành Thông báo người nộp thuế hoàn thành nghĩa vụ thuế (Mẫu 18/TB-ĐKT).
6. Bước 6: Nộp hồ sơ giải thể chính thức
   Nộp hồ sơ đăng ký giải thể doanh nghiệp tại Cơ quan Đăng ký kinh doanh để xóa tên doanh nghiệp khỏi CSDL quốc gia.

2. Nghĩa vụ kê khai thuế đối với doanh nghiệp ở trạng thái 06

Trạng thái 06 được áp dụng đối với người nộp thuế bị cơ quan thuế ra Thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký sau quá trình kiểm tra, xác minh thực địa. Khi bị đưa vào trạng thái 06, toàn bộ hóa đơn của doanh nghiệp bị ngừng sử dụng, mã số thuế bị khóa tạm thời. Tùy thuộc vào định hướng của người quản lý doanh nghiệp, các phương án xử lý nghĩa vụ thuế được quy định cụ thể như sau:

• Trường hợp 1: Muốn giải thể, chấm dứt hoạt động hoàn toàn
  Doanh nghiệp phải nộp văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế (Mẫu 24/ĐKT) gửi cơ quan thuế quản lý. Đồng thời, doanh nghiệp có nghĩa vụ nộp toàn bộ hồ sơ khai thuế còn thiếu, hồ sơ quyết toán thuế tính đến thời điểm chấm dứt hoạt động, xử lý tình hình sử dụng hóa đơn và chấp hành đầy đủ các quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
• Trường hợp 2: Muốn khôi phục mã số thuế để tiếp tục kinh doanh
  Doanh nghiệp nộp Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế (Mẫu 25/ĐKT) gửi cơ quan thuế trực tiếp. Để được khôi phục, người nộp thuế bắt buộc phải phối hợp với cơ quan thuế xác minh lại địa chỉ trụ sở, nộp đầy đủ tất cả các hồ sơ khai thuế còn thiếu của các kỳ chưa kê khai, thanh toán toàn bộ tiền thuế nợ, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính.
• Trường hợp 3: Doanh nghiệp bỏ mặc, không thực hiện xử lý
  Nếu người nộp thuế chọn giải pháp im lặng, doanh nghiệp vẫn sẽ bị duy trì ở trạng thái 06 trên hệ thống quản lý thuế quốc gia. Điều này dẫn đến hậu quả pháp lý nghiêm trọng: cơ quan thuế sẽ áp dụng các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế (như trích tiền từ tài khoản ngân hàng, phong tỏa tài khoản, ngưng sử dụng hóa đơn, tạm hoãn xuất cảnh đối với người đại diện theo pháp luật...). Tùy thuộc vào tính chất và quy mô của số tiền thuế nợ, cá nhân quản lý điều hành có thể bị truy cứu trách nhiệm theo quy định của pháp luật.

3. Lời khuyên pháp lý cho chủ doanh nghiệp

Tóm lại, dù doanh nghiệp đang nằm ở trạng thái 03 hay trạng thái 06, yêu cầu bắt buộc và tiên quyết từ cơ quan thuế là doanh nghiệp phải hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế và quyết toán thuế. Doanh nghiệp tuyệt đối không nên bỏ mặc nghĩa vụ thuế vì việc chậm nộp hồ sơ khai thuế sẽ làm phát sinh tiền phạt chậm nộp từ vài triệu đến hàng chục triệu đồng cho mỗi tờ khai theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đồng thời kéo theo rủi ro pháp lý cho người đại diện pháp luật khi muốn thành lập hoặc đứng tên ở các doanh nghiệp mới.