Trong bối cảnh nền kinh tế hội nhập, các tập đoàn đa quốc gia và doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài phát sinh giao dịch liên kết ngày càng nhiều. Tuy nhiên, việc thực thi đúng các quy định về quản lý thuế đối với loại hình giao dịch này vẫn là một thách thức lớn đối với nhiều kế toán và chủ doanh nghiệp.

Nghĩa vụ kê khai thông tin giao dịch liên kết: Không thể lơ là

Theo quy định tại khoản 3 Điều 18 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp phát sinh giao dịch liên kết có nghĩa vụ kê khai thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết theo các Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này. Các thông tin này phải được nộp cùng với Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm.

Cụ thể, bộ hồ sơ kê khai bao gồm:

• Phụ lục I: Thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết.
• Phụ lục II: Danh mục các thông tin, tài liệu cần cung cấp tại Hồ sơ quốc gia.
• Phụ lục III: Danh mục các thông tin, tài liệu cần cung cấp tại Hồ sơ toàn cầu.

Những trường hợp "đặc biệt" được miễn trừ nghĩa vụ

Không phải mọi doanh nghiệp có giao dịch liên kết đều phải lập hồ sơ xác định giá. Pháp luật hiện hành quy định một số trường hợp được miễn trừ để giảm bớt gánh nặng thủ tục hành chính. Đáng chú ý, Nghị định 20/2025/NĐ-CP vừa qua đã có những điều chỉnh quan trọng về phạm vi và điều kiện áp dụng.

Doanh nghiệp có thể được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết nếu thuộc một trong các trường hợp sau:

• Tổng doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng trong kỳ tính thuế.
• Doanh nghiệp đã ký kết Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA).
• Doanh nghiệp thực hiện kinh doanh với chức năng đơn giản, không phát sinh doanh thu/chi phí từ tài sản vô hình và có doanh thu dưới 200 tỷ đồng, đồng thời đạt tỷ suất lợi nhuận thuần theo quy định.

Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết: Lưu giữ sao cho đúng?

Đối với các doanh nghiệp không thuộc diện miễn trừ, việc lập và lưu giữ Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết là bắt buộc. Hồ sơ này phải được lập trước thời điểm kê khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hàng năm. Đặc biệt, khái niệm về "Công ty mẹ tối cao" cần được hiểu đúng theo quy định tại khoản 26 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019:

"Công ty mẹ tối cao là công ty thuộc tập đoàn đa quốc gia có quyền kiểm soát, quyền sở hữu trực tiếp hoặc gián tiếp tại các công ty, tổ chức khác của một tập đoàn đa quốc gia, không bị kiểm soát, sở hữu bởi bất kỳ công ty, tổ chức nào khác..."

Chế tài xử phạt: Lời cảnh tỉnh cho doanh nghiệp

Việc lơ là hoặc cố tình không kê khai thông tin giao dịch liên kết có thể dẫn đến những hậu quả pháp lý nghiêm trọng. Căn cứ theo quy định tại điểm d khoản 4 Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hành vi không nộp các phụ lục theo quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết kèm theo hồ sơ quyết toán thuế có thể bị phạt tiền từ 8.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng.

Ngoài việc bị xử phạt hành chính, doanh nghiệp còn đối mặt với rủi ro bị cơ quan thuế ấn định thuế nếu không cung cấp được hồ sơ chứng minh giá giao dịch liên kết phù hợp với nguyên tắc giao dịch thị trường. Do đó, việc chủ động rà soát và thực hiện đúng nghĩa vụ kê khai là cách tốt nhất để bảo vệ quyền lợi của doanh nghiệp.