Việc lựa chọn phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) không chỉ là một thủ tục hành chính đơn thuần mà còn là bài toán kinh tế quan trọng đối với mọi doanh nghiệp, đặc biệt là loại hình công ty hợp danh. Tùy vào quy mô doanh thu và khả năng quản lý hóa đơn, chứng từ mà doanh nghiệp có thể áp dụng phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp.

Các phương pháp tính thuế giá trị gia tăng hiện nay

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, hiện nay có hai phương pháp chính để xác định số thuế GTGT phải nộp vào ngân sách nhà nước:

1. Phương pháp khấu trừ thuế

Đây là phương pháp phổ biến nhất, cho phép doanh nghiệp bù trừ số thuế GTGT đầu vào (khi mua hàng hóa, dịch vụ) với số thuế GTGT đầu ra (khi bán hàng hóa, dịch vụ). Công thức tính cụ thể như sau:

Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra – Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Trong đó, số thuế GTGT đầu ra được tính dựa trên tổng số thuế ghi trên hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Ngược lại, thuế đầu vào được xác định dựa trên hóa đơn mua vào hợp lệ hoặc chứng từ nộp thuế hàng nhập khẩu.

2. Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng

Phương pháp này thường áp dụng cho các doanh nghiệp có quy mô nhỏ hoặc kinh doanh các mặt hàng đặc thù như vàng, bạc, đá quý. Có hai cách tính trong phương pháp này:

• Tính trực tiếp trên GTGT: Áp dụng cho hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc. Số thuế = (Giá thanh toán bán ra - Giá thanh toán mua vào tương ứng) x Thuế suất.
• Tính theo tỷ lệ % trên doanh thu: Áp dụng cho doanh nghiệp có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng hoặc không thực hiện đầy đủ chế độ kế toán.

Đối tượng nào được tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ?

Căn cứ theo Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC, các doanh nghiệp mới thành lập hoặc có doanh thu dưới 1 tỷ đồng vẫn có thể đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ nếu đáp ứng các điều kiện sau:

• Doanh nghiệp đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới 1 tỷ đồng nhưng thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách.
• Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc thiết bị hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.
• Doanh nghiệp nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu.

Thủ tục đăng ký phương pháp tính thuế GTGT năm 2026

Hiện nay, thủ tục đăng ký đã được đơn giản hóa đáng kể. Cơ quan thuế sẽ xác định phương pháp tính thuế dựa trên loại tờ khai mà doanh nghiệp nộp trong kỳ đầu tiên:

• Nếu áp dụng phương pháp khấu trừ: Doanh nghiệp nộp Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT hoặc 02/GTGT (đối với dự án đầu tư).
• Nếu áp dụng phương pháp trực tiếp: Doanh nghiệp nộp Tờ khai thuế GTGT mẫu số 03/GTGT (vàng bạc) hoặc 04/GTGT (tỷ lệ % doanh thu).

Lưu ý rằng, doanh nghiệp không cần nộp hồ sơ chứng minh điều kiện tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ ngay từ đầu, nhưng phải lưu giữ hồ sơ để xuất trình khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.

Lời khuyên từ chuyên gia pháp lý

Đối với các công ty hợp danh, việc áp dụng phương pháp khấu trừ thường mang lại lợi thế lớn nếu doanh nghiệp có nhiều chi phí đầu vào hợp lệ (có hóa đơn GTGT). Tuy nhiên, điều này đòi hỏi hệ thống kế toán phải chuyên nghiệp và minh bạch. Ngược lại, phương pháp trực tiếp sẽ phù hợp hơn với các đơn vị có quy mô nhỏ, ít chi phí đầu vào hoặc khó kiểm soát hóa đơn từ nhà cung cấp.