Trong quá trình vận hành doanh nghiệp, đặc biệt là với các công ty cổ phần mới thành lập, việc xác định đúng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một bước đi chiến lược. Nó không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định pháp luật mà còn tối ưu hóa chi phí thuế đầu vào. Vậy có những phương pháp nào và thủ tục đăng ký ra sao?

Các phương pháp tính thuế GTGT hiện nay

Căn cứ theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và hướng dẫn tại Thông tư 219/2013/TT-BTC, hiện nay có hai phương pháp tính thuế chính:

1. Phương pháp khấu trừ thuế

Đây là phương pháp phổ biến nhất đối với các doanh nghiệp có quy mô lớn và hệ thống kế toán hoàn chỉnh. Theo Điều 10 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, số thuế GTGT phải nộp được xác định như sau:

Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra – Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Phương pháp này cho phép doanh nghiệp trừ đi số thuế đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ sản xuất kinh doanh, từ đó giảm bớt gánh nặng tài chính.

2. Phương pháp tính trực tiếp trên GTGT

Phương pháp này thường áp dụng cho các doanh nghiệp có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng hoặc các hoạt động đặc thù như mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý. Theo Điều 11 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, số thuế phải nộp được tính bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu hoặc giá trị gia tăng tùy trường hợp cụ thể.

Đối tượng và điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ tự nguyện

Nhiều doanh nghiệp mới thành lập băn khoăn liệu mình có được áp dụng phương pháp khấu trừ ngay từ đầu hay không. Câu trả lời là CÓ, nếu doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện tự nguyện đăng ký.

Cụ thể, các doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc thiết bị hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh đều có thể chủ động lựa chọn phương pháp khấu trừ để tận dụng lợi thế về thuế đầu vào.

Trình tự, thủ tục đăng ký phương pháp tính thuế GTGT

Một điểm mới quan trọng mà các kế toán cần lưu ý là sự thay đổi trong thủ tục hành chính nhằm đơn giản hóa cho doanh nghiệp. Theo Thông tư 93/2017/TT-BTC, doanh nghiệp không còn phải nộp mẫu 06/GTGT để đăng ký phương pháp tính thuế như trước đây.

Thay vào đó, cơ quan thuế sẽ căn cứ vào loại tờ khai thuế GTGT mà doanh nghiệp nộp tại kỳ khai thuế đầu tiên để xác định phương pháp áp dụng:

• Nếu nộp Tờ khai mẫu số 01/GTGT hoặc 02/GTGT: Doanh nghiệp được xác định áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Nếu nộp Tờ khai mẫu số 03/GTGT hoặc 04/GTGT: Doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp.

Việc này giúp giảm bớt một bước thủ tục rườm rà, tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho các công ty cổ phần mới đi vào hoạt động.

Lời khuyên từ chuyên gia pháp lý

Doanh nghiệp cần cân nhắc kỹ mô hình kinh doanh của mình. Nếu khách hàng của bạn chủ yếu là các doanh nghiệp khác (B2B), việc áp dụng phương pháp khấu trừ sẽ giúp khách hàng của bạn cũng được khấu trừ thuế, từ đó tăng tính cạnh tranh. Ngược lại, nếu bán lẻ cho người tiêu dùng cuối cùng (B2C) với quy mô nhỏ, phương pháp trực tiếp có thể giúp đơn giản hóa công tác kế toán.

Đừng quên lưu trữ đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ để sẵn sàng xuất trình khi cơ quan thuế kiểm tra, bởi đây là căn cứ duy nhất để bảo vệ quyền lợi khấu trừ thuế của doanh nghiệp bạn.