Quyết toán thuế TNDN đối với các hợp đồng xây dựng kéo dài qua nhiều năm luôn là bài toán hóc búa đối với các doanh nghiệp xây dựng. Việc xác định thời điểm ghi nhận doanh thu, chi phí giá vốn sao cho đúng quy định pháp luật hiện hành, tránh rủi ro bị truy thu thuế là mối quan tâm hàng đầu của các nhà quản lý tài chính doanh nghiệp.

Để tháo gỡ những vướng mắc thực tế này, cơ quan thuế đã ban hành Công văn 6304/QLNT hướng dẫn chi tiết về cơ chế ghi nhận doanh thu - chi phí giá vốn và quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các hợp đồng xây dựng kéo dài qua nhiều năm. Hướng dẫn này được xây dựng dựa trên các căn cứ pháp lý cốt lõi tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025.

Quyết toán thuế TNDN đối với hoạt động xây dựng đòi hỏi sự chính xác trong việc đối chiếu doanh thu và chi phí (ảnh minh họa)

1. Nguyên tắc xác định doanh thu tính thuế TNDN đối với hoạt động xây dựng

Theo hướng dẫn tại Mục 4 Công văn 6304/QLNT, việc xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế đối với hoạt động xây dựng được thực hiện nghiêm ngặt theo quy định tại điểm k khoản 3 Điều 8 Nghị định 320/2025/NĐ-CP về doanh thu để tính thu nhập chịu thuế.

Cụ thể, đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được phân loại rõ ràng theo phương thức thực hiện hợp đồng:

• Trường hợp xây dựng, lắp đặt có bao thầu nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị: Doanh thu tính thuế là giá trị công trình, giá trị hạng mục công trình hoặc giá trị khối lượng công trình xây dựng, lắp đặt được nghiệm thu, bao gồm cả giá trị nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị đi kèm.
• Trường hợp xây dựng, lắp đặt không bao thầu nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị: Doanh thu tính thuế là giá trị công trình, hạng mục công trình hoặc khối lượng công trình nghiệm thu không bao gồm giá trị nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị do chủ đầu tư cung cấp.

Như vậy, đối với các hợp đồng xây dựng thực hiện trong nhiều năm, doanh nghiệp không được trì hoãn việc khai thuế cho đến khi toàn bộ công trình hoàn thành bàn giao. Thay vào đó, doanh nghiệp cần căn cứ vào giá trị công trình, hạng mục công trình hoặc khối lượng hoàn thành đã được nghiệm thu theo từng giai đoạn để xác định doanh thu tính thuế TNDN kịp thời trong kỳ tính thuế tương ứng.

Doanh nghiệp cần bám sát khối lượng nghiệm thu thực tế để ghi nhận doanh thu tính thuế (ảnh minh họa)

2. Xác định chi phí được trừ tương ứng với doanh thu nghiệm thu

Song song với việc ghi nhận doanh thu, việc xác định chính xác các khoản chi phí được trừ khi tính thu nhập chịu thuế cũng là một thách thức lớn. Doanh nghiệp xây dựng phải thực hiện theo quy định tại Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP về các khoản chi được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.

Nguyên tắc cơ bản là chi phí được trừ phải liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ mức quy định trở lên. Đối với dự án kéo dài nhiều năm, chi phí giá vốn phải được phân bổ tương ứng với phần doanh thu đã nghiệm thu ghi nhận trong kỳ, tránh tình trạng "doanh thu đi trước, chi phí theo sau" hoặc ngược lại, dẫn đến việc bóp méo kết quả kinh doanh và bị cơ quan thuế xuất toán khi thanh tra.

3. Một số hướng dẫn quan trọng khác về chính sách thuế năm 2026

Bên cạnh nội dung về quyết toán thuế TNDN ngành xây dựng, Công văn 6304/QLNT cũng tổng hợp các văn bản trả lời hướng dẫn Hiệp hội Doanh nghiệp Đầu tư nước ngoài về nhiều vấn đề nóng hổi khác liên quan đến chính sách thuế thực tế:

(1) Hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu vào kho ngoại quan: Đối với các lô hàng xuất khẩu vào kho ngoại quan trước ngày 01/7/2025, việc hoàn thuế GTGT đầu vào được thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn số 6167/CT-QLNT ngày 22/8/2026.

(2) Xử lý chi phí thuê lại lao động và rà soát chi phí vi phạm pháp luật chuyên ngành: Các vướng mắc về chi phí thuê lại lao động phát sinh trước năm 2025 và việc loại trừ các khoản chi do vi phạm pháp luật chuyên ngành được hướng dẫn cụ thể tại Công văn 3705/CT-CS ngày 05/6/2026 và Công văn 5200/CT-CS ngày 24/7/2026.

(3) Xử lý hóa đơn của nhà cung cấp bỏ địa chỉ kinh doanh: Đối với trường hợp hóa đơn của nhà cung cấp bị phân loại rủi ro cao hoặc bỏ địa chỉ kinh doanh sau thời điểm giao dịch thực tế, doanh nghiệp thực hiện rà soát, giải trình theo hướng dẫn tại Công văn số 4727/CT-QLTT để bảo vệ quyền lợi khấu trừ thuế và tính chi phí được trừ.

(4) Hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên vật liệu nhập khẩu tại chỗ: Việc hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên vật liệu nhập khẩu tại chỗ đã được đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu 100% ra nước ngoài được thực hiện theo Công văn 20723/CHQ-NVTHQ ngày 21/8/2026.

Ngoài ra, liên quan đến việc hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ cung cấp tại khu vực cách ly sân bay và thuế GTGT đối với dịch vụ cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất, Cục Thuế đã chuyển hồ sơ đến Cục Quản lý, giám sát chính sách thuế, phí và lệ phí thuộc Bộ Tài chính để chủ trì giải quyết và trả lời bằng văn bản riêng.

4. Lời khuyên thiết thực cho kế toán doanh nghiệp xây dựng

Để đảm bảo an toàn pháp lý và tối ưu hóa nghĩa vụ thuế, các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xây dựng cần lưu ý:

• Thường xuyên đối chiếu biên bản nghiệm thu khối lượng hoàn thành với hóa đơn GTGT đã xuất để đảm bảo tính đồng bộ về thời điểm ghi nhận doanh thu tính thuế TNDN.
• Thiết lập hệ thống kế toán quản trị chi tiết theo từng công trình, hạng mục công trình để theo dõi sát sao chi phí dở dang (tài khoản 154), phục vụ cho việc kết chuyển giá vốn tương ứng với doanh thu nghiệm thu một cách chính xác nhất.
• Chủ động rà soát danh sách nhà cung cấp định kỳ nhằm phát hiện sớm các doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh hoặc có rủi ro cao về hóa đơn, từ đó có phương án chuẩn bị hồ sơ giải trình kịp thời với cơ quan thuế.