Việc cơ quan thuế thông báo kiểm tra tại trụ sở luôn là nỗi lo lắng thường trực của nhiều chủ doanh nghiệp. Tuy nhiên, nếu nắm vững quy trình và các quy định pháp lý hiện hành, doanh nghiệp hoàn toàn có thể chủ động phối hợp và đảm bảo quyền lợi hợp pháp của mình.

Khi nào doanh nghiệp lọt vào "tầm ngắm" của cơ quan thuế?

Không phải ngẫu nhiên mà một doanh nghiệp bị kiểm tra tại trụ sở. Theo quy định tại Quy trình ban hành kèm theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023, các trường hợp phổ biến bao gồm:

• Kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề: Ưu tiên các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế hoặc đã quá 05 năm chưa được thanh tra, kiểm tra.
• Dấu hiệu vi phạm pháp luật: Khi cơ quan thuế phát hiện các bất thường trong hồ sơ khai thuế hoặc có đơn thư tố cáo.
• Trường hợp đặc biệt: Doanh nghiệp thực hiện chia, tách, sáp nhập, giải thể hoặc chuyển địa điểm kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan quản lý thuế.
• Kiểm tra hoàn thuế: Đảm bảo tính chính xác trước hoặc sau khi hoàn thuế giá trị gia tăng.

Quy trình kiểm tra thuế tại trụ sở: Từ công bố đến thực thi

Việc kiểm tra thuế không được thực hiện tùy tiện mà phải tuân thủ nghiêm ngặt trình tự pháp lý gồm hai giai đoạn chính.

Giai đoạn 1: Công bố Quyết định kiểm tra thuế

Trong thời hạn chậm nhất là 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Quyết định, đoàn kiểm tra phải tiến hành làm việc tại doanh nghiệp. Trưởng đoàn có trách nhiệm công bố quyết định, giải thích nội dung và quyền hạn của các bên. Kết quả của buổi làm việc đầu tiên này là Biên bản công bố quyết định kiểm tra theo mẫu quy định tại Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Giai đoạn 2: Thực hiện kiểm tra thực tế

Đây là giai đoạn quan trọng nhất, nơi đoàn kiểm tra sẽ đối chiếu chứng từ kế toán, sổ sách và báo cáo tài chính. Doanh nghiệp cần lưu ý:

• Cung cấp tài liệu: Phải cung cấp hồ sơ trong vòng 06 giờ làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu. Nếu chậm trễ hoặc không đầy đủ, doanh nghiệp có thể bị xử phạt theo Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.
• Dữ liệu điện tử: Nếu sử dụng phần mềm kế toán, doanh nghiệp chỉ cần cung cấp dữ liệu điện tử có định dạng thông dụng mà không bắt buộc phải in ra giấy.
• Tạm giữ tài liệu: Trong trường hợp nghi ngờ trốn thuế, cơ quan thuế có quyền tạm giữ tang vật theo quy định tại Điều 112 Luật Quản lý thuế 2019.

"Trường hợp cần phải tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế có Quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tiền, đồ vật, giấy phép..."

Những lưu ý "vàng" để doanh nghiệp vượt qua kỳ kiểm tra suôn sẻ

Trong quá trình kiểm tra, nếu doanh nghiệp tự phát hiện sai sót và chủ động khai bổ sung, nộp đủ tiền thuế thiếu vào ngân sách, đoàn kiểm tra sẽ ghi nhận để giảm nhẹ mức độ xử lý vi phạm theo Luật Quản lý thuế 2019.

Nếu phạm vi kiểm tra quá lớn hoặc nội dung phức tạp, Trưởng đoàn có thể đề xuất gia hạn kiểm tra (không quá 01 lần và không quá 10 ngày làm việc). Kết thúc quá trình, hai bên sẽ ký Biên bản xác nhận số liệu. Đây là căn cứ pháp lý quan trọng nhất để ban hành Kết luận kiểm tra sau này.

Lời khuyên pháp lý: Doanh nghiệp nên cử cán bộ kế toán am hiểu luật và có thái độ hợp tác tốt với đoàn kiểm tra. Việc nắm vững quy trình tại Quyết định 970/QĐ-TCT sẽ giúp quý vị bảo vệ quyền lợi của mình một cách tối ưu nhất.