Việc lựa chọn phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) không chỉ đơn thuần là một thủ tục hành chính khi thành lập doanh nghiệp, mà còn là bài toán kinh tế quan trọng ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền và lợi nhuận. Đối với các Công ty TNHH hai thành viên trở lên, việc nắm vững quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và các văn bản hướng dẫn là chìa khóa để tối ưu hóa nghĩa vụ thuế.

Phân biệt các phương pháp tính thuế GTGT hiện hành

Theo quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC, hiện nay có hai phương pháp tính thuế chính mà doanh nghiệp cần lưu ý:

1. Phương pháp khấu trừ thuế

Đây là phương pháp phổ biến nhất, cho phép doanh nghiệp trừ số thuế GTGT đầu vào (khi mua hàng hóa, dịch vụ) vào số thuế GTGT đầu ra (khi bán hàng hóa, dịch vụ). Công thức xác định như sau:

Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Phương pháp này đặc biệt có lợi cho các doanh nghiệp có chi phí đầu vào lớn và đầy đủ hóa đơn hợp pháp, giúp giảm bớt gánh nặng tài chính thực tế.

2. Phương pháp tính trực tiếp trên GTGT

Phương pháp này thường áp dụng cho các doanh nghiệp có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng hoặc các đơn vị kinh doanh vàng, bạc, đá quý. Số thuế phải nộp được tính bằng tỷ lệ % trực tiếp trên doanh thu hoặc trên giá trị gia tăng của hàng hóa bán ra.

Đối tượng và điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ tự nguyện

Nhiều doanh nghiệp mới thành lập băn khoăn liệu mình có được áp dụng phương pháp khấu trừ ngay từ đầu hay không. Theo Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC, doanh nghiệp có thể tự nguyện đăng ký nếu đáp ứng các điều kiện về tài sản cố định, máy móc thiết bị hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh ổn định.

Ví dụ thực tế: Một Công ty TNHH mới thành lập chuyên về sản xuất bao bì, dù doanh thu chưa đạt ngưỡng 1 tỷ đồng nhưng nếu đã đầu tư hệ thống máy in trị giá hàng trăm triệu đồng, công ty hoàn toàn nên đăng ký phương pháp khấu trừ để được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào từ việc mua máy móc.

Thủ tục đăng ký: Bước ngoặt từ Thông tư 93/2017/TT-BTC

Một trong những cải cách hành chính quan trọng nhất là việc ban hành Thông tư 93/2017/TT-BTC. Theo đó, doanh nghiệp không còn phải nộp mẫu 06/GTGT để đăng ký phương pháp tính thuế như trước đây.

Thay vào đó, phương pháp tính thuế sẽ được xác định dựa trên loại tờ khai thuế mà doanh nghiệp nộp cho cơ quan thuế:

• Nếu nộp tờ khai mẫu số 01/GTGT hoặc 02/GTGT: Doanh nghiệp mặc định áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Nếu nộp tờ khai mẫu số 03/GTGT hoặc 04/GTGT: Doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp.

Sự thay đổi này giúp giảm bớt gánh nặng thủ tục, tuy nhiên đòi hỏi kế toán phải cực kỳ cẩn trọng khi lựa chọn mẫu tờ khai trong kỳ đầu tiên, vì đây chính là hành động xác lập phương pháp tính thuế cho cả năm tài chính.

Lời khuyên từ chuyên gia pháp lý

Đối với các Công ty TNHH hai thành viên trở lên, việc lựa chọn phương pháp tính thuế cần dựa trên đặc thù ngành nghề. Nếu khách hàng của bạn chủ yếu là các doanh nghiệp khác (B2B), phương pháp khấu trừ là bắt buộc để bạn có thể xuất hóa đơn GTGT, giúp khách hàng của bạn cũng được khấu trừ thuế. Ngược lại, nếu kinh doanh nhỏ lẻ trực tiếp đến người tiêu dùng (B2C), phương pháp trực tiếp có thể giúp đơn giản hóa sổ sách kế toán.

Đừng quên lưu trữ đầy đủ chứng từ mua sắm tài sản cố định và hợp đồng thuê kho bãi để xuất trình khi cơ quan thuế kiểm tra điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ tự nguyện.