Trong quá trình mở rộng quy mô sản xuất kinh doanh, việc triển khai các dự án đầu tư mới là bước đi chiến lược của nhiều doanh nghiệp tư nhân. Tuy nhiên, làm thế nào để thực hiện đúng thủ tục khai thuế Giá trị gia tăng (GTGT) cho dự án đầu tư nhằm tối ưu hóa dòng tiền và đảm bảo quyền lợi hoàn thuế là bài toán không hề đơn giản. Bài viết dưới đây sẽ cập nhật những quy định mới nhất theo Thông tư 80/2021/TT-BTC và Luật Quản lý thuế 2019.

Hồ sơ khai thuế GTGT dự án đầu tư gồm những gì?

Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) phải lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư.

1. Đối với dự án đầu tư tính thuế theo phương pháp khấu trừ

Đây là trường hợp phổ biến nhất. Hồ sơ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư bao gồm:

• Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư: Sử dụng Mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.
• Các chứng từ, hóa đơn hàng hóa dịch vụ mua vào phục vụ trực tiếp cho dự án đầu tư.
• Văn bản ủy quyền (nếu người thực hiện thủ tục không phải là đại diện pháp luật của doanh nghiệp).

Các dự án đầu tư mới cần được kê khai thuế đúng quy định để đảm bảo quyền lợi hoàn thuế (ảnh minh họa)

2. Đối với dự án đầu tư tính thuế theo phương pháp trực tiếp

Trường hợp này ít gặp hơn, hồ sơ sẽ sử dụng Mẫu số 03/GTGT. Tuy nhiên, đa số các doanh nghiệp tư nhân có dự án đầu tư quy mô lớn thường lựa chọn phương pháp khấu trừ để được hưởng chính sách hoàn thuế GTGT cho tài sản cố định.

Quy trình nộp hồ sơ và nguyên tắc bù trừ thuế

Việc nộp hồ sơ khai thuế GTGT dự án đầu tư phụ thuộc vào địa điểm triển khai dự án so với trụ sở chính của doanh nghiệp.

Trường hợp dự án cùng tỉnh, thành phố với trụ sở chính

Doanh nghiệp lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính. Điểm mấu chốt cần lưu ý là doanh nghiệp phải thực hiện bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.

Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được bù trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp được xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư theo quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP.

Trường hợp dự án khác tỉnh, thành phố với trụ sở chính

Đây là nội dung có nhiều thay đổi quan trọng trong các văn bản hướng dẫn mới:

• Nếu thành lập Chi nhánh/Ban quản lý dự án: Đơn vị này phải đăng ký thuế, có con dấu riêng và thực hiện kê khai, nộp hồ sơ thuế GTGT tại cơ quan thuế địa phương nơi có dự án đầu tư.
• Nếu không thành lập Chi nhánh/Ban quản lý dự án: Doanh nghiệp vẫn lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư (Mẫu 02/GTGT) và nộp tại cơ quan thuế nơi đóng trụ sở chính, nhưng phải nộp bảng phân bổ số thuế GTGT cho địa phương nơi có dự án.

Xử lý thuế GTGT khi dự án đi vào hoạt động

Khi dự án đầu tư hoàn thành và đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, chủ dự án phải thực hiện các thủ tục bàn giao:

• Tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế đã hoàn và số thuế chưa được hoàn của dự án.
• Trường hợp thành lập pháp nhân mới từ dự án đầu tư, chủ dự án bàn giao số thuế GTGT chưa được hoàn cho doanh nghiệp mới để tiếp tục kê khai và đề nghị hoàn thuế.

Lời khuyên từ chuyên gia: Việc kê khai sai mẫu tờ khai hoặc không thực hiện đúng nguyên tắc bù trừ có thể dẫn đến việc bị từ chối hoàn thuế hoặc bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Doanh nghiệp cần rà soát kỹ các điều kiện hoàn thuế tại Điều 72 Luật Quản lý thuế 2019 để đảm bảo hồ sơ minh bạch và chính xác.