Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư là một quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp, giúp tái tạo nguồn vốn và giảm bớt gánh nặng tài chính trong giai đoạn đầu triển khai. Tuy nhiên, thực tế cho thấy không ít đơn vị gặp khó khăn trong việc xác định điều kiện và hoàn thiện hồ sơ theo đúng bối cảnh pháp lý hiện hành (tháng 04/2021).

Chuyên gia tài chính rà soát hồ sơ hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư (ảnh minh họa)

1. Đối tượng và điều kiện được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Theo quy định tại khoản 3 Điều 13 Luật Thuế giá trị gia tăng (được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 106/2016/QH13), cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ được hoàn thuế trong các trường hợp sau:

• Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
• Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố) đang trong giai đoạn đầu tư.

Điều kiện về số thuế tối thiểu: Số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết phải từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.

"Cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới... đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng."

Các dự án đầu tư hạ tầng quy mô lớn thường phát sinh số thuế GTGT đầu vào rất cao (ảnh minh họa)

2. Thủ tục kê khai khi kết thúc giai đoạn đầu tư

Một điểm quan trọng mà doanh nghiệp cần lưu ý là thời điểm chuyển giao giữa giai đoạn đầu tư và giai đoạn sản xuất kinh doanh. Theo hướng dẫn tại Thông tư 130/2016/TT-BTC, quy trình thực hiện như sau:

• Trường hợp đã kê khai: Trên tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (Mẫu 02/GTGT) tại kỳ tính thuế kết thúc giai đoạn đầu tư, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai vào chỉ tiêu “Thuế GTGT đầu vào còn lại của dự án đầu tư đề nghị hoàn”.
• Trường hợp chưa kê khai: Nếu tại kỳ tính thuế kết thúc giai đoạn đầu tư mà doanh nghiệp chưa kê khai chỉ tiêu đề nghị hoàn, thì phải thực hiện kê khai bổ sung theo quy định tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

3. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế cần chuẩn bị

Để đảm bảo hồ sơ được xét duyệt nhanh chóng, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các chứng từ theo quy định tại Thông tư 156/2013/TT-BTC (vẫn có hiệu lực cho các thủ tục chưa thay đổi bởi Luật Quản lý thuế 2019):

1. Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước (Mẫu 01/HT).
2. Các chứng từ, hóa đơn mua vào hợp lệ liên quan trực tiếp đến dự án đầu tư.
3. Chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với các hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên.
4. Giấy chứng nhận đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư.

4. Lời khuyên từ chuyên gia pháp lý

Trong bối cảnh năm 2021, khi các quy định về quản lý thuế tại Nghị định 126/2020/NĐ-CP bắt đầu đi vào thực tiễn, doanh nghiệp cần đặc biệt chú trọng đến tính chính xác của các chỉ tiêu trên tờ khai bổ sung. Việc kê khai sai lệch không chỉ dẫn đến chậm trễ trong việc nhận tiền hoàn thuế mà còn có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Nếu doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết dưới 300 triệu đồng, số thuế này sẽ được kết chuyển sang kỳ tiếp theo để khấu trừ tiếp vào số thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh sau khi dự án đi vào hoạt động.