Từ ngày 14/10/2025, quy trình hoàn thuế của doanh nghiệp sẽ có những thay đổi đáng kể về thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ. Việc nắm rõ cơ quan thuế nào có trách nhiệm giải quyết sẽ giúp người nộp thuế tiết kiệm thời gian và tránh những sai sót pháp lý không đáng có.

Làm rõ thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế theo quy định mới

Bộ Tài chính vừa ban hành Thông tư 94/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư 80/2021/TT-BTC. Trong đó, nội dung đáng chú ý nhất là việc sửa đổi khoan 2 Điều 27 Thông tư 80/2021/TT-BTC về trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Theo quy định mới, trách nhiệm này được phân định cụ thể cho ba nhóm trường hợp chính:

• Cơ quan thuế quản lý trực tiếp: Tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho hầu hết các trường hợp thông thường, trừ các dự án đầu tư đặc thù.
• Cục Thuế tỉnh, thành phố: Có trách nhiệm đối với các dự án đầu tư mà người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) tại nơi có dự án theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định 126/2020/NĐ-CP.
• Trường hợp giải thể, phá sản: Cơ quan thuế quản lý trực tiếp sẽ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Sự khác biệt so với quy định cũ

Trước đây, quy định tại khoan 2 Điều 27 Thông tư 80/2021/TT-BTC cũ chỉ nêu chung chung:

“2. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.”

Việc thiếu chi tiết này đôi khi gây ra sự lúng túng cho doanh nghiệp có dự án đầu tư tại địa phương khác với trụ sở chính. Với Thông tư 94/2025/TT-BTC, thẩm quyền đã được làm rõ, giúp tránh tình trạng chồng chéo hoặc đùn đẩy trách nhiệm giữa các cấp thuế.

Đáp ứng yêu cầu cải cách bộ máy ngành Thuế

Việc điều chỉnh này không chỉ đơn thuần là thay đổi thủ tục hành chính mà còn nhằm phù hợp với mô hình tổ chức mới của ngành Thuế. Theo Nghị định 166/2025/NĐ-CP, bộ máy ngành Thuế đang được tinh gọn theo hướng "Thuế cơ sở" và "Thuế tỉnh/thành phố".

Lời khuyên cho doanh nghiệp: Trước khi nộp hồ sơ hoàn thuế, đặc biệt là hoàn thuế cho dự án đầu tư, kế toán cần kiểm tra kỹ địa điểm khai thuế GTGT của dự án để xác định đúng cơ quan tiếp nhận là Cục Thuế tỉnh hay Chi cục Thuế quản lý trực tiếp. Việc nộp đúng địa chỉ ngay từ đầu sẽ giúp quy trình thẩm định và hoàn tiền diễn ra suôn sẻ, hỗ trợ dòng vốn cho hoạt động kinh doanh.