Từ ngày 01/7/2026, các quy định mới về quản lý thuế và hóa đơn điện tử bắt đầu đi vào thực thi đồng bộ với sự xuất hiện của Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Đối với hàng triệu hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh trên cả nước, việc chuyển đổi số và áp dụng hóa đơn điện tử không chỉ là tuân thủ nghĩa vụ pháp luật mà còn là bước ngoặt sống còn trong minh bạch hoạt động thương mại. Tuy nhiên, quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử lần đầu hiện nay đã được thắt chặt bằng cơ chế đối chiếu tự động với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư kết hợp nhận diện sinh trắc học, khiến không ít hộ kinh doanh băn khoăn về quy trình và các tiêu chí rủi ro cao dẫn đến việc bị từ chối hồ sơ.

1. Toàn bộ quy trình 4 bước đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử lần đầu cho hộ kinh doanh

Căn cứ theo quy định chi tiết tại khoản 2 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC, quy trình xem xét và phê duyệt đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử lần đầu đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh được triển khai qua các giai đoạn chặt chẽ như sau:

Bước 1: Hệ thống thuế tự động đối chiếu thông tin định danh và sinh trắc học

Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ thời điểm tiếp nhận Tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử của người nộp thuế, Hệ thống thông tin quản lý thuế của cơ quan thuế sẽ tự động thực hiện rà soát, đối chiếu thông tin của người đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh với kho dữ liệu đăng ký thuế, cơ sở dữ liệu đăng ký doanh nghiệp và đặc biệt là kết nối trực tiếp với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư hoặc Hệ thống định danh và xác thực điện tử.

Điểm mới đáng chú ý nhất là quá trình đối chiếu này có thể bao gồm cả việc xác thực thông tin sinh trắc học của người đại diện theo quy định pháp luật về định danh và xác thực điện tử nhằm ngăn chặn tình trạng mượn căn cước công dân hoặc lập hộ kinh doanh "ma":

• Trường hợp dữ liệu không khớp: Hệ thống quản lý thuế sẽ tự động phản hồi thông báo từ chối chấp nhận hồ sơ, nêu rõ từng nội dung sai lệch, chưa trùng khớp để người nộp thuế chủ động cập nhật, chỉnh sửa lại thông tin đăng ký thuế ban đầu.
• Trường hợp dữ liệu hoàn toàn trùng khớp: Hệ thống tự động kích hoạt và gửi thông báo kèm mã xác nhận bảo mật đến địa chỉ thư điện tử (email) hoặc số điện thoại di động chính chủ đã đăng ký của người đại diện hộ kinh doanh.

Lưu ý đặc biệt về thời hạn: Người đại diện hộ kinh doanh bắt buộc phải thực hiện thao tác xác nhận trực tuyến ngay trong ngày làm việc tiếp nhận thông báo hoặc chậm nhất vào ngày làm việc tiếp theo. Nếu quá thời hạn nêu trên mà người nộp thuế không xác nhận hoặc thực hiện xác nhận không thành công, cơ quan thuế sẽ lập tức phát hành thông báo không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.

Hộ kinh doanh thực hiện thao tác trên hệ thống hóa đơn điện tử kết nối dữ liệu thuế (ảnh minh họa)

Bước 2: Cơ quan thuế ban hành Thông báo chấp nhận đăng ký (nếu đủ điều kiện chuẩn)

Nếu người nộp thuế đã hoàn tất thủ tục xác nhận đúng thời hạn trên Hệ thống thông tin quản lý thuế và đồng thời kết quả đối chiếu tự động xác định hộ kinh doanh không nằm trong danh sách các trường hợp có dấu hiệu rủi ro, cơ quan thuế quản lý trực tiếp sẽ phát hành Thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử chậm nhất vào ngày làm việc tiếp theo.

Ngược lại, hệ thống sẽ tự động chuyển sang chế độ giám sát đặc biệt và không được phê duyệt chấp nhận ngay nếu người nộp thuế rơi vào một trong các tình huống sau:

• Người đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hiện đồng thời đứng tên đại diện cho một tổ chức, doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh khác đang có mã số thuế ở tình trạng "không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký";
• Người nộp thuế đã thông báo ngừng kinh doanh nhưng chưa hoàn thành dứt điểm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định;
• Hộ kinh doanh đang làm thủ tục tạm ngừng kinh doanh nhưng vẫn còn nợ đọng nghĩa vụ thuế, tiền phạt hoặc tiền chậm nộp;
• Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc người đại diện đang có lịch sử hành vi vi phạm pháp luật về thuế, hóa đơn, chứng từ;
• Người nộp thuế rơi vào diện phân loại có mức độ rủi ro cao theo quy định tại Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Bước 3: Quy trình giải trình và xác minh thực tế đối với trường hợp có rủi ro

Trong trường hợp các dữ liệu đối chiếu danh tính là chính xác và người nộp thuế đã xác nhận kịp thời, nhưng hệ thống phân tích quản lý rủi ro phát hiện các dấu hiệu bất thường, thì trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đăng ký, cơ quan thuế sẽ chủ động áp dụng một trong hai biện pháp nghiệp vụ:

1. Ban hành văn bản yêu cầu người nộp thuế giải trình, cung cấp bổ sung thông tin, hồ sơ, tài liệu chứng minh địa điểm, ngành nghề và nguồn vốn kinh doanh;
2. Tổ chức đoàn công tác kiểm tra, xác minh hoạt động kinh doanh thực tế ngay tại địa chỉ trụ sở/địa điểm kinh doanh đã đăng ký.

Khi nhận được văn bản yêu cầu, người nộp thuế phải khẩn trương gửi văn bản giải trình và hồ sơ bổ sung trong thời hạn tối đa là 03 ngày làm việc. Việc chậm trễ giải trình sẽ trực tiếp dẫn đến nguy cơ bị đình chỉ phê duyệt.

Bước 4: Trả kết quả chấp nhận hoặc từ chối đăng ký hóa đơn điện tử

Dựa trên kết quả xem xét tài liệu giải trình bổ sung hoặc biên bản xác minh thực địa tại cơ sở kinh doanh:

• Trường hợp chấp thuận: Cơ quan thuế nhận thấy giải trình hợp lý, hợp lệ hoặc kết quả xác minh xác nhận hộ kinh doanh có cơ sở vật chất và hoạt động kinh doanh thực tế, cơ quan thuế sẽ lập tức ban hành Thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử để hộ kinh doanh phát hành hóa đơn bình thường.
• Trường hợp từ chối: Nếu người nộp thuế không gửi giải trình, giải trình không đầy đủ, không chứng minh được tính minh bạch hoặc kết quả kiểm tra thực tế cho thấy không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử kèm lý do từ chối cụ thể bằng văn bản.

2. Năm trường hợp người nộp thuế bị xếp vào nhóm "rủi ro cao" khi đăng ký hóa đơn điện tử

Cơ chế phân loại rủi ro được coi là chiếc lưới lọc hữu hiệu nhằm hạn chế tình trạng mua bán hóa đơn bất hợp pháp. Căn cứ theo quy định tại Điều 7 Thông tư 91/2026/TT-BTC, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh và doanh nghiệp sẽ lập tức bị hệ thống định danh là có rủi ro cao về hóa đơn điện tử nếu thuộc một trong các tình huống pháp lý sau:

• Thứ nhất: Người đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc người đại diện theo pháp luật đồng thời là đại diện hoặc chủ sở hữu của một pháp nhân/hộ kinh doanh khác đã từng bị cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền ra kết luận về hành vi gian lận, in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn theo dữ liệu của ngành thuế.
• Thứ hai: Chủ hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc người đại diện nằm trong danh sách cá nhân, tổ chức có giao dịch tài chính đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền.
• Thứ ba: Đăng ký địa điểm kinh doanh, trụ sở không có địa chỉ cụ thể theo địa giới hành chính (thiếu số nhà, thôn xóm rõ ràng) hoặc cố tình đăng ký địa điểm kinh doanh tại căn hộ chung cư thuộc diện cấm dùng làm trụ sở/địa điểm kinh doanh theo Luật Nhà ở (quy định này không áp dụng đối với cá nhân kinh doanh lưu động).
• Thứ tư: Người đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đồng thời là người đại diện của người nộp thuế khác đang trong tình trạng bị cơ quan thuế khóa mã số thuế (ngừng hoạt động nhưng chưa chấm dứt hiệu lực MST), người nộp thuế bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh hoặc đang chịu xử lý vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ.
• Thứ năm: Người nộp thuế có các biểu hiện, tiêu chí rủi ro đặc thù khác được hệ thống ứng dụng quản lý rủi ro của ngành thuế chỉ điểm. Đối với nhóm này, cơ quan thuế có trách nhiệm thông báo rõ ràng để hộ kinh doanh thực hiện quyền giải trình minh bạch.

3. Khi nào hộ kinh doanh bị cơ quan thuế ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử?

Sau khi đã được cấp quyền sử dụng, hộ kinh doanh vẫn phải đảm bảo tuân thủ tính hợp pháp liên tục trong suốt quá trình bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Theo quy định tại Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sẽ áp dụng biện pháp chế tài ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử (bao gồm cả hóa đơn điện tử có mã, không có mã và hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền) trong các trường hợp sau đây:

1. Chấm dứt hiệu lực mã số thuế: Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh giải thể, chấm dứt hoạt động kinh doanh hoặc bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh dẫn đến bị đóng mã số thuế.
2. Bỏ trốn khỏi địa chỉ đăng ký: Qua công tác kiểm tra, rà soát thực tế, cơ quan thuế xác minh và phát hành văn bản thông báo người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ kinh doanh đã đăng ký với nhà nước.
3. Tạm ngừng kinh doanh: Hộ kinh doanh nộp hồ sơ xin tạm ngừng kinh doanh theo quy định; trong suốt thời gian tạm ngừng này, hộ kinh doanh không được phép xuất bất kỳ hóa đơn nào phát sinh.
4. Cưỡng chế nợ thuế: Trường hợp hộ kinh doanh nợ thuế quá hạn bị cơ quan quản lý thuế ban hành Quyết định cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.
5. Có hành vi kinh doanh hàng lậu, hàng giả: Người nộp thuế bị cơ quan chức năng điều tra, phát hiện và kết luận có hành vi sử dụng hóa đơn điện tử để phục vụ mục đích tiêu thụ hàng hóa nhập lậu, hàng cấm, hàng giả mạo nhãn hiệu, xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ.
6. Có hành vi mua bán trái phép hóa đơn: Lợi dụng danh nghĩa hộ kinh doanh để phát hành hóa đơn khống, mua bán hóa đơn điện tử mà không có giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ thực tế.

4. Lời khuyên thiết thực dành cho hộ kinh doanh khi đăng ký hóa đơn điện tử

Để quy trình đăng ký hóa đơn điện tử diễn ra suôn sẻ, không bị gián đoạn hoạt động buôn bán thường nhật, các chủ hộ kinh doanh cần lưu ý các vấn đề then chốt sau:

• Chuẩn hóa dữ liệu định danh cá nhân: Đảm bảo thông tin Căn cước công dân gắn chip của chủ hộ kinh doanh đã được đồng bộ chuẩn xác với cơ quan thuế và dữ liệu VNeID mức độ 2, sẵn sàng cho việc xác thực sinh trắc học.
• Kiểm tra tình trạng địa điểm kinh doanh: Tuyệt đối không đăng ký kinh doanh tại các tòa nhà chung cư có mục đích thuần để ở; địa chỉ đăng ký phải rõ ràng số nhà, ngõ ngách, có biển hiệu hộ kinh doanh thực tế.
• Rà soát nghĩa vụ thuế tồn đọng: Nếu chủ hộ từng đứng tên đại diện cho bất kỳ doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh nào trước đây, hãy kiểm tra kỹ tình trạng mã số thuế trên cổng thông tin ngành thuế để đảm bảo không còn nghĩa vụ nợ đọng hay tình trạng "bỏ trốn".
• Theo dõi sát hòm thư điện tử và điện thoại: Ngay sau khi nộp tờ khai đăng ký, chủ hộ phải thường xuyên kiểm tra tin nhắn và email để kịp thời bấm xác nhận trong vòng 24 giờ đến 48 giờ làm việc theo luật định.