Việc lựa chọn phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) phù hợp không chỉ giúp doanh nghiệp tối ưu hóa dòng tiền mà còn đảm bảo tính tuân thủ pháp luật. Tuy nhiên, không phải lúc nào doanh nghiệp cũng có thể tùy ý thay đổi phương pháp này. Bước sang năm 2026, với sự vận hành của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, các quy định về chuyển đổi phương pháp tính thuế đã có những điểm cần đặc biệt lưu ý.

Khi nào doanh nghiệp được phép "thay màu áo" thuế?

Theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC (vẫn được kế thừa trong các văn bản hướng dẫn sau này), thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế là 02 năm liên tục.

"Thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế là 2 năm liên tục"

Điều này đồng nghĩa với việc, nếu doanh nghiệp muốn chuyển từ phương pháp trực tiếp sang khấu trừ (hoặc ngược lại), bạn phải đợi hết chu kỳ 02 năm tài chính. Ví dụ, một công ty hợp danh thành lập và đăng ký thuế vào đầu năm 2024 thì phải áp dụng phương pháp đã chọn cho cả năm 2024 và 2025. Đến kỳ tính thuế năm 2026, doanh nghiệp mới đủ điều kiện để thực hiện chuyển đổi.

Thủ tục chuyển đổi: Đã qua rồi thời của Mẫu 06/GTGT!

Nhiều kế toán vẫn còn loay hoay tìm kiếm Mẫu 06/GTGT để nộp cho cơ quan thuế khi muốn chuyển đổi phương pháp tính thuế. Tuy nhiên, căn cứ theo Thông tư 93/2017/TT-BTC, thủ tục này đã được đơn giản hóa tối đa nhằm giảm bớt gánh nặng hành chính.

Hiện nay, phương pháp tính thuế của doanh nghiệp sẽ được xác định trực tiếp thông qua hồ sơ khai thuế GTGT mà doanh nghiệp gửi đến cơ quan thuế. Bạn không cần phải nộp văn bản thông báo riêng biệt nào khác. Việc bạn nộp tờ khai theo mẫu nào (khấu trừ hay trực tiếp) chính là sự khẳng định phương pháp tính thuế mà doanh nghiệp áp dụng cho chu kỳ mới.

Hồ sơ và các mẫu tờ khai cần lưu ý năm 2026

Tùy vào phương pháp muốn chuyển đổi, doanh nghiệp cần chuẩn bị tờ khai tương ứng theo hướng dẫn tại Thông tư 80/2021/TT-BTC và cập nhật theo Thông tư 69/2025/TT-BTC:

• Áp dụng phương pháp khấu trừ: Sử dụng Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT. Đối với các dự án đầu tư thuộc diện hoàn thuế, sử dụng mẫu số 02/GTGT.
• Áp dụng phương pháp trực tiếp: Sử dụng Tờ khai thuế GTGT mẫu số 04/GTGT. Riêng doanh nghiệp có hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý thì sử dụng mẫu số 03/GTGT.

Lời khuyên từ chuyên gia: Trước khi quyết định chuyển đổi vào năm 2026, doanh nghiệp nên thực hiện rà soát lại hệ thống hóa đơn, chứng từ và ước tính doanh thu. Phương pháp khấu trừ thường có lợi cho các công ty hợp danh có chi phí đầu vào lớn và đầy đủ hóa đơn hợp lệ, trong khi phương pháp trực tiếp lại đơn giản hơn về mặt sổ sách kế toán cho các đơn vị quy mô nhỏ.