Trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế, việc tận dụng các chính sách ưu đãi thuế là "chìa khóa" giúp doanh nghiệp TNHH một thành viên giảm bớt gánh nặng tài chính và nâng cao năng lực cạnh tranh. Tuy nhiên, để được hưởng quyền lợi này, doanh nghiệp cần nắm vững thủ tục đăng ký Danh mục hàng hóa được miễn thuế nhập khẩu trước khi tiến hành các bước thông quan đầu tiên.

Các trường hợp được hưởng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu

Theo quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016 và được hướng dẫn chi tiết tại Nghị định 134/2016/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP và mới nhất là Nghị định 182/2025/NĐ-CP), các trường hợp miễn thuế bao gồm:

• Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư.
• Hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động dầu khí, đóng tàu.
• Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất sản phẩm công nghệ thông tin, nội dung số, phần mềm.
• Hàng hóa phục vụ nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ.

Quy trình đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế qua hệ thống điện tử

Hiện nay, hầu hết các thủ tục hải quan đều được thực hiện thông qua Hệ thống Xử lý dữ liệu điện tử hải quan (VNACCS/VCIS). Đây là phương thức nhanh chóng và minh bạch nhất cho doanh nghiệp.

Căn cứ Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC, doanh nghiệp thực hiện theo các bước sau:

1. Nhập thông tin: Doanh nghiệp truy cập hệ thống và nhập thông tin theo Mẫu số 31 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 39/2018/TT-BTC.
2. Gửi hồ sơ đính kèm: Các chứng từ cần được scan và xác nhận bằng chữ ký số, bao gồm:
   • Công văn thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế.
   • Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
   • Luận chứng kinh tế kỹ thuật hoặc tài liệu kỹ thuật của dự án.
   • Các giấy tờ chuyên ngành khác tùy theo trường hợp miễn thuế cụ thể (ví dụ: Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao).

Thủ tục đăng ký trực tiếp tại cơ quan Hải quan

Trong trường hợp hệ thống điện tử gặp sự cố hoặc doanh nghiệp chưa thể thực hiện qua VNACCS, hồ sơ giấy sẽ được nộp trực tiếp. Thành phần hồ sơ bao gồm:

• Công văn thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế (01 bản chính).
• Danh mục hàng hóa miễn thuế (02 bản chính).
• Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa miễn thuế (01 bản chính).
• Bản sao có đóng dấu xác nhận của doanh nghiệp đối với các giấy tờ pháp lý liên quan đến dự án.

Địa điểm nộp hồ sơ và thời gian giải quyết

Doanh nghiệp cần xác định đúng Cục Hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ để tránh mất thời gian:

• Cục Hải quan nơi thực hiện dự án đầu tư.
• Cục Hải quan nơi đóng trụ sở chính (đối với dự án thực hiện ở nhiều tỉnh).
• Cục Hải quan nơi lắp đặt tổ hợp, dây chuyền máy móc.

Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan hải quan sẽ phản hồi kết quả giải quyết hoặc có chỉ dẫn cụ thể cho doanh nghiệp.

Những lưu ý quan trọng để tránh bị bác hồ sơ

Một sai sót nhỏ trong khâu chuẩn bị cũng có thể khiến doanh nghiệp mất đi cơ hội hưởng ưu đãi thuế. Hãy lưu ý:

• Tính thống nhất: Danh mục hàng hóa phải hoàn toàn phù hợp với mục tiêu, quy mô và công suất của dự án đã được phê duyệt.
• Thời điểm đăng ký: Phải thực hiện trước khi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu đầu tiên.
• Sửa đổi danh mục: Nếu có sai sót, doanh nghiệp được phép sửa đổi nhưng phải thực hiện trước thời điểm nhập khẩu hàng hóa và có đầy đủ chứng từ chứng minh.

Việc nắm vững các quy định tại Thông tư 121/2025/TT-BTC sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong kế hoạch kinh doanh và tối ưu hóa dòng tiền.