Trong quá trình vận hành doanh nghiệp hoặc tổ chức kinh tế, việc tái cấu trúc, giải thể hoặc thu hẹp quy mô là hoạt động diễn ra thường xuyên. Tuy nhiên, một trong những rào cản pháp lý quan trọng nhất mà tổ chức, doanh nghiệp phải hoàn thành trước khi ngưng tồn tại pháp lý chính là thủ tục đóng mã số thuế (MST). Nhằm hoàn thiện hành lang pháp lý và tạo điều kiện minh bạch trong quản lý thuế, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 90/2026/TT-BTC với các quy định rất chi tiết về thành phần hồ sơ cho từng trường hợp cụ thể.

Căn cứ quy định tại các khoản 4 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC, khoản 5 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC, khoản 6 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC, khoản 7 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC và khoản 8 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC, dưới đây là toàn bộ thông tin nghiệp vụ chuyên sâu giúp người nộp thuế chuẩn bị chính xác hồ sơ theo đúng pháp luật.

1. Trường hợp giải thể theo cơ chế một cửa liên thông tại cơ quan đăng ký kinh doanh

Hiện nay, cơ chế tích hợp dữ liệu giữa hệ thống đăng ký kinh doanh quốc gia và hệ thống thông tin quản lý thuế ngành Thuế đã được tối ưu hóa theo mô hình liên thông một cửa. Đối với người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh, người nộp thuế không cần thực hiện thủ tục nộp hồ sơ giấy riêng biệt tới cơ quan thuế để xin chấm dứt hiệu lực MST mà sẽ thực hiện thủ tục giải thể hoặc chấm dứt hoạt động tại Cơ quan đăng ký kinh doanh.

Sau khi tiếp nhận yêu cầu, cơ quan đăng ký kinh doanh có trách nhiệm chủ động chuyển giao dữ liệu điện tử sang cơ quan thuế. Các thông tin trao đổi dữ liệu liên thông này bao gồm:

• Thông tin về quyết định giải thể doanh nghiệp, quyết định giải thể hợp tác xã; hoặc thông báo tổ hợp tác đang tiến hành thủ tục chấm dứt hoạt động;
• Thông tin xác nhận giải thể doanh nghiệp, hợp tác xã; chấm dứt tồn tại do chia, hợp nhất, sáp nhập; chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp, hợp tác xã; hoặc chấm dứt hoạt động của tổ hợp tác.

Lưu ý thực tế: Mặc dù cơ chế dữ liệu là liên thông, doanh nghiệp vẫn bắt buộc phải hoàn tất mọi nghĩa vụ kê khai thuế, quyết toán thuế và thanh toán xong các khoản nợ thuế phát sinh với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi cơ quan đăng ký kinh doanh chính thức ban hành thông báo hoàn tất giải thể.

2. Trường hợp chấm dứt hoạt động đối với đơn vị phụ thuộc (Chi nhánh, VPĐD)

Các đơn vị phụ thuộc như chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp hoặc hợp tác xã có đặc thụ pháp lý gắn liền với đơn vị chủ quản. Quy định pháp luật yêu cầu đơn vị phụ thuộc trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh phải hoàn tất nộp hồ sơ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp để thực hiện thủ tục và quyết toán toàn bộ nghĩa vụ tài chính đúng hạn.

Trong trường hợp pháp luật chuyên ngành (bao gồm Luật Doanh nghiệp, Luật Hợp tác xã...) không quy định cụ thể thời hạn, người nộp thuế phải nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực MST tới cơ quan thuế trực tiếp quản lý trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định/thông báo chấm dứt hoạt động hoặc ngày có quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động.

Thành phần hồ sơ chấm dứt MST đơn vị phụ thuộc bao gồm:

• Văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo Mẫu số 24/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;
• Bản sao quyết định hoặc thông báo của doanh nghiệp, hợp tác xã về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện;
• Bản sao quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (nếu có).

thông qua việc chốt nghĩa vụ thuế tại chi nhánh, doanh nghiệp sẽ tránh được rủi ro bị khóa mã số thuế đơn vị chủ quản khi có phát sinh nợ thuế đọng tại đơn vị phụ thuộc.

3. Trường hợp bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký (MST bị khóa/bỏ trốn)

Đây là trường hợp nghiệp vụ vô cùng phức tạp và thường gặp đối với các doanh nghiệp đã ngưng hoạt động trên thực tế nhưng chưa làm thủ tục đóng MST đúng quy định. Khi một tổ chức, doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc đơn vị phụ thuộc đã bị cơ quan thuế ban hành thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, muốn giải thể hoặc chấm dứt hoạt động thì bắt buộc phải đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để khôi phục và xử lý hoàn tất nghĩa vụ thuế trước khi sang cơ quan đăng ký kinh doanh.

Hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế trong trường hợp này gồm Văn bản đề nghị Mẫu số 24/ĐKT kèm theo các chứng từ pháp lý đối với từng loại hình:

• Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã giải thể: Bản sao nghị quyết/quyết định giải thể doanh nghiệp, nghị quyết giải thể hợp tác xã, hoặc quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh;
• Đối với đơn vị phụ thuộc: Bản sao quyết định/thông báo chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động của cơ quan thẩm quyền;
• Đối với tổ hợp tác: Bản sao biên bản họp thành viên tổ hợp tác về việc chấm dứt hoạt động hoặc quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký tổ hợp tác.

4. Trường hợp tổ chức đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế

Một số tổ chức không đăng ký qua cơ quan đăng ký kinh doanh (như các ban quản lý dự án, tổ chức phi chính phủ, nhà thầu nước ngoài, cơ quan nhà nước...) thì sẽ nộp hồ sơ đóng MST trực tiếp tại Chi cục Thuế hoặc Cục Thuế quản lý. Hồ sơ bắt buộc gồm Văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế mẫu số 24/ĐKT cùng các tài liệu đính kèm:

Đối với đơn vị chủ quản và đơn vị phụ thuộc là tổ chức kinh tế:

Đơn vị chủ quản phải nộp bản sao một trong các giấy tờ: Quyết định giải thể, quyết định chia, hợp đồng hợp nhất, hợp đồng sáp nhập, quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động, thông báo chấm dứt hoạt động hoặc quyết định chuyển đổi.

Quy định về cam kết kế thừa nghĩa vụ thuế: Trường hợp đơn vị chủ quản giải thể nhưng có các đơn vị phụ thuộc đã được cấp MST, đơn vị chủ quản phải thông báo cho các đơn vị phụ thuộc làm thủ tục đóng MST trước. Nếu đơn vị phụ thuộc không có khả năng hoàn thành nghĩa vụ thuế với NSNN, đơn vị chủ quản phải gửi văn bản điện tử cam kết chịu trách nhiệm kế thừa toàn bộ khoản nghĩa vụ thuế của đơn vị phụ thuộc cho cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc.

Đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài, hợp đồng hợp tác kinh doanh dầu khí:

• Bản sao bản thanh lý hợp đồng, hoặc bản sao văn bản xác nhận chấm dứt hiệu lực của hợp đồng dầu khí;
• Bản sao văn bản về việc chuyển nhượng toàn bộ phần vốn góp tham gia hợp đồng dầu khí đối với nhà đầu tư;
• Các tài liệu chứng minh người nộp thuế đã hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ thuế phát sinh tại Việt Nam.

5. Trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo thông báo/quyết định của cơ quan nhà nước

Ngoài các trường hợp do người nộp thuế chủ động nộp hồ sơ, pháp luật quản lý thuế quy định cơ quan thuế sẽ tự động hoặc phối hợp thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế căn cứ vào văn bản, thông báo chính thức từ các cơ quan chức năng khác:

• Quyết định từ cơ quan đăng ký kinh doanh: Quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc Quyết định tuyên bố phá sản doanh nghiệp, hợp tác xã do Tòa án nhân dân ban hành được truyền tải qua hệ thống thông tin đăng ký kinh doanh;
• Quyết định từ cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền: Văn bản thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động, giấy phép đầu tư hoặc các văn bản pháp lý tương đương của các tổ chức phi chính phủ, văn bản đại diện...

Lời khuyên pháp lý quan trọng khi làm thủ tục chấm dứt mã số thuế

Khi tiến hành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, các cá nhân và tổ chức cần đặc biệt lưu ý:

1. Kiểm tra hệ thống hóa đơn điện tử: Bắt buộc phải hủy các hóa đơn điện tử chưa sử dụng và lập báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo đúng quy định của Thông tư 91/2026/TT-BTC trước khi nộp hồ sơ đóng mã số thuế.
2. Quyết toán nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp & thuế TNCN: Nộp đầy đủ các tờ khai quyết toán thuế tính đến thời điểm đề nghị chấm dứt hoạt động.
3. Thời gian xử lý: Việc nắm rõ từng thành phần hồ sơ theo đúng từng trường hợp tại Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định hướng dẫn thi hành sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm đáng kể thời gian, tránh trường hợp hồ sơ bị trả lại nhiều lần do thiếu văn bản cam kết hoặc thiếu xác nhận hoàn tất nợ thuế.