Thuế giá trị gia tăng (GTGT) là loại thuế gián thu tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng. Đối với các doanh nghiệp tư nhân, việc nắm vững phương pháp tính thuế không chỉ giúp tuân thủ đúng quy định mà còn là chìa khóa để quản lý dòng tiền hiệu quả.

Các phương pháp tính thuế GTGT hiện nay

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, doanh nghiệp có thể áp dụng một trong hai phương pháp tính thuế chính tùy thuộc vào quy mô doanh thu và điều kiện kế toán.

1. Phương pháp khấu trừ thuế

Đây là phương pháp phổ biến nhất, cho phép doanh nghiệp trừ đi số thuế GTGT đã trả khi mua vào khỏi số thuế GTGT thu được khi bán ra. Công thức tính cụ thể như sau:

Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra – Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Trong đó, thuế GTGT đầu ra được xác định dựa trên hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ là số thuế ghi trên hóa đơn mua hàng hoặc chứng từ nộp thuế ở khâu nhập khẩu.

2. Phương pháp tính trực tiếp trên GTGT

Phương pháp này thường áp dụng cho các doanh nghiệp có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng hoặc các hoạt động đặc thù như mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý. Số thuế phải nộp được tính bằng tỷ lệ % trực tiếp trên doanh thu hoặc trên giá trị gia tăng của hàng hóa.

Đối tượng nào được áp dụng phương pháp khấu trừ?

Không phải mọi doanh nghiệp đều mặc nhiên được khấu trừ thuế. Theo hướng dẫn tại Thông tư 69/2025/TT-BTC, các đối tượng sau đây được áp dụng phương pháp khấu trừ:

• Doanh nghiệp có doanh thu hàng năm từ 1 tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ.
• Doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng nhưng tự nguyện đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.

Thủ tục đăng ký và kê khai thuế GTGT cho doanh nghiệp mới

Hiện nay, thủ tục đăng ký phương pháp tính thuế đã được đơn giản hóa đáng kể. Cơ quan thuế sẽ căn cứ vào loại tờ khai thuế GTGT mà doanh nghiệp nộp lần đầu để xác định phương pháp áp dụng:

• Tờ khai mẫu 01/GTGT: Dành cho doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Tờ khai mẫu 04/GTGT: Dành cho doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp trên doanh thu.

Doanh nghiệp cần lưu ý việc lựa chọn phương pháp tính thuế ngay từ khi bắt đầu hoạt động để tránh các sai sót trong việc xuất hóa đơn và kê khai sau này. Việc chuyển đổi phương pháp tính thuế thường được thực hiện ổn định trong chu kỳ 2 năm liên tục.