Trong bối cảnh chuyển đổi số mạnh mẽ, việc sử dụng hóa đơn điện tử không còn là lựa chọn mà đã trở thành yêu cầu bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp. Đối với các công ty TNHH Một thành viên mới thành lập, việc nắm vững quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn lần đầu là bước đệm quan trọng để vận hành kinh doanh thông suốt và tránh các rủi ro pháp lý về thuế.

Căn cứ pháp lý mới nhất về hóa đơn điện tử

Hiện nay, toàn bộ quy trình về hóa đơn, chứng từ được điều chỉnh bởi các văn bản quy phạm pháp luật quan trọng sau:

• Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định về hóa đơn, chứng từ.
• Thông tư 78/2021/TT-BTC hướng dẫn thực hiện Luật Quản lý thuế và Nghị định 123.
• Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 123.

Theo đó, quy trình "Thông báo phát hành hóa đơn" cho hóa đơn giấy đặt in trước đây đã được thay thế hoàn toàn bằng thủ tục "Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử".

Quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử lần đầu

Theo quy định tại Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, trình tự thực hiện bao gồm các bước sau:

Bước 1: Chuẩn bị hạ tầng kỹ thuật

Trước khi đăng ký, công ty TNHH Một thành viên cần đảm bảo có:

• Chữ ký số (USB Token hoặc chữ ký số từ xa) còn hiệu lực.
• Phần mềm hóa đơn điện tử từ các tổ chức cung cấp dịch vụ uy tín.
• Thiết bị có kết nối internet để thực hiện giao dịch điện tử với cơ quan thuế.

Bước 2: Lập và gửi tờ khai đăng ký (Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT)

Doanh nghiệp truy cập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc thông qua phần mềm của tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử để lập Tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT.

Tại tờ khai này, doanh nghiệp cần lựa chọn hình thức hóa đơn (có mã hoặc không có mã của cơ quan thuế) và phương thức chuyển dữ liệu phù hợp với loại hình kinh doanh của mình.

Bước 3: Tiếp nhận và phê duyệt từ cơ quan thuế

Trong thời gian 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đăng ký, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo điện tử về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử của doanh nghiệp.

"Trong thời gian 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, cơ quan thuế có trách nhiệm gửi thông báo điện tử theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT Phụ lục IB... về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử." (Trích khoản 2 Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP)

Những lưu ý quan trọng cho doanh nghiệp mới

1. Ngừng sử dụng hóa đơn cũ: Kể từ thời điểm cơ quan thuế chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử mới, doanh nghiệp phải ngừng sử dụng và thực hiện thủ tục tiêu hủy hóa đơn giấy hoặc hóa đơn điện tử theo quy định cũ (nếu còn tồn).

2. Lựa chọn nhà cung cấp dịch vụ: Công ty TNHH Một thành viên nên chọn các đơn vị cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử có hạ tầng ổn định và hỗ trợ kỹ thuật tốt để đảm bảo việc xuất hóa đơn cho khách hàng không bị gián đoạn.

3. Lưu trữ hóa đơn: Hóa đơn điện tử phải được lưu trữ theo thời hạn quy định của Luật Kế toán (thường là 10 năm) dưới dạng dữ liệu điện tử an toàn, bảo mật.

Việc tuân thủ đúng quy trình đăng ký hóa đơn điện tử không chỉ giúp doanh nghiệp khẳng định tính chuyên nghiệp mà còn là cơ sở để thực hiện các quyền lợi về khấu trừ thuế và minh bạch tài chính. Nếu có bất kỳ vướng mắc nào trong quá trình thực hiện, doanh nghiệp nên chủ động liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn kịp thời.