Việc nhập khẩu máy móc, thiết bị miễn thuế là một trong những ưu đãi lớn nhất mà Nhà nước dành cho các dự án đầu tư tại Việt Nam. Tuy nhiên, để hiện thực hóa ưu đãi này, doanh nghiệp phải trải qua một quy trình kiểm soát nghiêm ngặt của cơ quan hải quan, trong đó quan trọng nhất là thủ tục "trừ lùi". Nếu không nắm vững quy định về Phiếu theo dõi, trừ lùi hàng hóa miễn thuế, doanh nghiệp rất dễ rơi vào cảnh bị truy thu thuế và xử phạt hành chính không đáng có.

1. Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa miễn thuế là gì?

Theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC và được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC, Phiếu theo dõi trừ lùi là chứng từ dùng để quản lý lượng hàng hóa thực tế nhập khẩu so với tổng lượng hàng hóa đã được phê duyệt miễn thuế trong Danh mục hàng hóa miễn thuế (DMHMT).

Mục đích của phiếu này là đảm bảo doanh nghiệp chỉ được miễn thuế đúng số lượng và chủng loại hàng hóa phục vụ cho dự án đầu tư đã đăng ký. Mỗi lần doanh nghiệp nhập khẩu một phần hàng hóa, cơ quan hải quan sẽ thực hiện "trừ lùi" số lượng đó vào tổng quỹ hàng hóa miễn thuế còn lại.

2. Quy trình thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế năm 2019

Trước khi nhập khẩu lô hàng đầu tiên, doanh nghiệp (bao gồm cả các công ty hợp danh thực hiện dự án đầu tư) phải thực hiện thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến nhập khẩu cho cơ quan hải quan. Quy trình này được thực hiện thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (VNACCS/VCIS).

• Địa điểm thông báo: Cục Hải quan nơi quản lý dự án hoặc nơi đóng trụ sở chính (nếu dự án không cố định).
• Hồ sơ bao gồm: Danh mục hàng hóa miễn thuế, Phiếu theo dõi trừ lùi (nếu thực hiện thủ tục giấy), và các tài liệu chứng minh dự án thuộc diện ưu đãi đầu tư.

3. Trừ lùi điện tử và Trừ lùi giấy: Khi nào áp dụng?

Trong bối cảnh năm 2019, việc trừ lùi chủ yếu được thực hiện theo hai hình thức:

3.1. Trừ lùi trên hệ thống điện tử

Đây là hình thức phổ biến nhất. Khi doanh nghiệp khai báo tờ khai hải quan nhập khẩu, hệ thống sẽ tự động đối chiếu với Danh mục miễn thuế đã đăng ký và thực hiện trừ lùi số lượng hàng hóa ngay trên phần mềm. Điều này giúp giảm thiểu sai sót do con người và rút ngắn thời gian thông quan.

3.2. Trừ lùi bằng phiếu giấy

Hình thức này chỉ áp dụng trong một số trường hợp đặc biệt như:

• Hệ thống điện tử gặp sự cố không thể thực hiện trừ lùi.
• Hàng hóa nhập khẩu thuộc diện miễn thuế nhưng chưa có mã số trên hệ thống điện tử.
• Các dự án cũ vẫn đang thực hiện theo phương thức quản lý thủ công.

Đối với trường hợp này, cơ quan hải quan sẽ cấp một bản chính Phiếu theo dõi trừ lùi bằng giấy. Mỗi lần nhập khẩu, công chức hải quan sẽ ghi chép, ký tên và đóng dấu xác nhận số lượng đã nhập vào phiếu này.

4. Những lưu ý sống còn cho doanh nghiệp để tránh bị truy thu thuế

Nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là các công ty hợp danh mới tham gia vào hoạt động xuất nhập khẩu, thường mắc phải những sai sót sau dẫn đến việc bị bác bỏ quyền miễn thuế:

• Sai lệch thông tin: Tên hàng, quy cách phẩm chất trên tờ khai hải quan không khớp hoàn toàn với Danh mục miễn thuế đã thông báo.
• Nhập quá số lượng: Do không theo dõi sát sao số dư trên Phiếu trừ lùi, doanh nghiệp nhập khẩu vượt quá số lượng được phép. Phần vượt này sẽ bị tính thuế như hàng hóa thông thường.
• Quên xác nhận hoàn thành: Khi đã nhập hết hàng hóa theo Danh mục, doanh nghiệp cần làm thủ tục xác nhận "đã nhập hết hàng hóa miễn thuế" với cơ quan hải quan để đóng hồ sơ dự án.

5. Mẫu Phiếu theo dõi, trừ lùi hàng hóa miễn thuế nhập khẩu

Dưới đây là cấu trúc cơ bản của Phiếu theo dõi trừ lùi (áp dụng cho trường hợp thông báo bằng giấy) mà doanh nghiệp cần nắm vững:

PHIẾU THEO DÕI, TRỪ LÙI HÀNG HÓA MIỄN THUẾ NHẬP KHẨU

1. Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến nhập khẩu số... ngày... tháng... năm...

2. Tên doanh nghiệp... Mã số thuế...

3. Địa chỉ trụ sở chính...

4. Tên dự án đầu tư...

Số TT	Số, ngày tờ khai hải quan	Tên hàng, quy cách phẩm chất	Đơn vị tính	Lượng hàng nhập khẩu	Lượng hàng còn lại	Xác nhận của Hải quan
(1)	(2)	(3)	(4)	(5)	(6)	(7)

Lời khuyên từ chuyên gia: Doanh nghiệp nên chủ động lập bảng theo dõi nội bộ song song với hệ thống của hải quan. Việc kiểm soát chặt chẽ từng lô hàng nhập khẩu không chỉ giúp đảm bảo tuân thủ pháp luật mà còn giúp doanh nghiệp tối ưu hóa dòng tiền thông qua các ưu đãi thuế chính đáng.