Hệ thống pháp luật về thuế tại Việt Nam vừa ghi nhận một bước ngoặt quan trọng với việc ban hành Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 (Luật số 149/2025/QH15), sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Những thay đổi mang tính lịch sử này không chỉ nhằm minh bạch hóa công tác quản lý thuế, chống thất thu ngân sách mà còn tạo đà thúc đẩy mạnh mẽ cho các hộ kinh doanh cá thể và chuỗi cung ứng nông nghiệp phát triển bền vững.

1. Bước ngoặt cho nông sản: Bổ sung đối tượng không chịu thuế GTGT ở khâu trung gian

Một trong những điểm sáng nhất của lần sửa đổi này chính là việc nới lỏng gánh nặng thuế cho chuỗi cung ứng nông sản, lâm sản và thủy hải sản. Theo quy định mới tại khoản 1 Điều 5 được sửa đổi bởi Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025, các sản phẩm nông nghiệp sơ chế thông thường khi giao dịch giữa các pháp nhân sẽ được hưởng ưu đãi đặc biệt.

Cụ thể, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng vẫn được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Quy định này giải quyết triệt để bài toán nghẽn dòng vốn hoàn thuế ở khâu trung gian thương mại, giúp giảm chi phí thu mua, trực tiếp hỗ trợ người nông dân và các đơn vị thu mua nông sản xuất khẩu nâng cao năng lực cạnh tranh trên thị trường quốc tế.

2. Hộ kinh doanh "thở phào" với ngưỡng doanh thu không chịu thuế nâng lên 500 triệu đồng

Nếu như trước đây, tại khoản 25 Điều 5 của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định ngưỡng doanh thu nộp thuế là từ 200 triệu đồng/năm trở xuống, thì nay con số này đã được nâng lên gấp 2.5 lần.

Hàng hóa, dịch vụ của hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh có mức doanh thu năm từ 500 triệu đồng trở xuống thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.

Đây là một sự điều chỉnh mang tính thực tiễn cực kỳ cao từ Quốc hội, phản ánh đúng biến động của chỉ số giá tiêu dùng (CPI), chi phí sinh hoạt và chi phí vận hành thực tế của các mô hình kinh doanh nhỏ lẻ. Việc nâng ngưỡng này giúp hàng triệu hộ kinh doanh cá thể, cá nhân kinh doanh tự do giảm bớt áp lực tài chính, đơn giản hóa thủ tục hành chính và có thêm dư địa để phục hồi, tái đầu tư sản xuất kinh doanh.

3. Khai tử thuế khoán: Hướng tới sự minh bạch tuyệt đối bằng hóa đơn điện tử

Nhằm hiện đại hóa công tác quản lý thuế và thúc đẩy chuyển đổi số quốc gia, Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 đã chính thức bãi bỏ quy định về thuế khoán tại khoản 3 Điều 12 của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Thay vì nộp thuế theo mức ấn định khoán định kỳ mang tính chủ quan và dễ phát sinh tiêu cực, các hộ kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán sẽ dần được hướng dẫn chuyển sang hình thức kê khai, nộp thuế dựa trên hóa đơn, chứng từ thực tế phát sinh. Sự thay đổi này có thể gây bỡ ngỡ ban đầu cho các hộ kinh doanh truyền thống, nhưng về lâu dài sẽ đảm bảo tính công bằng, minh bạch: "Kinh doanh nhiều nộp nhiều, kinh doanh ít nộp ít", loại bỏ hoàn toàn cơ chế xin - cho trong áp thuế thủ công.

4. Nới lỏng điều kiện hoàn thuế GTGT: Cởi trói trách nhiệm cho doanh nghiệp xuất khẩu

Một tin vui cực kỳ lớn cho cộng đồng doanh nghiệp xuất khẩu và các nhà đầu tư dự án mới là việc bãi bỏ một điều kiện hoàn thuế vốn được coi là "nút thắt" pháp lý trong nhiều năm qua. Cụ thể, Luật mới đã bãi bỏ hoàn toàn quy định tại điểm c khoản 9 Điều 15 của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Trước đây, doanh nghiệp muốn được hoàn thuế phải chứng minh được "người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng đầy đủ". Quy định cũ vô hình trung bắt doanh nghiệp mua hàng phải chịu trách nhiệm liên đới và chịu phạt thay cho hành vi vi phạm pháp luật hoặc trốn thuế của đối tác đầu vào.

Với việc bãi bỏ điều kiện này, quy trình hoàn thuế giờ đây sẽ tập trung vào tính hợp pháp, hợp lệ của sổ sách kế toán, hóa đơn đầu vào và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng của chính doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế. Điều này giúp dòng vốn của doanh nghiệp được lưu thông nhanh chóng, giảm thiểu rủi ro đọng vốn kéo dài.

5. Làm rõ thuế suất đối với phế phẩm, phụ phẩm và phế liệu sản xuất

Để thống nhất trong cách áp mã thuế và tránh các tranh chấp pháp lý không đáng có giữa cơ quan thuế và người nộp thuế, Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025 đã sửa đổi khoản 5 Điều 9 của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Theo đó, quy định mới nêu rõ:

Phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu được thu hồi trong quá trình sản xuất thì áp dụng mức thuế suất của mặt hàng phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu đó.

Sự làm rõ này giúp các doanh nghiệp sản xuất chế biến, chế tạo dễ dàng định biên chi phí, xuất hóa đơn đầu ra cho các sản phẩm phụ thu hồi một cách chính xác, tránh việc bị áp đặt mức thuế suất 10% một cách máy móc đối với các loại phế liệu vốn có thuế suất ưu đãi thấp hơn.

Những cải cách mạnh mẽ trên cho thấy nỗ lực không ngừng nghỉ của Quốc hội và Chính phủ trong việc đồng hành, tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp và người dân. Để tận dụng tối đa các ưu đãi thuế mới và đảm bảo tuân thủ đúng hành lang pháp lý, các doanh nghiệp và hộ kinh doanh cần chủ động chuẩn bị hạ tầng công nghệ, chuẩn hóa hệ thống sổ sách kế toán ngay từ hôm nay.