Ngày 12/09/2011, Bộ Tài chính đã chính thức ban hành Thông tư 128/2011/TT-BTC. Đây là văn bản quan trọng hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) dành riêng cho các cơ sở y tế công lập, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2012.

Hoạt động khám chữa bệnh tại các cơ sở y tế công lập sẽ có những thay đổi về chính sách thuế từ năm 2012 (ảnh minh họa)

Quy định về đối tượng chịu thuế và không chịu thuế GTGT

Theo nội dung hướng dẫn, đối tượng chịu thuế GTGT tại các cơ sở y tế công lập bao gồm các loại hàng hóa, dịch vụ được quy định cụ thể tại điểm 1 Mục I Phần A Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008.

Ngược lại, các dịch vụ mang tính chất an sinh xã hội cốt lõi như khám bệnh, chữa bệnh và các hàng hóa, dịch vụ liên quan trực tiếp đến sức khỏe con người quy định tại Mục II Phần A Thông tư 129/2008/TT-BTC sẽ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Thuế suất 5% đối với thuốc chữa bệnh: Những lưu ý quan trọng

Một trong những điểm đáng chú ý nhất của Thông tư 128/2011/TT-BTC là việc xác định thuế suất đối với mặt hàng thuốc chữa bệnh. Cụ thể:

• Mặt hàng thuốc chữa bệnh quy định tại điểm 2.11 Mục II Phần B Thông tư 129/2008/TT-BTC áp dụng thuế suất thuế GTGT là 5%.
• Tuy nhiên, nếu thuốc chữa bệnh là một phần không thể tách rời trong gói dịch vụ chữa bệnh (nằm trong tổng chi phí điều trị) thì toàn bộ khoản thu này sẽ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Thuốc chữa bệnh bán lẻ chịu thuế 5%, nhưng nếu nằm trong gói dịch vụ điều trị sẽ không chịu thuế GTGT (ảnh minh họa)

Phương pháp tính thuế GTGT cho cơ sở y tế công lập

Thông tư quy định rõ 02 phương pháp tính thuế để các đơn vị áp dụng tùy theo điều kiện thực tế:

1. Phương pháp khấu trừ thuế: Áp dụng cho các cơ sở y tế thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và đã đăng ký nộp thuế theo phương pháp này.
2. Phương pháp trực tiếp trên GTGT: Dành cho các cơ sở có hoạt động kinh doanh, dịch vụ xác định được doanh thu (qua hóa đơn bán ra hoặc hợp đồng, chứng từ thanh toán) nhưng không có đủ hóa đơn đầu vào hợp lệ.

Các khoản thu nhập được miễn thuế TNDN

Về thuế thu nhập doanh nghiệp, Thông tư 128/2011/TT-BTC quy định các khoản thu nhập sau đây của cơ sở y tế công lập được miễn thuế:

• Thu nhập từ khám chữa bệnh theo Khung giá viện phí do cơ quan nhà nước quy định.
• Thu nhập từ dịch vụ ăn uống dinh dưỡng lâm sàng phục vụ bệnh nhân.
• Thu nhập từ các hoạt động y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của pháp luật.

Đối với các hoạt động kinh doanh khác mà đơn vị không hạch toán riêng được chi phí, thuế TNDN sẽ được tính theo tỷ lệ % trên doanh thu: 5% đối với dịch vụ; 1% đối với kinh doanh hàng hóa và 2% đối với các hoạt động khác.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2012 và thay thế các hướng dẫn trước đây trái với quy định tại Thông tư này.