Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 86/2026/TT-BTC (chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2026) quy định chi tiết về công tác quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng, được xây dựng dựa trên các nội dung giao quyền tại Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ.

Đối tượng áp dụng và phạm vi điều chỉnh rộng mở

Thông tư 86/2026/TT-BTC áp dụng trực tiếp đối với người nộp thuế; cơ quan hải quan, công chức hải quan; cũng như các tổ chức, cá nhân khác có quyền và nghĩa vụ liên quan đến việc quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Sự ra đời của Thông tư này nhằm đồng bộ hóa quy trình thủ tục, giảm thiểu rủi ro pháp lý và tạo môi trường thông quan thông thoáng cho cộng đồng doanh nghiệp trong bối cảnh hội nhập kinh tế quốc tế ngày càng sâu rộng.

Hoạt động thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu tại cảng biển lớn (ảnh minh họa)

Quy định về khai thuế theo từng lần phát sinh

Theo quy định tại Điều 3 Thông tư 86/2026/TT-BTC, nguyên tắc chủ đạo là người nộp thuế thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh đối với các loại thuế tự tính, tự khai bao gồm: thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB), thuế bảo vệ môi trường, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá và thuế chống trợ cấp.

Việc thực hiện khai thuế, khai bổ sung, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế và các chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan phải tuân thủ nghiêm ngặt theo các quy định của pháp luật về hải quan, cụ thể là Luật Hải quan 2014.

Tuy nhiên, nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các hoạt động đặc thù, Thông tư cũng quy định một số trường hợp ngoại lệ không phải khai thuế theo từng lần phát sinh, bao gồm:

• Điện năng xuất khẩu, nhập khẩu qua đường dây truyền tải;
• Hàng hóa bán tại cửa hàng miễn thuế, khu vực cách ly tại các sân bay quốc tế;
• Một số giao dịch mua bán, trao đổi hàng hóa giữa doanh nghiệp ưu tiên và đối tác nước ngoài theo quy định riêng của pháp luật hải quan.

Khai bổ sung và xác định trị giá hải quan sau thông quan

Điều 4 Thông tư 86/2026/TT-BTC giải quyết triệt để các vướng mắc thực tế liên quan đến việc xác định trị giá tính thuế. Đối với các trường hợp hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải đưa đi phân tích, phân loại, giám định để xác định chính xác mã số HS; hàng hóa chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai; hoặc phát sinh các khoản phí bản quyền, phí giấy phép làm tăng trị giá hải quan sau đó, người nộp thuế có trách nhiệm:

Khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế chênh lệch tăng thêm vào ngân sách nhà nước trong thời hạn tối đa là 05 ngày làm việc kể từ thời điểm có kết quả phân tích, giám định hoặc thời điểm phát sinh các khoản phí nêu trên.

Quy định này là căn cứ pháp lý cực kỳ quan trọng để cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra, xác định nghĩa vụ thuế sau thông quan, tránh thất thu ngân sách nhưng vẫn đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp.

Doanh nghiệp cần chủ động cập nhật các quy định mới để tối ưu hóa quy trình khai báo thuế (ảnh minh họa)

Xác định ngày nộp thuế và cơ chế gia hạn nộp thuế linh hoạt

Nhằm minh bạch hóa thời điểm hoàn thành nghĩa vụ tài chính, Điều 5 Thông tư 86/2026/TT-BTC quy định rõ ràng về ngày nộp thuế đối với từng phương thức thanh toán. Đặc biệt, đối với phương thức nộp thuế điện tử (e-Tax), ngày nộp thuế được xác định là ngày hệ thống thanh toán điện tử của tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán (ngân hàng thương mại hoặc Kho bạc Nhà nước) xác nhận giao dịch trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế thành công.

Bên cạnh đó, thể hiện tinh thần đồng hành cùng doanh nghiệp vượt qua khó khăn, Điều 6 Thông tư này quy định chi tiết về hồ sơ, trình tự, thẩm quyền và điều kiện gia hạn nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với các trường hợp gặp thiên tai, hỏa hoạn, dịch bệnh, tai nạn bất ngờ hoặc phải di dời cơ sở sản xuất theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Trong suốt thời gian được phê duyệt gia hạn, người nộp thuế hoàn toàn không bị tính tiền chậm nộp đối với số tiền thuế được gia hạn.

Xử lý tiền thuế nộp thừa minh bạch, nhanh chóng

Một điểm sáng khác của Thông tư 86/2026/TT-BTC nằm ở Điều 7, hướng dẫn chi tiết quy trình xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa. Doanh nghiệp có quyền yêu cầu hoàn trả hoặc bù trừ số tiền nộp thừa vào các nghĩa vụ thuế của kỳ tiếp theo. Hồ sơ, trình tự hoàn trả được thiết kế theo hướng đơn giản hóa thủ tục hành chính, ứng dụng tối đa công nghệ thông tin để rút ngắn thời gian xử lý, mang lại sự yên tâm và tin tưởng cho các nhà đầu tư.

Tóm lại, Thông tư 86/2026/TT-BTC không chỉ là công cụ quản lý hiệu quả của cơ quan hải quan mà còn là cẩm nang pháp lý giúp các doanh nghiệp xuất nhập khẩu chủ động xây dựng kế hoạch tài chính, tuân thủ đúng pháp luật và tối ưu hóa hoạt động kinh doanh trong kỷ nguyên số.