Trong bối cảnh nền kinh tế đang nỗ lực phục hồi và bứt phá, ngành giao thông vận tải vừa đón nhận một tin vui cực lớn từ Bộ Tài chính. Ngày 06/04/2026, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã chính thức ký ban hành Thông tư 40/2026/TT-BTC quy định miễn một số khoản phí, lệ phí nhằm hỗ trợ sản xuất, kinh doanh trong lĩnh vực giao thông vận tải.

Sự tích hợp hiện đại của ngành hàng không và hàng hải Việt Nam (ảnh minh họa)

Đây không chỉ là một văn bản hành chính thông thường mà được xem là một "gói cứu trợ" trực tiếp, giúp giảm bớt gánh nặng tài chính cho hàng nghìn doanh nghiệp vận tải. Điểm đặc biệt nhất của chính sách này chính là mức hỗ trợ lên tới 100%, thay vì chỉ giảm một phần như các quy định trước đây. Hãy cùng chúng tôi phân tích sâu 4 điểm mới đột phá của thông tư này.

1. Lĩnh vực Hàng không: Bước nhảy vọt từ giảm 50% lên miễn 100%

Theo quy định tại khoản 1 Điều 1 của Thông tư mới, các tổ chức, cá nhân hoạt động trong lĩnh vực hàng không sẽ được miễn hoàn toàn các loại phí, lệ phí quy định tại Thông tư 193/2016/TT-BTC.

Trước đó, theo Thông tư 64/2025/TT-BTC (áp dụng từ 01/07/2025), mức hỗ trợ chỉ dừng lại ở việc giảm 50%. Tuy nhiên, kể từ ngày 07/04/2026, các doanh nghiệp hàng không sẽ không phải nộp phí cho các thủ tục quan trọng như:

• Thẩm định cấp chứng chỉ, giấy phép, giấy chứng nhận trong hoạt động hàng không dân dụng.
• Cấp giấy chứng nhận nhà khai thác tàu bay (AOC).
• Phí đăng ký giao dịch bảo đảm đối với tàu bay.
• Các loại lệ phí liên quan đến quyền đối với tàu bay.

Lưu ý: Khoản phí duy nhất không được miễn trong đợt này là phí thẩm định cấp giấy phép ra vào khu vực hạn chế tại cảng hàng không, sân bay.

2. Hàng hải nội địa: Miễn phí toàn diện cho tàu thuyền trong nước

Lĩnh vực hàng hải vốn chịu áp lực lớn về chi phí vận hành, nay đã có thể "thở phào" khi khoản 2 Điều 1 Thông tư 40 quy định miễn phí, lệ phí hàng hải đối với tàu thuyền vào, rời khu vực hàng hải nội địa.

Cán bộ cảng vụ kiểm tra thủ tục hàng hải tại cảng biển (ảnh minh họa)

Các loại phí được miễn bao gồm toàn bộ danh mục tại Chương III Thông tư 261/2016/TT-BTC (đã được sửa đổi bởi Thông tư 90/2019/TT-BTC và Thông tư 74/2021/TT-BTC). Cụ thể:

• Phí trọng tải tàu thuyền.
• Phí bảo đảm hàng hải.
• Phí sử dụng vị trí neo đậu tại khu nước, vùng nước.
• Lệ phí ra, vào cảng biển.

Việc miễn 100% các khoản phí này giúp giảm giá thành vận tải biển nội địa, từ đó tăng sức cạnh tranh cho hàng hóa Việt Nam ngay trên sân nhà.

3. Đường thủy nội địa: Hỗ trợ tối đa cho phương tiện thủy trong nước

Tại khoản 3 Điều 1, Thông tư quy định miễn phí, lệ phí áp dụng tại cảng, bến thủy nội địa đối với phương tiện thủy nội địa hoạt động giữa các cảng, bến của Việt Nam. Các mức thu này được dẫn chiếu từ Thông tư 39/2026/TT-BTC.

So với quy định tại Thông tư 64/2025/TT-BTC vốn chỉ giảm 50% phí trình báo đường thủy nội địa, thì nay phạm vi đã được mở rộng sang cả phí trọng tải và lệ phí ra vào cảng bến với mức miễn 100%.

4. Đường sắt: Miễn phí sử dụng kết cấu hạ tầng quốc gia

Một điểm mới đáng chú ý khác nằm ở khoản 4 Điều 1: Miễn phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia do Nhà nước đầu tư. Quy định này căn cứ theo Thông tư 11/2026/TT-BTC.

Đây là động thái mạnh mẽ nhằm khuyến khích vận tải đường sắt - một phương thức vận tải khối lượng lớn, an toàn và thân thiện với môi trường, giúp giảm tải cho hệ thống đường bộ đang ngày càng quá tải.

Thời hạn áp dụng và những lưu ý quan trọng

Theo Điều 2 của Thông tư, các doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý về mốc thời gian:

"1. Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 07 tháng 4 năm 2026 đến hết ngày 30 tháng 6 năm 2026."

Như vậy, chính sách miễn 100% này chỉ kéo dài trong khoảng 3 tháng. Sau ngày 01/07/2026, các mức thu sẽ quay trở lại thực hiện theo các thông tư gốc ban đầu. Do đó, các doanh nghiệp nên tận dụng tối đa khoảng thời gian "vàng" này để đẩy mạnh hoạt động sản xuất kinh doanh, thực hiện các thủ tục hành chính cần thiết mà không phải lo lắng về chi phí phí và lệ phí.

Việc ban hành Thông tư 40/2026/TT-BTC thể hiện sự đồng hành sát sao của Chính phủ và Bộ Tài chính đối với cộng đồng doanh nghiệp. Dù thời gian áp dụng ngắn, nhưng với mức miễn 100%, đây thực sự là một cú hích quan trọng cho ngành giao thông vận tải Việt Nam trong quý II năm 2026.

Trên đây là nội dung phân tích chi tiết về Thông tư 40/2026/TT-BTC. Nếu quý khách có bất kỳ vướng mắc nào về thủ tục hoặc cách thức áp dụng, hãy liên hệ với các cơ quan chức năng để được hướng dẫn kịp thời.