Trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh, việc xảy ra sai sót khi kê khai thuế là điều khó tránh khỏi đối với các doanh nghiệp. Để tạo điều kiện cho người nộp thuế tự phát hiện và khắc phục sai sót, pháp luật thuế đã có những quy định rất thông thoáng về việc khai bổ sung. Đặc biệt, kể từ khi Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP chính thức có hiệu lực thi hành, các quy định về thời hạn và thủ tục khai bổ sung đã được chuẩn hóa rõ ràng, mang lại hành lang pháp lý vững chắc cho doanh nghiệp.

Thời hạn 5 năm để doanh nghiệp tự "sửa sai"

Một trong những điểm đáng chú ý nhất tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 là quy định về thời hạn khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Theo đó, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.

Quy định này cũng được hướng dẫn chi tiết tại Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Sau thời hạn 05 năm này, người nộp thuế không được thực hiện khai bổ sung đối với hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế đó nữa. Tuy nhiên, điểm mới đáng chú ý là nếu đã quá thời hạn 05 năm mà doanh nghiệp phát hiện sai sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn, khấu trừ thì tuy không được khai bổ sung nhưng vẫn được gửi hồ sơ giải trình đến cơ quan thuế để xử lý theo quy định.

Doanh nghiệp cần chủ động rà soát và thực hiện khai bổ sung trong thời hạn quy định (ảnh minh họa)

Các trường hợp được phép khai bổ sung hồ sơ thuế

Theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, doanh nghiệp được thực hiện khai bổ sung trong các trường hợp sau:

• Trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
• Hồ sơ khai thuế có sai sót nhưng không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế ghi trong quyết định thanh tra, kiểm tra.
• Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung để phục vụ công tác điều tra vụ án.
• Trường hợp doanh nghiệp phát hiện sai sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn, khấu trừ thì được gửi hồ sơ giải trình để cơ quan thuế rà soát và xem xét chấp thuận điều chỉnh.

Xác định nghĩa vụ tài chính sau khi khai bổ sung

Việc khai bổ sung hồ sơ thuế sẽ dẫn đến sự thay đổi về nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Tùy thuộc vào kết quả của việc điều chỉnh, doanh nghiệp sẽ thực hiện các nghĩa vụ tài chính tương ứng:

1. Trường hợp làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn

Nếu việc khai bổ sung dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số tiền thuế đã được hoàn, giảm số thuế còn được khấu trừ chuyển kỳ sau, doanh nghiệp phải chủ động nộp đủ số tiền thuế chênh lệch tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu có) vào ngân sách nhà nước. Việc tính tiền chậm nộp được thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế kể từ ngày hết hạn nộp thuế của kỳ tính thuế có sai sót đến ngày nộp tiền vào ngân sách.

2. Trường hợp làm giảm số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được hoàn

Ngược lại, nếu việc khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp, tăng số thuế được khấu trừ hoặc tăng số thuế được hoàn, doanh nghiệp sẽ được điều chỉnh giảm tiền chậm nộp tương ứng (nếu có) và xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế (có thể bù trừ vào kỳ sau hoặc làm thủ tục hoàn thuế nộp thừa).

Trích dẫn khoản 1 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP:

"1. Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế và quy định tại Điều này. Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế bảo đảm xác định đầy đủ, chính xác nghĩa vụ thuế nhưng không làm thay đổi hiệu lực của các kết luận, quyết định xử lý qua thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền."

Phương thức và thủ tục thực hiện khai bổ sung

Để thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, doanh nghiệp cần lập hồ sơ khai bổ sung theo đúng mẫu biểu quy định và gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Hiện nay, hầu hết các thủ tục khai bổ sung đều được thực hiện thông qua phương thức điện tử trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và chi phí đi lại.

Doanh nghiệp cần lưu ý chuẩn bị đầy đủ các tài liệu, chứng cứ chứng minh cho các số liệu điều chỉnh trong hồ sơ khai bổ sung để sẵn sàng giải trình khi cơ quan thuế yêu cầu rà soát, kiểm tra.