Bộ Tài chính vừa ban hành Thông tư 90/2026/TT-BTC với nhiều thay đổi mang tính bước ngoặt trong công tác quản lý thuế. Đáng chú ý nhất, tại khoản 2 Điều 4 của Thông tư này, cơ quan quản lý đã chính thức bổ sung thêm 03 trường hợp mới bắt buộc phải thực hiện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế. Đây là những quy định mang tính lịch sử, gắn liền với sự bùng nổ của hoạt động thương mại điện tử, nền kinh tế số và tiến trình thực thi chính sách thuế tối thiểu toàn cầu tại Việt Nam.

Bước đi quyết liệt nhằm siết chặt quản lý thuế trong kỷ nguyên số

Trong những năm gần đây, sự phát triển thần tốc của các nền tảng số và thương mại điện tử xuyên biên giới đã đặt ra những thách thức chưa từng có cho ngành thuế. Việc thất thu thuế trong lĩnh vực này không chỉ làm giảm ngân sách quốc gia mà còn tạo ra sự bất bình đẳng lớn giữa kinh doanh truyền thống và kinh doanh số. Chính vì vậy, việc ban hành Thông tư 90/2026/TT-BTC được xem là một công cụ pháp lý sắc bén, cụ thể hóa các nguyên tắc của Luật Quản lý thuế 2025 nhằm đưa các hoạt động kinh tế số vào khuôn khổ quản lý chặt chẽ.

So với các quy định trước đây tại Thông tư 105/2020/TT-BTC và Thông tư 86/2024/TT-BTC, Thông tư mới đã phân loại chi tiết và định danh rõ ràng các chủ thể tham gia vào chuỗi cung ứng dịch vụ số. Dưới đây là phân tích chuyên sâu về 3 nhóm đối tượng mới phải đăng ký thuế trực tiếp từ ngày 01/7/2026.

1. Cá nhân không cư trú kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử

Theo quy định tại điểm e khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC, cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử nhưng không có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán bắt buộc phải thực hiện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế Việt Nam.

Đây là một điểm mới hoàn toàn và vô cùng tiến bộ. Trước đây, các văn bản hướng dẫn như Thông tư 86/2024/TT-BTC chỉ quy định chung chung đối với nhà cung cấp nước ngoài và cá nhân nước ngoài không cư trú có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử tại Việt Nam. Quy định cũ đã bỏ ngỏ nhóm cá nhân hoạt động trên các nền tảng số mang tính chất giới thiệu sản phẩm, quảng cáo hoặc trung gian mà không tích hợp sẵn giỏ hàng hay cổng thanh toán trực tiếp (ví dụ: các KOL, KOC nước ngoài nhận hoa hồng liên kết, quảng cáo xuyên biên giới).

Với quy định mới này, mọi cá nhân không cư trú, dù hoạt động dưới bất kỳ mô hình nào trên không gian mạng, nếu phát sinh thu nhập từ thị trường Việt Nam đều phải có nghĩa vụ đăng ký thuế trực tiếp, đảm bảo tính minh bạch và công bằng tài khóa.

2. Chủ quản nền tảng thương mại điện tử trong nước: Gánh vác trách nhiệm lớn

Một trong những thay đổi có tác động sâu rộng nhất đến thị trường thương mại điện tử trong nước là quy định tại điểm h.3 khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Theo đó, các tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác ở trong nước có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán phải thực hiện đăng ký thuế để được cấp mã số thuế riêng phục vụ cho các công tác:

• Khấu trừ thuế trực tiếp trên doanh thu của người bán;
• Kê khai thuế định kỳ theo quy định;
• Nộp thay thuế cho các đối tượng bao gồm: Nhà cung cấp nước ngoài, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh hoạt động trên sàn.

Trước đây, theo bối cảnh của Thông tư 86/2024/TT-BTC, trách nhiệm khấu trừ và nộp thay thuế chủ yếu được đặt lên vai các ngân hàng thương mại, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán hoặc các tổ chức được nhà cung cấp nước ngoài ủy quyền chính thức. Việc chưa quy định rõ trách nhiệm của chủ quản sàn thương mại điện tử trong nước đã tạo ra một kẽ hở lớn, khi các sàn nắm giữ toàn bộ dữ liệu giao dịch và dòng tiền nhưng lại không có công cụ pháp lý để thực hiện nghĩa vụ thuế thay cho người bán.

Quy định mới tại Thông tư 90/2026/TT-BTC đã chính thức chuyển dịch trọng tâm quản lý. Các sàn thương mại điện tử lớn tại Việt Nam giờ đây không chỉ đơn thuần là nơi kết nối người mua và người bán, mà còn đóng vai trò là "cánh tay nối dài" của cơ quan thuế trong việc thu và nộp thuế, giúp giảm thiểu tối đa tình trạng thất thu thuế đối với hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh nhỏ lẻ.

3. Tổ chức kê khai thuế tối thiểu toàn cầu: Hội nhập tiêu chuẩn quốc tế

Nhóm đối tượng thứ ba được bổ sung tại điểm o khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC là các tổ chức có nghĩa vụ kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung theo quy định về thuế tối thiểu toàn cầu.

Đây là quy định hoàn toàn mới, chưa từng xuất hiện trong các văn bản hướng dẫn trước đây như Thông tư 86/2024/TT-BTC hay Thông tư 105/2020/TT-BTC. Việc bổ sung nhóm đối tượng này là bước đi bắt buộc và kịp thời của Việt Nam nhằm nội luật hóa các cam kết quốc tế về chống xói mòn cơ sở thuế và chuyển dịch lợi nhuận (BEPS) của OECD.

Các tập đoàn đa quốc gia có doanh thu hợp nhất từ 750 triệu Euro trở lên hoạt động tại Việt Nam giờ đây sẽ có một quy trình đăng ký thuế riêng biệt, chuẩn hóa để phục vụ cho việc kê khai và nộp khoản thuế bổ sung này, khẳng định vị thế và sự chủ động của Việt Nam trong việc tham gia vào sân chơi tài chính toàn cầu.

Rà soát và chuẩn hóa các nhóm đối tượng đăng ký thuế truyền thống

Bên cạnh việc bổ sung 3 nhóm đối tượng mang tính lịch sử nêu trên, Thông tư 90/2026/TT-BTC cũng tiến hành rà soát, sửa đổi và cập nhật chi tiết quy trình, hồ sơ đăng ký thuế đối với các nhóm đối tượng truyền thống nhằm đảm bảo tính đồng bộ, bao gồm:

• Nhà cung cấp nước ngoài: Tối ưu hóa quy trình đăng ký thuế trực tuyến qua cổng thông tin điện tử dành cho nhà cung cấp nước ngoài.
• Nhà thầu nước ngoài: Làm rõ trách nhiệm đăng ký thuế khi thực hiện các dự án đầu tư, thầu xây dựng tại Việt Nam.
• Tổ chức khấu trừ, nộp thay thuế: Chuẩn hóa mã số thuế nộp thay để tránh nhầm lẫn với mã số thuế hoạt động sản xuất kinh doanh tự thân của doanh nghiệp.
• Người điều hành hợp đồng dầu khí: Cập nhật các quy định phù hợp với Luật Dầu khí mới.

Lời khuyên thiết thực cho doanh nghiệp và cá nhân kinh doanh

Với việc Thông tư 90/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, các doanh nghiệp chủ quản sàn thương mại điện tử, các cá nhân kinh doanh xuyên biên giới và các tập đoàn thuộc diện áp thuế tối thiểu toàn cầu cần chủ động rà soát lại mô hình hoạt động của mình. Việc chậm trễ trong việc đăng ký thuế không chỉ dẫn đến các chế tài xử phạt hành chính nghiêm khắc theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025 mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến uy tín và khả năng vận hành liên tục của doanh nghiệp trên môi trường số.