Kể từ ngày 11/01/2022, các quy định về phí thẩm định cấp giấy phép môi trường đã có những thay đổi quan trọng theo hướng dẫn tại Thông tư 02/2022/TT-BTC. Việc nắm rõ mức phí và quy trình nộp là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ tài chính và đảm bảo tiến độ pháp lý cho dự án.

1. Biểu mức thu phí thẩm định cấp giấy phép môi trường

Theo quy định mới, mức phí thẩm định được phân loại dựa trên quy mô và tính chất của dự án hoặc cơ sở sản xuất, kinh doanh. Cụ thể:

• Đối với dự án/cơ sở thuộc nhóm I: Mức phí thẩm định cấp, cấp lại giấy phép môi trường là 50 triệu đồng/giấy phép. Quy định này áp dụng cho các dự án có nguy cơ cao gây ô nhiễm môi trường quy mô lớn (trừ một số trường hợp đặc biệt được quy định riêng).
• Đối với dự án/cơ sở thuộc nhóm II: Hoặc các dự án nằm trên địa bàn từ 02 đơn vị hành chính cấp tỉnh trở lên, hoặc nằm trên vùng biển chưa xác định trách nhiệm quản lý hành chính của UBND cấp tỉnh, mức phí là 45 triệu đồng/giấy phép.
• Phí thẩm định cấp điều chỉnh giấy phép: Trong trường hợp doanh nghiệp có thay đổi nội dung so với giấy phép đã cấp, mức phí thẩm định điều chỉnh là 15 triệu đồng/giấy phép/dự án/cơ sở.

Một điểm đáng lưu ý là trường hợp các dự án hoặc cơ sở đề nghị cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường có lồng ghép nhiều nội dung đề nghị cấp phép, mức phí sẽ được xác định theo mức cao nhất quy định tại Biểu mức thu phí ban hành kèm theo Thông tư 02/2022/TT-BTC.

2. Quy định về kê khai, thu và nộp phí

Tại Điều 4 Thông tư 02/2022/TT-BTC, quy trình nộp phí được quy định rất chặt chẽ về thời gian:

"1. Người nộp phí thực hiện nộp phí thẩm định trong thời gian 10 ngày làm việc tính từ ngày nộp hồ sơ đề nghị cấp, cấp lại, điều chỉnh giấy phép môi trường. Phí được nộp trực tiếp cho tổ chức thu phí hoặc nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của tổ chức thu phí mở tại Kho bạc Nhà nước."

Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý mốc thời gian 10 ngày làm việc này để tránh việc hồ sơ bị chậm trễ do chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính. Chậm nhất là ngày 05 hàng tháng, tổ chức thu phí có trách nhiệm gửi số tiền phí đã thu của tháng trước vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.

3. Quản lý và sử dụng nguồn phí thu được

Việc quản lý nguồn phí này tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về ngân sách nhà nước. Theo Điều 5 Thông tư 02/2022/TT-BTC, tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Chi phí trang trải cho việc thẩm định sẽ do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán hàng năm.

Tuy nhiên, đối với các cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định 120/2016/NĐ-CP, họ sẽ được trích lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí thẩm định và nộp 10% còn lại vào ngân sách nhà nước.

4. Lời khuyên cho doanh nghiệp

Việc áp dụng Luật Bảo vệ môi trường 2020 và các văn bản hướng dẫn như Nghị định 08/2022/NĐ-CP đã tạo ra một hành lang pháp lý mới minh bạch hơn. Doanh nghiệp nên chủ động rà soát nhóm dự án của mình để chuẩn bị đúng mức phí thẩm định, tránh các sai sót không đáng có làm kéo dài thời gian cấp phép.

Nếu có thắc mắc liên quan đến các thủ tục môi trường, quý bạn đọc có thể liên hệ tổng đài 1900.6199 để được các chuyên gia pháp lý hỗ trợ kịp thời.