Trong hoạt động kinh doanh, việc nhầm lẫn mức thuế suất trên hóa đơn điện tử là điều khó tránh khỏi, đặc biệt là khi các quy định về thuế thường xuyên có sự thay đổi. Tuy nhiên, nếu không được xử lý kịp thời và đúng quy trình, doanh nghiệp có thể đối mặt với các khoản truy thu thuế và tiền phạt chậm nộp không hề nhỏ. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết về cách xuất hóa đơn điều chỉnh thuế GTGT theo các quy định mới nhất áp dụng cho năm 2026.

Cách xác định số thuế GTGT khi ghi sai mức thuế suất

Theo quy định tại Điều 12 Thông tư 69/2025/TT-BTC (văn bản thay thế Thông tư 219/2013/TT-BTC), việc xác định số thuế GTGT đầu ra phải dựa trên hóa đơn đã lập. Cơ sở kinh doanh cần đặc biệt lưu ý:

"Trường hợp hóa đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn cao hơn thuế suất đã được quy định thì phải kê khai, nộp thuế GTGT theo thuế suất đã ghi trên hóa đơn; Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn thấp hơn thuế suất đã được quy định thì phải kê khai, nộp thuế GTGT theo thuế suất thuế GTGT quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT."

Quy định này nhấn mạnh rằng doanh nghiệp sẽ không được hưởng lợi từ việc ghi sai thuế suất, thậm chí còn phải nộp nhiều hơn nếu ghi sai mức cao hơn mà không thực hiện điều chỉnh kịp thời.

Lựa chọn phương án xử lý hóa đơn sai sót theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP

Khi phát hiện hóa đơn điện tử đã gửi cho người mua có sai sót về thuế suất, tiền thuế hoặc mã số thuế, doanh nghiệp cần căn cứ vào Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP và các nội dung sửa đổi tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP để thực hiện một trong hai phương án sau:

• Phương án 1: Lập hóa đơn điện tử điều chỉnh. Người bán lập hóa đơn điều chỉnh ghi rõ nội dung điều chỉnh cho hóa đơn mẫu số, ký hiệu, số hóa đơn, ngày tháng năm đã lập có sai sót.
• Phương án 2: Lập hóa đơn điện tử thay thế. Người bán lập hóa đơn mới thay thế hoàn toàn cho hóa đơn cũ. Trên hóa đơn mới phải có dòng chữ "Thay thế cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày... tháng... năm".

Thủ tục kê khai bổ sung và rủi ro xử phạt hành chính

Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế liên quan đến các hóa đơn điều chỉnh, thay thế phải tuân thủ quy định tại Thông tư 32/2025/TT-BTC. Nếu doanh nghiệp chậm trễ dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp, mức phạt sẽ được áp dụng theo khung pháp lý nghiêm khắc.

Căn cứ Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP và các cập nhật tại Nghị định 310/2025/NĐ-CP, hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế sẽ bị phạt 20% số tiền thuế khai thiếu. Ngoài ra, doanh nghiệp còn buộc phải nộp đủ số tiền thuế thiếu và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước.

Lời khuyên pháp lý: Để tránh những rắc rối không đáng có, kế toán viên nên thực hiện rà soát hóa đơn định kỳ hàng tháng. Ngay khi phát hiện sai sót về thuế suất, hãy chủ động lập văn bản thỏa thuận với khách hàng (nếu cần) và thực hiện xuất hóa đơn điều chỉnh ngay lập tức trước khi cơ quan thuế có quyết định thanh tra, kiểm tra.