Trong bối cảnh nền kinh tế số phát triển vượt bậc, việc hiện đại hóa công tác quản lý thuế là yêu cầu tất yếu nhằm đảm bảo tính minh bạch và công bằng tài khóa. Ngày 01/07/2026, Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế chính thức có hiệu lực thi hành, thay thế hoàn toàn cho Thông tư 31/2021/TT-BTC trước đây.

Sự ra đời của văn bản pháp lý mới này đánh dấu một bước chuyển dịch quan trọng từ phương thức quản lý hành chính truyền thống sang quản lý dựa trên mức độ tuân thủ và phân loại rủi ro của người nộp thuế. Đối với cộng đồng doanh nghiệp, việc thấu hiểu sâu sắc những thay đổi cốt lõi này không chỉ giúp chủ động phòng ngừa các rủi ro pháp lý, tránh bị xử phạt hành chính mà còn tối ưu hóa đáng kể thời gian và chi phí vận hành doanh nghiệp.

1. Bổ sung nguồn dữ liệu phục vụ đánh giá rủi ro: "Mắt thần" đa chiều của cơ quan thuế

Một trong những điểm mới mang tính nền tảng nhất tại Thông tư 94/2026/TT-BTC là việc mở rộng và làm giàu nguồn thông tin đầu vào phục vụ cho công tác đánh giá rủi ro của người nộp thuế.

Cụ thể, theo quy định tại Điều 6 Thông tư 94/2026/TT-BTC, bên cạnh các nguồn dữ liệu truyền thống, cơ quan thuế sẽ chính thức tích hợp thêm hai nhóm thông tin cực kỳ quan trọng:

• Thông tin về quan hệ góp vốn, quan hệ liên kết: Giúp cơ quan quản lý nhận diện rõ nét bức tranh toàn cảnh về hệ sinh thái doanh nghiệp, các giao dịch nội bộ và dòng tiền luân chuyển giữa các bên liên kết nhằm ngăn chặn hiệu quả hành vi chuyển giá, tránh thuế.
• Thông tin về kết quả kiểm toán, điều tra và xử lý sau kiểm toán, điều tra: Sự phối hợp liên ngành giữa cơ quan Thuế, Kiểm toán Nhà nước và các cơ quan điều tra sẽ được chuẩn hóa dữ liệu, giúp cơ quan thuế kế thừa kết quả thanh tra, kiểm tra trước đó, tránh sự chồng chéo và tăng tính chính xác khi xếp hạng rủi ro doanh nghiệp.

Để thấy rõ sự khác biệt, chúng ta hãy nhìn lại quy định cũ tại Điều 7 Thông tư 31/2021/TT-BTC. Trước đây, nguồn thông tin phục vụ quản lý rủi ro chủ yếu mang tính nội bộ ngành thuế hoặc thông tin hành chính cơ bản như: tình hình đăng ký kinh doanh, ngành nghề hoạt động, lịch sử nộp thuế, nợ thuế, ưu đãi thuế... Việc thiếu hụt các dữ liệu chuyên sâu về liên kết doanh nghiệp và kết quả xử lý của các cơ quan thanh tra, kiểm toán độc lập đôi khi khiến việc đánh giá rủi ro chưa thực sự sát với thực tế hoạt động của doanh nghiệp.

Ví dụ thực tế: Một doanh nghiệp A có giao dịch mua bán nguyên vật liệu với công ty mẹ ở nước ngoài. Theo quy định cũ, cơ quan thuế địa phương có thể chưa cập nhật kịp thời các dữ liệu liên kết xuyên biên giới này vào hệ thống tự động đánh giá rủi ro hàng tháng. Tuy nhiên, với cơ chế mới của Thông tư 94/2026/TT-BTC, các thông tin về quan hệ liên kết và kết quả kiểm toán chuyên sâu sẽ được liên thông trực tiếp. Nếu doanh nghiệp có dấu hiệu chuyển giá hoặc chênh lệch biên lợi nhuận bất thường, hệ thống sẽ lập tức cảnh báo rủi ro ở mức độ cao, từ đó đưa doanh nghiệp vào diện giám sát trọng điểm.

2. Điều chỉnh quy định quản lý rủi ro trong đăng ký thuế: Giảm tải thủ tục hành chính cho doanh nghiệp tuân thủ tốt

Công tác đăng ký thuế, thay đổi thông tin và khôi phục/chấm dứt hiệu lực mã số thuế (MST) luôn là những thủ tục hành chính phát sinh thường xuyên. Thông tư 94/2026/TT-BTC đã đưa ra những điều chỉnh mang tính đột phá, phân định rõ ràng quyền lợi của doanh nghiệp tuân thủ tốt và biện pháp kiểm soát đối với nhóm rủi ro cao.

Theo Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC, người nộp thuế được phân loại chặt chẽ theo 3 mức độ rủi ro: Rủi ro cao, rủi ro trung bình và rủi ro thấp. Sự phân loại này là kim chỉ nam cho các ứng xử nghiệp vụ tiếp theo của cơ quan thuế quy định tại Điều 14 Thông tư 94/2026/TT-BTC:

Thay đổi địa điểm kinh doanh (Chuyển quận/tỉnh)

Trước đây, theo quy định tại Điều 16 Thông tư 31/2021/TT-BTC, khi doanh nghiệp thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp và thuộc diện rủi ro cao, cả cơ quan thuế nơi đi và nơi đến phải phối hợp thực hiện thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Quy trình phối hợp này thường kéo dài, gây nghẽn thủ tục hành chính và ảnh hưởng trực tiếp đến tiến độ hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.

Khắc phục bất cập này, quy định mới tại Điều 14 Thông tư 94/2026/TT-BTC đã thu hẹp đáng kể phạm vi kiểm tra. Theo đó, chỉ yêu cầu duy nhất cơ quan thuế nơi chuyển đi thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế trước khi hoàn tất thủ tục chuyển địa điểm. Sự điều chỉnh này giúp cắt giảm một nửa quy trình phối hợp trung gian, giải phóng dòng chảy thủ tục hành chính cho doanh nghiệp.

Khôi phục mã số thuế

Thông tư mới bổ sung cơ chế kiểm soát rủi ro chủ động đối với việc khôi phục MST (trường hợp doanh nghiệp bị đóng MST do không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc các lý do khác):

• Đối với doanh nghiệp rủi ro cao: Bắt buộc cơ quan thuế phải tiến hành rà soát, kiểm tra thực tế tại trụ sở trước khi ra quyết định khôi phục MST. Điều này nhằm ngăn chặn tình trạng các "doanh nghiệp ma" mua bán hóa đơn bất hợp pháp cố tình khôi phục MST để tiếp tục trục lợi.
• Đối với doanh nghiệp rủi ro trung bình và thấp: Quy trình khôi phục được thực hiện nhanh chóng theo cơ chế tự động hoặc hậu kiểm, tạo điều kiện tối đa cho doanh nghiệp sớm quay trở lại hoạt động sản xuất kinh doanh bình thường.

Chấm dứt hiệu lực mã số thuế (Giải thể, phá sản)

Cách thức quản lý rủi ro khi giải thể doanh nghiệp cũng được phân cấp thông minh hơn:

• Nhóm rủi ro cao: Bắt buộc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định nghiêm ngặt.
• Nhóm rủi ro trung bình và thấp: Cơ quan thuế chủ yếu áp dụng các biện pháp đôn đốc từ xa, yêu cầu người nộp thuế tự hoàn thành nghĩa vụ thuế còn nợ trước khi cập nhật trạng thái giải thể trên hệ thống, giảm thiểu tối đa việc phải xuống trực tiếp trụ sở doanh nghiệp để thanh tra thực địa.

3. Quản lý rủi ro trong hoàn thuế giá trị gia tăng: Bảo vệ doanh nghiệp chân chính, siết chặt đối tượng gian lận

Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) luôn là điểm nóng trong công tác quản lý thuế. Nguyên tắc cốt lõi "Rủi ro cao thì kiểm tra trước, hoàn thuế sau" vẫn được giữ vững tại Thông tư 94/2026/TT-BTC. Tuy nhiên, cơ chế phân loại và giải quyết hồ sơ hoàn thuế tại Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC đã được thiết kế tinh tế và linh hoạt hơn rất nhiều.

Cụ thể, quy trình xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT được chia tách rõ ràng:

Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện rủi ro cao: Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Tuy nhiên, Thông tư mới đã bổ sung hai trường hợp ngoại lệ cực kỳ nhân văn để tránh làm nghẽn dòng tiền của doanh nghiệp làm ăn uy tín:

• Hồ sơ bị phân loại rủi ro cao chỉ bởi cùng một hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó.
• Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau nếu kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện bất kỳ hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, đồng thời không vướng vào các tiêu chí chấm điểm rủi ro khác.

Sự thay đổi này giải quyết triệt để bài toán "oan sai" cho nhiều doanh nghiệp xuất khẩu uy tín. Trước đây, chỉ cần hệ thống tự động quét trúng một dấu hiệu rủi ro định tính (dù doanh nghiệp đã được chứng minh là trong sạch ở kỳ hoàn thuế ngay trước đó), hồ sơ vẫn bị đẩy vào diện "kiểm trước hoàn sau", khiến dòng vốn của doanh nghiệp bị giam giữ từ vài tháng đến cả năm trời.

Ví dụ minh họa: Doanh nghiệp xuất khẩu nông sản B thường xuyên hoàn thuế GTGT đầu vào. Do đặc thù ngành hàng thu mua từ nông dân, hệ thống thuế luôn xếp doanh nghiệp vào nhóm có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn đầu vào (tiêu chí không chấm điểm). Ở kỳ hoàn thuế tháng trước, cơ quan thuế đã thanh tra toàn diện và kết luận doanh nghiệp B hoàn toàn tuân thủ đúng pháp luật, không có gian lận. Sang kỳ hoàn thuế tháng này, nhờ quy định mới của Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC, doanh nghiệp B sẽ được chuyển sang diện "hoàn trước, kiểm sau", giúp giải phóng dòng vốn lưu động nhanh chóng để tái sản xuất.

Ngược lại, đối với hồ sơ rủi ro trung bình và thấp, cơ quan thuế áp dụng triệt để cơ chế "hoàn trước, kiểm sau". Tuy nhiên, nếu trong quá trình giải quyết, cơ quan thuế thu thập được thông tin xác thực chỉ ra dấu hiệu rủi ro cao đột xuất, hệ thống cho phép linh hoạt chuyển đổi hình thức phân loại từ "hoàn trước" sang "kiểm trước" để bảo vệ ngân sách nhà nước.

4. Những lưu ý quan trọng về thời hạn áp dụng các chính sách thuế liên quan

Bên cạnh các nội dung cốt lõi về quản lý rủi ro, người nộp thuế cũng cần đặc biệt lưu ý đến các mốc thời gian chuyển tiếp của một số chính sách miễn, giảm thuế quan trọng đang được áp dụng song hành tại thời điểm này:

• Kéo dài thời hạn áp dụng các chính sách ưu đãi, hỗ trợ doanh nghiệp theo Nghị quyết số 25/2026/NQ-CP và Nghị định 72/2026/NĐ-CP đến hết ngày 30/09/2026.
• Kéo dài thời hạn áp dụng các quy định về giảm thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng theo Nghị quyết số 19/2026/QH16 đến hết ngày 30/09/2026.

Việc nắm bắt chính xác các mốc thời gian này giúp doanh nghiệp thực hiện kê khai thuế chính xác, áp dụng đúng mức thuế suất ưu đãi, từ đó hạn chế tối đa các sai sót vô ý dẫn đến việc bị hệ thống tự động đánh giá là "rủi ro tuân thủ".

Lời kết và khuyến nghị dành cho doanh nghiệp

Thông tư 94/2026/TT-BTC là minh chứng rõ nét cho nỗ lực cải cách hành chính và chuyển đổi số của ngành tài chính. Cơ chế quản lý rủi ro mới không nhằm mục đích gây khó dễ cho doanh nghiệp, mà ngược lại, tạo ra một bộ lọc thông minh để bảo vệ và ưu tiên những doanh nghiệp tuân thủ tốt pháp luật.

Để luôn duy trì vị thế trong nhóm "rủi ro thấp" và được hưởng các đặc quyền về thủ tục hành chính cũng như tốc độ hoàn thuế, các doanh nghiệp cần chủ động thiết lập hệ thống kiểm soát nội bộ chặt chẽ, thường xuyên đối chiếu hóa đơn đầu vào - đầu ra, minh bạch hóa các giao dịch liên kết và nghiêm túc thực hiện nghĩa vụ kê khai, nộp thuế đúng hạn.