Trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh, việc doanh nghiệp rà soát lại sổ sách kế toán qua các thời kỳ và phát hiện những sai lệch, nhầm lẫn trong số liệu thuế đã kê khai là tình huống diễn ra khá phổ biến. Tuy nhiên, vấn đề trở nên phức tạp hơn khi thời điểm phát hiện đã cách xa thời điểm kê khai ban đầu trên 5 năm. Liệu người nộp thuế có còn quyền nộp hồ sơ khai bổ sung như thông thường? Hay phải thực hiện thủ tục giải trình với cơ quan thuế? Căn cứ theo quy định tại khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật Quản lý thuế 2025, cơ chế xử lý đối với hồ sơ quá hạn 5 năm đã có những quy định hết sức chặt chẽ mà người nộp thuế cần nắm rõ để đảm bảo tuân thủ pháp luật và giảm thiểu rủi ro tài chính.

1. Hồ sơ khai thuế sai sót quá 5 năm có được nộp tờ khai bổ sung không?

Theo nguyên tắc chung của pháp luật quản lý thuế, người nộp thuế khi tự phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót thì được quyền nộp hồ sơ khai bổ sung trong thời hạn luật định. Cụ thể, khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 giới hạn thời hạn được nộp hồ sơ khai bổ sung là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.

Khi thời hạn 05 năm này đã trôi qua, cánh cửa nộp tờ khai khai bổ sung chính thức khép lại. Đối chiếu với quy định tại khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP:

• Không được nộp hồ sơ khai bổ sung: Người nộp thuế không thể lập và gửi tờ khai bổ sung (mẫu 01/KHBS) trên hệ thống thuế điện tử cho kỳ tính thuế đã quá 5 năm.
• Được quyền gửi hồ sơ giải trình: Thay vì khai bổ sung, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để làm rõ các số liệu điều chỉnh, nguyên nhân sai sót và đề xuất xử lý nghĩa vụ thuế liên quan.

Quy định này thể hiện tính linh hoạt của chính sách: vừa khóa thời hạn khai bổ sung nhằm bảo đảm tính ổn định của ngân sách và quản lý nhà nước, vừa tạo lối mở pháp lý để người nộp thuế tự giác khắc phục thiếu sót, tránh rơi vào hành vi trốn thuế hay gian lận thuế khi cơ quan quản lý phát hiện.

2. Điều kiện áp dụng cơ chế giải trình đối với hồ sơ quá 5 năm

Không phải mọi trường hợp quá hạn 5 năm đều tự động được nộp văn bản giải trình. Việc tiếp nhận và xử lý hồ sơ giải trình chỉ được thực hiện khi đáp ứng đúng các điều kiện tiên quyết sau đây:

2.1. Phát hiện trước khi cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra

Theo quy định tại điểm a khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025, thời điểm người nộp thuế chủ động phát hiện sai lệch và lập văn bản giải trình phải là trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan chức năng có thẩm quyền (như Thanh tra, Kiểm toán Nhà nước) công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Nếu quyết định thanh tra, kiểm tra đã được công bố chính thức, người nộp thuế sẽ mất quyền chủ động giải trình theo quy trình này mà phải chấp hành theo kết luận, biên bản của đoàn thanh tra, kiểm tra.

2.2. Hồ sơ nằm ngoài phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra

Trường hợp cơ quan có thẩm quyền đang tiến hành thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp nhưng quyết định thanh tra chỉ giới hạn ở một số sắc thuế hoặc một thời kỳ nhất định (ví dụ: thanh tra thuế TNDN năm 2023 - 2024), thì đối với các hồ sơ khai thuế thuộc sắc thuế khác hoặc thời kỳ khác không nằm trong quyết định thanh tra đó (ví dụ: hồ sơ thuế GTGT năm 2020), nếu phát hiện sai sót quá 5 năm thì người nộp thuế vẫn được quyền nộp hồ sơ giải trình theo điểm b khoản 5 Điều 12.

3. Những ảnh hưởng sai sót nào thuộc diện phải nộp hồ sơ giải trình?

Khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP khoanh vùng cụ thể 3 hệ quả tài chính bắt buộc phải áp dụng cơ chế hồ sơ giải trình khi phát hiện sai sót quá 5 năm:

• Làm tăng số tiền thuế, khoản thu khác phải nộp vào ngân sách: Xuất phát từ việc kê khai sót doanh thu, tính thiếu chi phí không hợp lệ hoặc áp dụng sai thuế suất dẫn đến số thuế đã nộp thấp hơn số thực tế phải nộp.
• Làm giảm số thuế, khoản thu khác đã được miễn, giảm hoặc hoàn: Doanh nghiệp đã nhận tiền hoàn thuế hoặc được hưởng ưu đãi miễn giảm nhưng sau này phát hiện không đủ điều kiện đối với một phần số tiền đã được duyệt.
• Làm giảm số thuế giá trị gia tăng (GTGT) còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: Sai sót làm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ bị giảm đi, làm ảnh hưởng đến số dư thuế chuyển sang các kỳ tính thuế tiếp theo.

Nếu sai lệch xảy ra không thuộc một trong 3 hệ quả trên (chẳng hạn làm tăng số thuế được hoàn hoặc tăng thuế nộp thừa quá thời hạn hoàn thuế), cơ chế xử lý sẽ tuân theo các quy định riêng biệt về hoàn thuế nộp thừa hoặc xử lý hồ sơ khai thuế sai chỉ tiêu không ảnh hưởng nghĩa vụ nộp thuế.

4. Cách xác định mốc thời gian 05 năm chuẩn xác nhất

Nhiều kế toán thường nhầm lẫn mốc 5 năm được tính từ ngày lập hóa đơn hoặc từ ngày kết thúc năm tài chính. Tuy nhiên, căn cứ theo khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2025, thời điểm xác định mốc 5 năm được tính từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót.

Để xác định chuẩn xác hồ sơ đã quá 5 năm hay chưa, doanh nghiệp cần thực hiện theo 3 bước:

1. Xác định kỳ tính thuế phát sinh sai sót: Là kỳ tính thuế theo tháng, theo quý hay theo năm (hồ sơ quyết toán năm).
2. Xác định thời hạn nộp hồ sơ theo luật định: Ví dụ, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế quý 1/2021 là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo (ngày 30/04/2021); thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm 2020 là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính (ngày 31/03/2021).
3. Tính thời hạn 05 năm: Kể từ mốc thời hạn nộp hồ sơ nêu trên, cộng thêm đúng 05 năm dương lịch. Nếu ngày phát hiện sai sót sau mốc cộng 5 năm thì hồ sơ chính thức rơi vào trường hợp quá thời hạn 05 năm.

5. Trình tự cơ quan thuế giải quyết hồ sơ giải trình và chế tài xử lý

Khi tiếp nhận hồ sơ giải trình từ người nộp thuế, cơ quan quản lý thuế không điều chỉnh tự động trên hệ thống dữ liệu mà sẽ phân công công chức quản lý tiến hành thẩm tra, rà soát hồ sơ theo quy trình chuyên môn:

• Trường hợp chấp nhận hồ sơ: Cơ quan thuế ban hành Thông báo chấp nhận hồ sơ giải trình. Đồng thời, căn cứ vào nội dung sai phạm và tính chất hành vi, cơ quan thuế sẽ xem xét ban hành Quyết định xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế (xử phạt vi phạm về thủ tục thuế, phạt khai sai hoặc áp dụng tiền chậm nộp theo quy định nếu có căn cứ).
• Trường hợp không chấp thuận: Nếu các tài liệu, lý do giải trình không hợp lý, số liệu không minh bạch hoặc chứng từ không hợp pháp, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo không chấp nhận hồ sơ giải trình và có thể chuyển hồ sơ sang bộ phận thanh tra, kiểm tra để tiến hành thu thập chứng cứ chuyên sâu.

Chính vì vậy, trong công văn giải trình, doanh nghiệp cần trình bày nguyên nhân khách quan, cung cấp đầy đủ bảng kê tính toán đối chiếu, các hóa đơn, chứng từ kế toán hợp lệ liên quan. Đồng thời, doanh nghiệp nên chủ động tự nộp số tiền thuế chênh lệch tăng thêm và tiền chậm nộp vào Kho bạc Nhà nước trước khi nộp hồ sơ giải trình để thể hiện tinh thần tự giác khắc phục hậu quả, từ đó được xem xét tình tiết giảm nhẹ khi cơ quan chức năng ban hành quyết định xử lý vi phạm hành chính.

Lời khuyên cho doanh nghiệp

Quy định tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP đã thiết lập một hành lang pháp lý minh bạch cho các sai sót tồn đọng trên 5 năm. Để giảm thiểu rủi ro, doanh nghiệp cần thường xuyên kiểm tra, rà soát số liệu sổ sách kế toán, định kỳ đối chiếu công nợ và số thuế đã nộp ngân sách, tránh để các sai sót kéo dài gây phát sinh tiền chậm nộp lớn và chịu các chế tài xử phạt không đáng có.