Việc lựa chọn phương pháp tính thuế Giá trị gia tăng (GTGT) phù hợp không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định pháp luật mà còn là một chiến lược tối ưu hóa dòng tiền hiệu quả. Tuy nhiên, không phải lúc nào doanh nghiệp cũng có thể tùy ý thay đổi giữa phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp.

Thời điểm vàng để doanh nghiệp thực hiện chuyển đổi

Theo quy định tại Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC (và tiếp nối bởi các quy định tại Thông tư 69/2025/TT-BTC), thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế là 02 năm liên tục.

Điều này có nghĩa là doanh nghiệp phải duy trì phương pháp đã chọn trong suốt chu kỳ 2 năm. Chỉ khi kết thúc chu kỳ này, nếu có nhu cầu thay đổi để phù hợp với quy mô kinh doanh mới, doanh nghiệp mới được phép làm thủ tục chuyển đổi.

"Thời gian áp dụng ổn định phương pháp tính thuế là 2 năm liên tục" - Trích khoản 2 Điều 12 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Ví dụ thực tế: Một doanh nghiệp cổ phần thành lập vào tháng 01/2024 và chọn phương pháp trực tiếp. Doanh nghiệp này bắt buộc phải áp dụng phương pháp trực tiếp cho cả năm 2024 và 2025. Đến kỳ tính thuế năm 2026, nếu doanh thu đạt ngưỡng trên 1 tỷ đồng hoặc có nhu cầu tự nguyện, doanh nghiệp mới có thể chuyển sang phương pháp khấu trừ.

Cải cách hành chính: Tạm biệt Mẫu 06/GTGT

Trước đây, việc chuyển đổi phương pháp tính thuế thường đi kèm với nỗi lo nộp chậm Mẫu 06/GTGT. Tuy nhiên, kể từ khi Thông tư 93/2017/TT-BTC có hiệu lực, thủ tục này đã được bãi bỏ hoàn toàn nhằm đơn giản hóa quy trình cho người nộp thuế.

Hiện nay, phương pháp tính thuế của doanh nghiệp sẽ được xác định căn cứ vào hồ sơ khai thuế GTGT mà doanh nghiệp gửi đến cơ quan thuế. Việc bạn đặt bút ký vào tờ khai theo mẫu nào chính là sự khẳng định phương pháp tính thuế mà doanh nghiệp lựa chọn cho chu kỳ tiếp theo.

Hồ sơ và các mẫu tờ khai cần lưu ý

Căn cứ theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp cần xác định đúng mẫu tờ khai để thực hiện chuyển đổi:

• Phương pháp khấu trừ: Sử dụng Tờ khai thuế GTGT mẫu số 01/GTGT. Đối với các dự án đầu tư, kế toán cần sử dụng mẫu số 02/GTGT.
• Phương pháp trực tiếp: Doanh nghiệp nộp Tờ khai thuế GTGT mẫu số 04/GTGT. Riêng hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý sẽ áp dụng mẫu số 03/GTGT.

Ngoài ra, nếu người thực hiện thủ tục không phải là đại diện pháp luật của công ty, cần chuẩn bị thêm Giấy ủy quyền hợp lệ để làm việc với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Việc nắm vững các quy định về chuyển đổi phương pháp tính thuế không chỉ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro về xử phạt hành chính mà còn giúp bộ phận kế toán chủ động hơn trong việc lập kế hoạch tài chính dài hạn. Hãy luôn cập nhật các văn bản mới nhất như Thông tư 69/2025/TT-BTC để đảm bảo quyền lợi tối đa cho doanh nghiệp của mình.