Trong bối cảnh các quy định về thuế liên tục được cập nhật nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động xuất khẩu, vấn đề hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án xây dựng trong khu chế xuất luôn nhận được sự quan tâm đặc biệt. Mới đây, Công văn 2689/CT-CS đã đưa ra những giải đáp mang tính tháo gỡ cho doanh nghiệp về việc liệu giấy phép xây dựng có phải là điều kiện bắt buộc trong hồ sơ hoàn thuế hay không.

Căn cứ pháp lý về khấu trừ và hoàn thuế GTGT hiện hành

Theo nội dung tại Công văn 2689/CT-CS, việc thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào và hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định tại hệ thống văn bản pháp luật về thuế mới nhất. Cụ thể, các doanh nghiệp cần đối chiếu với quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Bên cạnh đó, các văn bản hướng dẫn chi tiết như Thông tư 219/2013/TT-BTC và Thông tư 80/2021/TT-BTC vẫn đóng vai trò quan trọng trong việc xác định trình tự, thủ tục và hồ sơ hoàn thuế. Việc nắm vững các căn cứ này giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc chuẩn bị chứng từ, tránh những sai sót không đáng có dẫn đến việc bị từ chối hoàn thuế.

Giấy phép xây dựng: Không phải là điều kiện để hoàn thuế GTGT

Một trong những điểm nghẽn lớn nhất mà nhiều doanh nghiệp chế xuất gặp phải là yêu cầu về giấy phép xây dựng hoặc các giấy tờ về đất đai khi thực hiện thủ tục hoàn thuế cho các hoạt động xây dựng, lắp đặt. Tuy nhiên, Cục Thuế đã khẳng định rõ ràng: Pháp luật thuế GTGT và pháp luật quản lý thuế hiện hành không quy định điều kiện hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu phải có giấy phép xây dựng.

Nội dung này không chỉ là một hướng dẫn nhất thời mà đã được cơ quan thuế giải trình kỹ lưỡng trong quá trình xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật và tiếp tục được khẳng định mạnh mẽ khi Chính phủ ban hành Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Điều này đồng nghĩa với việc cơ quan thuế không được phép yêu cầu doanh nghiệp cung cấp giấy phép xây dựng như một thành phần hồ sơ bắt buộc để xét duyệt hoàn thuế GTGT cho hoạt động xây dựng, lắp đặt tại doanh nghiệp chế xuất.

Tách biệt giữa sai phạm xây dựng và quyền lợi về thuế

Một vấn đề pháp lý quan trọng khác được làm rõ là sự tách biệt giữa pháp luật về thuế và pháp luật về xây dựng. Công văn 2689/CT-CS nêu rõ: Trường hợp doanh nghiệp có vi phạm quy định về xây dựng (ví dụ: xây dựng không phép hoặc sai phép) thì việc xử lý các vi phạm đó sẽ được thực hiện theo quy định của pháp luật về xây dựng. Những vi phạm này không phải là căn cứ để xem xét, từ chối hoặc đình chỉ điều kiện hoàn thuế GTGT của doanh nghiệp.

Quy định này nhằm đảm bảo tính minh bạch và công bằng, tránh việc chồng chéo giữa các lĩnh vực quản lý nhà nước. Doanh nghiệp vẫn phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về các sai phạm trong xây dựng, nhưng quyền lợi chính đáng về hoàn thuế GTGT đối với hoạt động xuất khẩu vẫn phải được đảm bảo nếu đáp ứng đủ các điều kiện về hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và hợp đồng theo quy định.

Lời khuyên cho doanh nghiệp

Mặc dù giấy phép xây dựng không còn là rào cản trực tiếp cho việc hoàn thuế, doanh nghiệp vẫn cần lưu ý một số điểm sau để quá trình hoàn thuế diễn ra thuận lợi:

• Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn: Đảm bảo các hóa đơn xây dựng, lắp đặt được xuất đúng thời điểm, đúng đối tượng và đúng thuế suất quy định cho doanh nghiệp chế xuất.
• Chứng từ thanh toán: Tuyệt đối tuân thủ quy định về thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng cho các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.
• Hồ sơ thực tế: Cơ quan thuế địa phương sẽ căn cứ vào hồ sơ thực tế và các quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 để xử lý. Do đó, việc lưu trữ hồ sơ khoa học và đầy đủ là vô cùng cần thiết.

Việc tháo gỡ yêu cầu về giấy phép xây dựng trong hồ sơ hoàn thuế GTGT là một bước tiến lớn trong cải cách thủ tục hành chính, giúp doanh nghiệp chế xuất khơi thông nguồn vốn và tập trung vào hoạt động sản xuất kinh doanh cốt lõi.