Xuất hóa đơn GTGT trễ so với thời điểm hoàn thành nghiệm thu bàn giao công trình là vi phạm phổ biến ở nhiều doanh nghiệp xây dựng, lắp đặt. Dù đã nộp đủ tiền thuế, doanh nghiệp vẫn phải đối mặt với các mức xử phạt vi phạm hành chính nghiêm khắc theo quy định hiện hành.

Trong hoạt động sản xuất kinh doanh, đặc biệt là ngành xây dựng và lắp đặt hạ tầng kỹ thuật, việc nghiệm thu hoàn thành công trình và thời điểm xuất hóa đơn GTGT không phải lúc nào cũng diễn ra song song. Nhiều doanh nghiệp vì lý do chậm thanh toán từ đối tác hoặc chờ đối soát tài chính mà lùi thời điểm phát hành hóa đơn. Vậy dưới góc độ pháp lý, hành vi xuất hóa đơn chậm sau khi nghiệm thu công trình bị xử lý ra sao? Đã kê khai thuế đầy đủ thì có được giảm nhẹ hay miễn phạt không?

1. Quy định về thời điểm lập hóa đơn đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt

Xác định chính xác thời điểm xuất hóa đơn là nghĩa vụ bắt buộc đối với người nộp thuế nhằm đảm bảo tính minh bạch trong quản lý doanh thu và nghĩa vụ thuế đối với ngân sách nhà nước.

Căn cứ theo quy định tại điểm c khoản 4 Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP hướng dẫn về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử quy định rõ:

"c) Đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt, thời điểm lập hóa đơn là thời điểm nghiệm thu, bàn giao công trình, hạng mục công trình, khối lượng xây dựng, lắp đặt hoàn thành, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền;"

Như vậy, đối với dịch vụ cung cấp và lắp đặt hệ thống (như hệ thống camera giám sát, thiết bị điện, mạng hạ tầng...), ngay khi các bên ký kết biên bản nghiệm thu, bàn giao khối lượng hoàn thành thì doanh nghiệp đã phát sinh nghĩa vụ lập hóa đơn GTGT. Việc lùi ngày lập hóa đơn sau mốc nghiệm thu bị xác định là hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm.

2. Mức xử phạt vi phạm hành chính hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm

Chế tài xử lý vi phạm hành chính đối với lĩnh vực thuế và hóa đơn được điều chỉnh chặt chẽ nhằm răn đe các hành vi vi phạm thủ tục quản lý thuế.

Theo quy định tại khoản 2 Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi điểm a khoản 14 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP, khung phạt tiền đối với hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ được quy định chi tiết theo số lượng hóa đơn vi phạm:

• Trường hợp vi phạm 01 số hóa đơn: Phạt tiền từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng.
• Trường hợp vi phạm từ 02 đến dưới 10 số hóa đơn: Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng.
• Trường hợp vi phạm từ 10 đến dưới 20 số hóa đơn: Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 15.000.000 đồng.
• Trường hợp vi phạm từ 20 đến dưới 50 số hóa đơn: Phạt tiền từ 15.000.000 đồng đến 30.000.000 đồng.
• Trường hợp vi phạm từ 50 đến dưới 100 số hóa đơn: Phạt tiền từ 30.000.000 đồng đến 50.000.000 đồng.
• Trường hợp vi phạm từ 100 số hóa đơn trở lên: Phạt tiền từ 50.000.000 đồng đến 70.000.000 đồng.

Cần lưu ý rằng, mức phạt tiền nêu trên áp dụng đối với tổ chức (doanh nghiệp). Đối với hộ kinh doanh, cá nhân vi phạm thì mức phạt tiền bằng 1/2 mức phạt của tổ chức theo quy định tại điểm a khoản 4 Điều 7 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

3. Đã kê khai và nộp đủ thuế có giúp doanh nghiệp tránh bị xử phạt?

Một thắc mắc khá phổ biến của các kế toán là nếu doanh nghiệp chủ động kê khai, nộp thuế đầy đủ và không làm thất thoát tiền thuế của Nhà nước thì có bị phạt hay không.

Căn cứ quy định pháp luật về quản lý thuế, việc kê khai và nộp thuế đầy đủ chứng minh doanh nghiệp không có hành vi trốn thuế hay gian lận thuế. Tuy nhiên, hành vi lập hóa đơn không đúng thời điểm là vi phạm về mặt thủ tục hóa đơn độc lập. Do đó, doanh nghiệp vẫn bị xử phạt hành chính theo khung tiền phạt tương ứng.

Ngoài ra, về nguyên tắc xác định mức phạt tiền cụ thể, điểm d khoản 4 Điều 7 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (đã được sửa đổi tại điểm c khoản 5 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP) quy định:

• Mức tiền phạt cụ thể là mức trung bình của khung tiền phạt. Đối với hành vi lập chậm 01 số hóa đơn (khung từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng), mức phạt trung bình là 1.000.000 đồng.
• Nếu có 01 tình tiết giảm nhẹ: Giảm 10% mức trung bình (còn 900.000 đồng).
• Nếu có 01 tình tiết tăng nặng: Tăng 10% mức trung bình (thành 1.100.000 đồng).
• Nếu có từ 02 tình tiết giảm nhẹ trở lên: Áp dụng mức tối thiểu của khung phạt (500.000 đồng).
• Nếu có từ 02 tình tiết tăng nặng trở lên: Áp dụng mức tối đa của khung phạt (1.500.000 đồng).

Bên cạnh đó, doanh nghiệp còn bắt buộc phải thực hiện biện pháp khắc phục hậu quả là buộc lập hóa đơn theo đúng quy định pháp luật căn cứ điểm c khoản 14 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP.

4. Khuyến nghị ứng xử cho doanh nghiệp để tránh rủi ro pháp lý

Để hạn chế tối đa nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính trong quản lý hóa đơn GTGT, các doanh nghiệp kinhdong trong lĩnh vực cung cấp dịch vụ, xây lắp nên tuân thủ các nguyên tắc sau:

1. Rà soát quy trình nghiệm thu: Đảm bảo bộ phận kế toán nắm bắt kịp thời ngay khi biên bản nghiệm thu công trình được các bên ký kết để khởi tạo và phát hành hóa đơn điện tử đúng thời điểm.
2. Đưa điều khoản hóa đơn vào hợp đồng: Quy định rõ ràng trong hợp đồng kinh tế về nghĩa vụ xuất hóa đơn ngay sau khi hoàn thành nghiệm thu, tránh việc phụ thuộc vào tiến độ thanh toán của đối tác.
3. Ứng dụng công nghệ quản lý hóa đơn: Sử dụng các phần mềm hóa đơn điện tử có tính năng nhắc lịch hoặc tự động lập hóa đơn theo hợp đồng để giảm thiểu sai sót do con người.

Tóm lại, xuất hóa đơn chậm sau khi nghiệm thu công trình là hành vi vi phạm quy định pháp luật về hóa đơn. Dù đã nộp đủ tiền thuế, doanh nghiệp vẫn sẽ bị xử phạt hành chính từ 500.000 đồng đến 1.500.000 đồng cho 01 số hóa đơn vi phạm (mức phạt thông thường là 1.000.000 đồng) và tăng dần theo số lượng hóa đơn chậm lập.