Việc trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ mang lại lợi ích thuế to lớn cho doanh nghiệp. Tuy nhiên, nếu không thực hiện báo cáo đúng quy định tại Thông tư liên tịch 12/2016/TTLT-BKHCN-BTC, doanh nghiệp đối mặt với nguy cơ bị truy thu thuế và tính lãi chậm nộp.