Quá trình triển khai các dự án đầu tư xây dựng tại các khu công nghiệp, khu chế xuất không hiếm gặp trường hợp doanh nghiệp phải điều chỉnh lại chiến lược kinh doanh hoặc định hướng vận hành. Một trong những tình huống pháp lý phức tạp và được quan tâm hàng đầu hiện nay là việc chuyển đổi mục tiêu dự án từ doanh nghiệp chế xuất (DNCX) sang doanh nghiệp thông thường không còn hoạt động theo mô hình chế xuất. Khi thay đổi tư cách pháp lý này trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản, các hóa đơn tiền hàng, vật tư, máy móc đã lập trước đó với thuế suất ưu đãi sẽ phải giải quyết ra sao?

Quy Định Mới Về Xử Lý Hóa Đơn Điện Tử Khi Thay Đổi Mục Tiêu Doanh Nghiệp Chế Xuất

Vấn đề này vừa được cơ quan thuế làm rõ tại Công văn số 7552/CT-QLNT ngày 12/10/2026 gửi Thuế thành phố Bắc Ninh. Theo hướng dẫn chuyên môn từ cơ quan thuế, trường hợp doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư với mục tiêu là doanh nghiệp chế xuất nhưng trong quá trình triển khai dự án đầu tư xây dựng lại thực hiện chuyển đổi mục tiêu không tiếp tục hoạt động theo quy chế của doanh nghiệp chế xuất, thì nhà cung cấp và doanh nghiệp phải phối hợp tiến hành điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn điện tử đã lập trước đây.

Nguyên nhân xuất phát từ việc hàng hóa, dịch vụ cung ứng cho doanh nghiệp chế xuất khi xây dựng cơ sở hạ tầng, nhà xưởng trước đó thường được áp dụng cơ chế đặc thù đối với khu phi thuế quan (như thuế suất thuế giá trị gia tăng 0%). Tuy nhiên, khi mục tiêu chế xuất không còn, bản chất giao dịch và đối tượng thụ hưởng ưu đãi đã thay đổi hoàn toàn, đòi hỏi chế độ hóa đơn chứng từ phải phản ánh đúng nghĩa vụ thuế thực tế phát sinh.

Căn Cứ Pháp Lý Điều Chỉnh Và Thay Thế Hóa Đơn Điện Tử

Thủ tục và trình tự xử lý hóa đơn điện tử trong trường hợp này được căn cứ theo hệ thống văn bản pháp luật về hóa đơn chứng từ:

• Trước thời điểm có hiệu lực của văn bản mới, việc xử lý hóa đơn điện tử có sai sót, thay đổi thông tin được thực hiện theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Nghị định số 70/2025/NĐ-CP (văn bản sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 123/2020/NĐ-CP).
• Kể từ ngày 01/7/2026, các bên thực hiện việc xử lý hóa đơn điện tử theo hướng dẫn chi tiết tại Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử.

Theo đó, bên bán và bên mua phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót hoặc lý do điều chỉnh do thay đổi mục tiêu dự án đầu tư. Sau đó, người bán thực hiện lập hóa đơn điện tử điều chỉnh hoặc hóa đơn điện tử thay thế để gửi cho người mua, đồng thời kê khai bổ sung nghĩa vụ thuế theo đúng quy định hiện hành.

Thời Điểm Hưởng Ưu Đãi Đầu Tư Và Chính Sách Thuế Khu Phi Thuế Quan Của DNCX

Bên cạnh việc xử lý hóa đơn, cơ quan thuế cũng nhấn mạnh và làm rõ quy định về mốc thời gian xác định quyền hưởng ưu đãi đầu tư đối với doanh nghiệp chế xuất theo khung pháp lý tại Nghị định 35/2022/NĐ-CP về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế:

• Thời điểm bắt đầu hưởng chính sách ưu đãi: Doanh nghiệp chế xuất được áp dụng các ưu đãi đầu tư và chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi nhận tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh hoặc Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất do cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền cấp.
• Điều kiện tiên quyết trước khi vận hành: Sau khi hoàn thành quá trình xây dựng cơ sở hạ tầng, trước khi chính thức đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp chế xuất bắt buộc phải được cơ quan hải quan có thẩm quyền kiểm tra và xác nhận đáp ứng đầy đủ các điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo pháp luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (quy định tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP).
• Hậu quả pháp lý nếu không đạt chuẩn giám sát hải quan: Trong trường hợp doanh nghiệp không được cơ quan hải quan cấp văn bản xác nhận đáp ứng các điều kiện giám sát hải quan (như hệ thống hàng rào cứng, cổng ra vào, camera giám sát kết nối dữ liệu hải quan...), doanh nghiệp sẽ không được hưởng chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan.

Doanh Nghiệp Và Nhà Thầu Cần Lưu Ý Những Gì Để Tránh Rủi Ro Thuế?

Để đảm bảo tuân thủ nghiêm túc pháp luật thuế và tránh nguy cơ bị xử phạt vi phạm hành chính hoặc truy thu thuế do sử dụng hóa đơn không đúng thực tế, các doanh nghiệp nằm trong diện điều chỉnh mục tiêu cần lưu ý:

1. Chủ động rà soát toàn bộ hợp đồng và hóa đơn: Doanh nghiệp cùng các nhà thầu thi công xây dựng, đơn vị cung ứng vật tư, thiết bị cần lập danh mục toàn bộ các hóa đơn đã xuất với thuế suất 0% hoặc hóa đơn áp dụng cho khu phi thuế quan trong suốt thời gian xây dựng dự án.
2. Kịp thời lập biên bản thỏa thuận điều chỉnh: Ngay khi cơ quan có thẩm quyền chấp thuận điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư loại bỏ mục tiêu doanh nghiệp chế xuất, các bên phải ký biên bản ghi nhận việc thay đổi tư cách pháp lý và tiến hành xuất hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế với thuế suất thuế giá trị gia tăng theo quy định thông thường.
3. Thực hiện kê khai bổ sung minh bạch: Doanh nghiệp cung ứng và chủ đầu tư cần thực hiện kê khai điều chỉnh nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng phát sinh trên cổng thông tin của cơ quan thuế kịp thời, tránh để phát sinh tiền chậm nộp hoặc các tranh chấp thanh toán ngoài ý muốn.