Trong hoạt động đầu tư kinh doanh, hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một quyền lợi tài chính quan trọng giúp doanh nghiệp quay vòng vốn hiệu quả. Tuy nhiên, không ít đơn vị đã phải ngậm ngùi nhận thông báo từ chối hoàn thuế chỉ vì một sai sót tưởng chừng như cơ bản: Chưa góp đủ vốn điều lệ. Vậy quy định pháp luật hiện hành về vấn đề này như thế nào và doanh nghiệp cần lưu ý gì để bảo vệ quyền lợi của mình?

Không góp đủ vốn điều lệ: Rào cản lớn nhất khi hoàn thuế GTGT

Theo quy định tại khoan 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng 2008, cơ sở kinh doanh sẽ không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư trong trường hợp:

"Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động;"

Như vậy, nếu doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư nhưng các thành viên hoặc cổ đông chưa thực hiện góp đủ số vốn điều lệ như đã cam kết trên Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, số thuế GTGT đầu vào của dự án sẽ không được hoàn trả trực tiếp. Thay vào đó, số thuế này sẽ được kết chuyển sang kỳ tiếp theo để tiếp tục khấu trừ.

Phân biệt vốn điều lệ và vốn đầu tư dự án: Những nhầm lẫn tai hại

Một trong những nguyên nhân khiến doanh nghiệp gặp khó khăn khi giải trình với cơ quan thuế là sự nhầm lẫn giữa vốn điều lệ và vốn đầu tư của dự án. Pháp luật hiện hành có sự phân định rất rõ ràng về hai khái niệm này.

Căn cứ khoan 34 Điều 4 Luật Doanh nghiệp 2020:

"Vốn điều lệ là tổng giá trị tài sản do các thành viên công ty, chủ sở hữu công ty đã góp hoặc cam kết góp khi thành lập công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty hợp danh; là tổng mệnh giá cổ phần đã bán hoặc được đăng ký mua khi thành lập công ty cổ phần."

Trong khi đó, theo khoan 23 Điều 3 Luật Đầu tư 2020, vốn đầu tư là tiền và tài sản khác để thực hiện hoạt động đầu tư kinh doanh. Vốn đầu tư của dự án có thể bao gồm vốn góp của nhà đầu tư và vốn huy động (vay ngân hàng, tổ chức tín dụng...).

Thực tế, vốn điều lệ của doanh nghiệp không nhất thiết phải bằng vốn đầu tư của dự án. Một doanh nghiệp có thể triển khai nhiều dự án khác nhau và huy động các nguồn lực bên ngoài để thực hiện. Tuy nhiên, điều kiện tiên quyết để được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư là phần vốn điều lệ cam kết góp phải được hoàn tất đầy đủ.

Doanh nghiệp cần làm gì để bảo vệ quyền lợi hoàn thuế?

Để tránh tình trạng bị đình trệ việc hoàn thuế, ảnh hưởng đến dòng tiền của dự án, doanh nghiệp cần thực hiện các bước sau:

• Rà soát tiến độ góp vốn: Đảm bảo các thành viên, cổ đông góp đủ vốn trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp theo quy định của Luật Doanh nghiệp 2020.
• Điều chỉnh vốn kịp thời: Nếu nhận thấy không thể góp đủ vốn như cam kết, doanh nghiệp nên thực hiện thủ tục giảm vốn điều lệ để phù hợp với thực tế, từ đó làm căn cứ sạch để nộp hồ sơ hoàn thuế.
• Lưu trữ chứng từ: Mọi giao dịch góp vốn phải được thực hiện qua ngân hàng và lưu trữ đầy đủ chứng từ để đối chiếu khi cơ quan thuế kiểm tra.

Tóm lại, việc góp đủ vốn điều lệ không chỉ là nghĩa vụ pháp lý của chủ sở hữu doanh nghiệp mà còn là điều kiện "cần và đủ" để hưởng các chính sách ưu đãi về thuế. Doanh nghiệp cần nắm vững các quy định tại Luật Đầu tư 2020 và các văn bản hướng dẫn để tối ưu hóa quyền lợi chính đáng của mình.