Trong bối cảnh Việt Nam đang đẩy mạnh phát triển kinh tế dựa trên tri thức, các chính sách ưu đãi thuế đối với hoạt động nghiên cứu khoa học ngày càng được chú trọng. Một trong những vấn đề được nhiều nhà khoa học quan tâm nhất hiện nay chính là: Thu nhập từ việc thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ có phải chịu thuế thu nhập cá nhân (TNCN) hay không?

Mới đây, tại Công văn 5680/CT-CS, cơ quan Thuế đã có những hướng dẫn cụ thể dựa trên các thay đổi quan trọng của pháp luật trong năm 2025.

1. Nguyên tắc chung về thu nhập từ tiền lương, tiền công

Theo quy định truyền thống tại khoản 2 Điều 11 Luật Thuế thu nhập cá nhân 2007, thời điểm xác định thu nhập chịu thuế là khi tổ chức, cá nhân trả thu nhập cho người nộp thuế.

Cụ thể hơn, điểm c khoản 2 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC xác định các khoản thù lao nhận được từ việc tham gia đề tài nghiên cứu khoa học, dự án, đề án... đều thuộc diện thu nhập từ tiền công và phải tính thuế.

Tuy nhiên, kể từ đầu năm 2025, một loạt cơ chế thí điểm và luật mới đã thay đổi hoàn toàn cục diện này.

2. Bước ngoặt từ cơ chế thí điểm đặc biệt

Để tạo đột phá cho ngành khoa học, Quốc hội đã ban hành Nghị quyết 193/2025/QH15. Tại khoản 2 Điều 9 của Nghị quyết này quy định rõ:

"Thu nhập từ tiền lương, tiền công khi thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước là thu nhập không chịu thuế TNCN."

Quy định này được áp dụng trong giai đoạn từ ngày 19/02/2025 đến trước ngày 01/10/2025 và được hướng dẫn chi tiết bởi Nghị định 88/2025/NĐ-CP.

3. Quy định bền vững từ Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo 2025

Từ ngày 01/10/2025, khi Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo 2025 chính thức có hiệu lực, chính sách miễn thuế này đã được "luật hóa" một cách bền vững.

Cụ thể, khoản 3 Điều 71 của Luật này đã bổ sung khoản 18 vào Điều 4 Luật Thuế thu nhập cá nhân, khẳng định:

"Thu nhập từ tiền lương, tiền công khi thực hiện nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo được miễn thuế TNCN."

Đây là một tin vui lớn đối với cộng đồng nghiên cứu, giúp họ yên tâm cống hiến mà không phải lo lắng về gánh nặng thuế đối với các khoản thù lao từ ngân sách nhà nước.

4. Tổng kết: Cách xác định thuế theo thời điểm nhận thu nhập

Để tránh nhầm lẫn, các cá nhân và tổ chức cần lưu ý mốc thời gian nhận thu nhập để áp dụng đúng quy định:

• Trước ngày 19/02/2025: Vẫn tính thuế TNCN bình thường theo quy định cũ.
• Từ 19/02/2025 đến trước 01/10/2025: Được miễn thuế theo cơ chế thí điểm của Nghị quyết 193/2025/QH15.
• Từ ngày 01/10/2025 trở đi: Được miễn thuế chính thức theo Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo 2025.

Việc nắm vững các quy định này không chỉ giúp các nhà khoa học bảo vệ quyền lợi chính đáng của mình mà còn giúp các đơn vị quản lý thực hiện đúng nghĩa vụ quyết toán thuế cho nhân sự.