Điều 49 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất (dưới đây viết tắt là DNCX) được áp dụng cho DNCX trong khu chế xuất và DNCX ngoài khu chế xuất.

b) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của DNCX phải làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu. Trường hợp áp dụng phương thức điện tử, các loại hình xuất khẩu, nhập khẩu nêu tại điểm này thực hiện theo quy định tại Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính trong trường hợp Thông tư có quy định.

c) DNCX được lựa chọn thực hiện hoặc không thực hiện thủ tục hải quan đối với loại hàng hóa là văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng (bao gồm cả bảo hộ lao động: quần, áo, mũ, giầy, ủng, găng tay) mua từ nội địa để phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp.

d) Hàng hóa luân chuyển trong nội bộ một DNCX không phải làm thủ tục hải quan.

đ) Hàng hóa nhập khẩu của DNCX được chuyển cửa khẩu từ cửa khẩu nhập về DNCX, hàng hóa xuất khẩu của DNCX được chuyển cửa khẩu từ DNCX đến cửa khẩu xuất.

e) Hải quan quản lý khu chế xuất, DNCX chỉ giám sát trực tiếp tại cổng ra vào của khu chế xuất, DNCX khi cần thiết theo quyết định của Cục trưởng Cục Hải quan.

g) Trong một kỳ báo cáo, DNCX phải thông báo định mức sử dụng nguyên liệu, vật tư (bao gồm cả tỷ lệ hao hụt) với cơ quan hải quan chậm nhất vào thời điểm nộp báo cáo nhập-xuất-tồn.

a) Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: tại Chi cục hải quan quản lý DNCX.

b) Đối với hàng hoá gia công giữa DNCX với doanh nghiệp nội địa: doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan quản lý DNCX hoặc Chi cục hải quan nơi có cơ sở sản xuất của doanh nghiệp nội địa.

c) Đối với hàng hoá gia công giữa hai DNCX: Doanh nghiệp nhận gia công thực hiện thông báo hợp đồng gia công và làm thủ tục hải quan tại Chi cục hải quan quản lý DNCX nhận gia công.

a) Hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài:

a.1) Đối với hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định: Căn cứ văn bản đề nghị nhập khẩu hàng hoá tạo tài sản cố định của giám đốc DNCX kèm danh mục hàng hoá (chi tiết tên hàng, lượng hàng, chủng loại), cơ quan hải quan làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán. Quy định này áp dụng đối với cả DNCX thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo Chương VI Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính.

a.2) Đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu, DNCX làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa, trừ việc kê khai tính thuế.

b) Đối với hàng hoá của DNCX xuất khẩu ra nước ngoài: DNCX làm thủ tục xuất khẩu theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa, trừ việc kê khai tính thuế.

c) Hàng hoá của DNCX bán vào nội địa:

c.1) Đối với sản phẩm do DNCX sản xuất, bán vào thị trường nội địa: DNCX và doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan và sử dụng tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ.

c.2) Đối với phế liệu, phế phẩm được phép bán vào thị trường nội địa, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với hàng hoá nhập khẩu theo hợp đồng mua bán.

d) Đối với hàng hoá do doanh nghiệp nội địa bán cho DNCX: DNCX và doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo các bước và sử dụng tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ.

đ) Hàng hoá gia công:

đ.1) Đối với hàng hoá do DNCX thuê doanh nghiệp nội địa gia công, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định về gia công hàng hóa cho thương nhân nước ngoài.

đ.2) Đối với hàng hoá do DNCX nhận gia công cho doanh nghiệp nội địa, doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định về đặt gia công hàng hoá ở nước ngoài.

đ.3) Hàng hóa gia công cho thương nhân nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

e) Đối với hàng hóa mua, bán giữa các doanh nghiệp chế xuất với nhau:

e.1) Hàng hoá mua, bán giữa các DNCX không cùng một khu chế xuất thì thực hiện theo hướng dẫn về thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất nhập khẩu tại chỗ (trừ quy định về điều kiện xuất nhập khẩu tại chỗ);

e.2) Hàng hoá mua, bán giữa các DNCX trong cùng một khu chế xuất thì không phải làm thủ tục hải quan;

e.3) Đối với hàng hóa luân chuyển giữa các doanh nghiệp chế xuất không cùng một khu chế xuất nhưng các doanh nghiệp chế xuất này thuộc một tập đoàn hay một hệ thống công ty thì được lựa chọn không phải làm thủ tục hải quan hoặc làm thủ tục hải quan theo loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ (trừ quy định về điều kiện xuất nhập khẩu tại chỗ). Quy định này áp dụng cho cả các doanh nghiệp chế xuất thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo Chương VI Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính.

g) Đối với hàng hoá của DNCX đưa vào nội địa để sửa chữa, DNCX có văn bản thông báo: tên hàng, số lượng, lý do, thời gian sửa chữa, không phải đăng ký tờ khai hải quan. Cơ quan hải quan có trách nhiệm theo dõi, xác nhận khi hàng đưa trở lại DNCX. Quá thời hạn đăng ký sửa chữa mà không đưa hàng trở lại thì xử lý theo hướng dẫn đối với hàng chuyển đổi mục đích sử dụng.

h) Việc tiêu huỷ phế liệu, phế phẩm thực hiện theo quy định của pháp luật và có sự giám sát của cơ quan hải quan trừ trường hợp sơ hủy phế liệu, phế phẩm tại DNCX trước khi chính thức tiêu hủy. Quy định này áp dụng cho cả doanh nghiệp chế xuất thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo Chương VI Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính.

i) Hàng hóa của DNCX tạm nhập để sửa chữa, bảo hành sau đó tái xuất thực hiện như thủ tục hải quan đối với hàng hóa đã xuất khẩu nhưng bị trả lại, trừ việc kê khai tính thuế.

a) Doanh nghiệp chế xuất nộp Báo cáo nhập - xuất - tồn một quý một lần và chậm nhất vào ngày 15 của tháng đầu quý sau tại Chi cục hải quan quản lý DNCX. Đối với doanh nghiệp ưu tiên đã được Tổng cục Hải quan công nhận thì được lựa chọn nộp báo cáo nhập - xuất - tồn theo năm dương lịch, vào cuối quý I của năm sau hoặc theo quý.

b) Báo cáo nhập - xuất - tồn (mẫu số 43/HSBC-CX/2013 Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này) nguyên liệu, vật tư nhập khẩu: nộp 02 bản chính.

Riêng đối với hàng hóa tiêu dùng nhập khẩu hoặc mua từ nội địa để phục vụ cho hoạt động của nhà xưởng, sản xuất nhưng không xây dựng được định mức sử dụng theo đơn vị sản phẩm (ví dụ: vải, giấy để lau máy móc, thiết bị; xăng dầu để chạy máy phát điện; dầu làm sạch khuôn; bút đánh dấu sản phẩm bị lỗi...) hoặc để phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng cũng như sinh hoạt của cán bộ, công nhân của DNCX thì thực hiện như sau:

DNCX không phải phân chia theo mục đích sử dụng hay nguồn nhập khẩu, không phải đăng ký danh mục, đặt mã quản lý và không phải báo cáo nhập-xuất-tồn định kỳ hàng tháng với cơ quan hải quan.

Riêng đối với DNCX nằm ngoài khu chế xuất thì hàng quý DNCX nộp báo cáo tổng lượng hàng hóa tiêu dùng được nhập khẩu và mua từ nội địa trong quý.

DNCX tự chịu trách nhiệm về việc khai và sử dụng hàng hóa đúng mục đích.

Quy định này áp dụng đối với cả DNCX thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo Chương VI Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính.

c) Kiểm tra báo cáo nhập-xuất-tồn:

c1) Cơ quan hải quan tiếp nhận báo cáo nhập-xuất-tồn do DNCX nộp, ký tên, đóng dấu công chức ghi rõ ngày, tháng, năm tiếp nhận trên báo cáo nhập-xuất-tồn. Trên cơ sở đánh giá quá trình tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp, Chi cục hải quan quản lý DNCX thực hiện kiểm tra xác suất để đánh giá việc tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp.

c.2) Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày doanh nghiệp chế xuất nộp báo cáo hàng hoá nhập - xuất - tồn theo quý hoặc trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày doanh nghiệp chế xuất nộp báo cáo hàng hoá nhập - xuất - tồn theo năm, Chi cục hải quan quản lý DNCX nếu phát hiện có dấu hiệu nghi vấn gian lận thương mại thì chuyển hồ sơ cho Chi cục Hải quan kiểm tra sau thông quan để thực hiện kiểm tra theo quy định.

d) Việc xử lý đối với tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp bình thường và ngược lại thực hiện như sau:

d.1) Trường hợp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chế xuất:

d.1.1) Thanh lý tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu;

d.1.2) Xác định tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu còn tồn kho;

d.1.3) Thực hiện việc thu thuế theo quy định;

d.1.4) Thời điểm thanh lý và xác định tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu thực hiện trước khi doanh nghiệp chuyển đổi.

d.2) Trường hợp chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp không hưởng chế độ chế xuất sang doanh nghiệp chế xuất:

d.2.1) Doanh nghiệp báo cáo số lượng nguyên liệu, vật tư còn tồn kho; cơ quan hải quan kiểm tra nguyên liệu, vật tư còn tồn kho và xử lý thuế theo quy định;

d.2.2) Trước khi chuyển đổi, doanh nghiệp có trách nhiệm nộp đầy đủ các khoản nợ thuế, nợ phạt còn tồn đọng cho cơ quan hải quan. Cơ quan hải quan chỉ áp dụng chính sách thuế, hải quan đối với loại hình doanh nghiệp chế xuất sau khi doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế, hải quan với cơ quan hải quan.

a) Các hình thức thanh lý, hàng hoá thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý hàng hoá nhập khẩu miễn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM.

b) Nơi làm thủ tục thanh lý là Chi cục hải quan quản lý DNCX.

c) Thủ tục thanh lý

c.1) Doanh nghiệp hoặc ban thanh lý có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, tên gọi, ký mã hiệu, lượng hàng cần thanh lý, thuộc tờ khai nhập khẩu số, ngày tháng năm gửi Chi cục hải quan quản lý DNCX.

c.2) Trường hợp thanh lý theo hình thức xuất khẩu thì doanh nghiệp mở tờ khai xuất khẩu; trường hợp thanh lý nhượng bán tại thị trường Việt Nam, cho, biếu, tặng thì mở tờ khai theo loại hình tương ứng, thu thuế theo quy định.

c.3) Trường hợp tiêu huỷ, doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện theo quy định của cơ quan quản lý môi trường, có sự giám sát của cơ quan hải quan.

a) Trách nhiệm của DNCX:

a.1) Thông báo cho Chi cục hải quan quản lý DNCX thời gian bàn giao phế thải cho người vận chuyển.

a.2) Vận chuyển và tiêu hủy phế thải theo đúng quy định tại Luật Bảo vệ Môi trường và các văn bản hướng dẫn.

b) Trách nhiệm của Chi cục hải quan quản lý DNCX:

Sau khi nhận được thông báo của DNCX, Chi cục hải quan quản lý DNCX có trách nhiệm:

b.1) Kiểm tra Giấy phép quản lý phế thải nguy hại (Giấy phép phải còn hiệu lực, phế thải của DNCX đưa đi xử lý phải phù hợp với phế thải được phép vận chuyển, xử lý ghi trong Giấy phép), hợp đồng vận chuyển, xử lý phế thải;

b.2) Kiểm tra phế thải của DNCX trước khi bàn giao cho người vận chuyển (phế thải để bàn giao phải không lẫn phế liệu, phế phẩm còn sử dụng được và các hàng hóa khác);

b.3) Giám sát việc đưa phế thải vào phương tiện vận chuyển phế thải; giám sát việc vận chuyển phế thải ra khỏi ranh giới khu chế xuất, DNCX.

b.4) Lập biên bản kiểm tra, giám sát có xác nhận của DNCX, người vận chuyển phế thải (Biên bản ghi rõ thời gian kiểm tra, giám sát; công chức Hải quan kiểm tra, giám sát; tên DNCX có phế thải, người đại diện DNCX thực hiện bàn giao phế thải; doanh nghiệp ký hợp đồng vận chuyển, xử lý phế thải; người vận chuyển phế thải; số hiệu phương tiện vận chuyển phế thải; tên phế thải; những nội dung đã kiểm tra, giám sát …); biên bản lập thành 03 bản, mỗi bên giữ 01 bản.

b.5) Cơ quan hải quan không thực hiện niêm phong hải quan đối với phương tiện chứa chất thải khi vận chuyển chất thải đến địa điểm khác ngoài khu chế xuất, DNCX để xử lý.

c) Khi nhận được chứng từ chất thải nguy hại từ chủ hành nghề quản lý chất thải nguy hại, DNCX (chủ nguồn thải) sao liên số 4 gửi cho Chi cục hải quan quản lý DNCX. Khi kiểm tra chi tiết hồ sơ nhập - xuất - tồn hoặc đột xuất, Chi cục hải quan quản lý DNCX kiểm tra sổ đăng ký chủ nguồn thải chất thải nguy hại, chứng từ chất thải nguy hại lưu tại DNCX.

a) DNCX thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu, quyền phân phối phải thực hiện hạch toán riêng, không hạch toán chung vào hoạt động sản xuất; việc kê khai thuế nội địa thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

b) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đã nhập khẩu của DNCX thực hiện quyền nhập khẩu:

b.1) Khi bán cho doanh nghiệp nội địa không phải làm thủ tục hải quan.

b.2) Khi bán cho DNCX khác thì thủ tục hải quan thực hiện theo hướng dẫn tại điểm e khoản 3 Điều này.

c) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa của DNCX thực hiện quyền xuất khẩu:

c.1) Hàng hóa mua từ nội địa để xuất khẩu: Thực hiện theo hướng dẫn tại điểm d, khoản 3 Điều này.

c.2) Hàng hóa mua từ DNCX khác để xuất khẩu: Thực hiện theo hướng dẫn tại điểm e, khoản 3 Điều này.

c.3) Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài: Thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b, khoản 3 Điều này; DNCX thực hiện kê khai tính thuế xuất khẩu (nếu có).

a) DNCX được thuê kho trong khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao, khu kinh tế và thuộc địa bàn quản lý của Chi cục hải quan quản lý DNCX để lưu giữ nguyên liệu, vật tư và thành phẩm phục vụ cho hoạt động sản xuất của chính DNCX.

b) Trước khi đưa hàng vào kho, DNCX phải thông báo cho Chi cục hải quan quản lý DNCX các thông tin về địa điểm, vị trí, diện tích, các điều kiện về cơ sở hạ tầng, cơ chế quản lý giám sát hàng hóa đưa vào, đưa ra kho, thời gian thuê kho. Hàng hóa chỉ được đưa vào kho sau khi được Chi cục hải quan quản lý DNCX chấp nhận bằng văn bản.

c) DNCX chịu trách nhiệm quản lý, theo dõi hàng hóa đưa vào, đưa ra kho và định kỳ vào ngày 15 của tháng đầu quý sau phải báo cáo tình trạng hàng hóa nhập, xuất, tồn kho cho Chi cục hải quan quản lý DNCX.

d) Định kỳ hàng quý, Chi cục hải quan quản lý DNCX thực hiện kiểm tra tình trạng hàng hóa gửi kho hoặc thực hiện kiểm tra đột xuất khi có dấu hiệu nghi vấn hàng hóa gửi kho không đúng hoặc tiêu thụ nội địa hàng hóa gửi kho.