Điều 102 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Đối với trường hợp không phải đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế:

a.1) Người nộp thuế phải tự tính, khai số tiền thuế được miễn cho từng mặt hàng (trừ hàng hóa xuất nhập khẩu theo loại hình gia công), tờ khai hải quan như đối với trường hợp phải nộp thuế. Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ miễn thuế, số tiền thuế đề nghị miễn, đối chiếu với các quy định hiện hành để làm thủ tục miễn thuế cho từng tờ khai hải quan theo quy định.

Trường hợp cơ quan hải quan kiểm tra, xác định hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu không thuộc đối tượng miễn thuế như khai báo thì thực hiện ấn định thuế và xử phạt vi phạm (nếu có) theo quy định.

a.2) Trường hợp người nộp thuế gặp khó khăn do nguyên nhân khách quan và các trường hợp khác thuộc đối tượng miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 20 Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP:

a.2.1) Người nộp thuế tự xác định số tiền thuế đề nghị miễn và có văn bản (kèm hồ sơ liên quan) gửi Tổng cục Hải quan đề nghị báo cáo Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ xem xét miễn thuế;

a.2.2) Tổng cục Hải quan kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ. Nếu hồ sơ chưa đầy đủ hoặc cần làm rõ thêm lý do đề nghị miễn thuế, thì có văn bản yêu cầu bổ sung. Sau khi có đủ căn cứ khách quan, Tổng cục Hải quan dự thảo công văn báo cáo Bộ Tài chính để trình Thủ tướng Chính phủ;

a.2.3) Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính có văn bản thông báo gửi người nộp thuế và cơ quan hải quan có liên quan để thực hiện;

a.2.4) Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thực hiện miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu cho số hàng hoá đã được Thủ tướng Chính phủ cho phép miễn thuế hoặc thu đủ thuế theo đúng ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.

b) Đối với trường hợp phải đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế:

b.1) Ngoài thủ tục hải quan theo hướng dẫn như điểm a.1 khoản 2 Điều này; cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ miễn thuế, đối chiếu với các quy định hiện hành để cập nhật số lượng, theo dõi trừ lùi hàng hoá đã nhập khẩu miễn thuế vào bản chính phiếu theo dõi trừ lùi của người nộp thuế và ký xác nhận theo quy định, lưu 01 bản chụp Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế và phiếu trừ lùi đã ghi rõ tên hàng số lượng, hàng hoá đã miễn thuế, thuế nhập khẩu cùng hồ sơ nhập khẩu (bao gồm cả trường hợp hàng hoá của đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác).

b.2) Cơ quan hải quan chỉ thực hiện miễn thuế đối với các trường hợp đăng ký tờ khai hải quan sau khi đăng ký Danh mục. Các trường hợp đăng ký tờ khai hải quan phát sinh trước ngày đăng ký Danh mục, cơ quan hải quan lập hồ sơ báo cáo về Bộ Tài chính để xem xét giải quyết từng trường hợp cụ thể, trong đó báo cáo cụ thể lý do, đề xuất hướng xử lý.