Điều 127 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Thời hạn:

a.1) Người nộp thuế tự quyết định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp đã nộp đủ các loại thuế;

a.2) Trường hợp chưa nộp đủ các loại thuế (áp dụng đối với cả các trường hợp có mức thuế suất thuế nhập khẩu, xuất khẩu là 0%):

Thời hạn nộp bộ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế chậm nhất sau 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hoá xuất khẩu cuối cùng đối với hàng hóa thuộc tờ khai nhập khẩu đề nghị hoàn thuế, không thu thuế đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu hoặc tờ khai nhập khẩu cuối cùng hàng hóa thuộc tờ khai xuất khẩu đề nghị hoàn thuế, không thu thuế đối với trường hợp hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu.

a.3) Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với hàng hoá là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu đã xuất khẩu ra nước ngoài nhưng chưa thực bán cho thương nhân nước ngoài, còn để ở kho của chính doanh nghiệp tại nước ngoài hoặc gửi kho ngoại quan ở nước ngoài hoặc cảng trung chuyển ở nước ngoài thuộc khoản 8 Điều 117 Thông tư này thực hiện theo thời hạn hướng dẫn tại điểm a.1 và điểm a.2 khoản này; Trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế doanh nghiệp chưa có hợp đồng xuất khẩu thì phải có bản cam kết xuất trình hợp đồng xuất khẩu cho khách hàng nước ngoài trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày ký hợp đồng xuất khẩu;

a.4) Trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán thì thời hạn nộp chứng từ thanh toán là 15 ngày làm việc kể từ ngày hết thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ kiện hợp đồng; doanh nghiệp có bản cam kết xuất trình chứng từ thanh toán theo đúng quy định trên, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm d.2 khoản 8 Điều này.

a.5) Trường hợp quá thời hạn nêu tại điểm a.2 khoản này mà người nộp thuế chưa nộp hồ sơ không thu thuế thì bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.

b) Trường hợp không thực xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn 275 ngày hoặc được gia hạn thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu hoặc kể từ ngày hết thời hạn tạm nhập tái xuất đối với hàng tạm nhập tái xuất, người nộp thuế phải kê khai nộp đủ các loại thuế theo quy định (áp dụng cho cả trường hợp đã nộp thuế nhập khẩu trước khi thông quan hoặc giải phóng hàng hoặc trước khi hoàn thành thủ tục hải quan tạm nhập). Trường hợp hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa trong thời hạn nộp thuế thì thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định tại khoản 8, khoản 9 Điều 11 Thông tư này.

c) Hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất hàng hóa xuất khẩu; hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất, đã nộp hồ sơ không thu thuế được áp dụng thời hạn nộp thuế và chưa bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế quy định tại khoản 3 Điều 42, Điều 93 Luật Quản lý thuế được sửa đổi, bổ sung tại khoản 11, khoản 26 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20 tháng 11 năm 2012 nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

c.1) Đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất xuất khẩu:

c.1.1) Toàn bộ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã được đưa vào sản xuất hàng xuất khẩu, sản phẩm đã thực xuất khẩu trong thời hạn 275 ngày hoặc dài hơn 275 ngày (đối với trường hợp được gia hạn thời hạn nộp thuế) và đã nộp đủ thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư dôi dư (nếu có) trong thời hạn 275 ngày hoặc dài hơn 275 ngày (đối với trường hợp được gia hạn thời hạn nộp thuế).

c.1.2) Người nộp thuế chỉ còn nợ tiền thuế của số nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất hàng xuất khẩu chờ Quyết định không thu thuế của cơ quan hải quan.

c.2) Đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập - tái xuất:

c.2.1) Đã tái xuất hết hoặc đã tái xuất một phần và đã nộp đủ thuế đối với lượng hàng hóa chưa tái xuất trong thời hạn nộp thuế theo quy định.

c.2.2) Người nộp thuế chỉ còn nợ tiền thuế của hàng hóa đã tái xuất chờ Quyết định không thu thuế của cơ quan hải quan.

c.3) Người nộp thuế đã nộp đủ hồ sơ chờ Quyết định không thu thuế của cơ quan hải quan đúng thời hạn quy định tại điểm a khoản 2 Điều này cho cơ quan hải quan.

c.4) Người nộp thuế có văn bản cam kết thực hiện quyết định cuối cùng của cơ quan hải quan.

a) Hàng hóa nhập khẩu là hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt;

b) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu đối với hàng hoá xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam hoặc hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được làm thủ tục hải quan tại các địa điểm khác địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu ban đầu;

c) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu trong trường hợp người nhập khẩu không phải là người xuất khẩu;

d) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu vào khu phi thuế quan; hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa tạm nhập khẩu nhưng tái xuất vào khu phi thuế quan;

đ) Hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất;

e) Hàng hoá nhập khẩu để giao, bán hàng cho nước ngoài thông qua các đại lý tại Việt Nam; hàng hóa nhập khẩu để bán cho các phương tiện của các hãng nước ngoài trên các tuyến đường quốc tế qua cảng Việt Nam và các phương tiện của Việt Nam trên các tuyến đường quốc tế theo quy định của Chính phủ;

g) Người nộp thuế không xuất trình tờ khai hải quan gốc bản người khai hải quan lưu mà nộp tờ khai sao y bản chính;

h) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp mới được thành lập trong vòng 24 tháng tính từ ngày nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế trở về trước.

a) Người nộp thuế có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu tối thiểu 365 ngày tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu. Trong thời gian 365 ngày trở về trước, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu được cơ quan hải quan xác định là:

a.1) Không có trong danh sách đã bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới của cơ quan hải quan;

a.2) Không có trong danh sách đã bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của cơ quan hải quan;

a.3) Không quá hai lần bị xử lý về các hành vi vi phạm khác về hải quan (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu) với mức phạt tiền vượt thẩm quyền của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan theo quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính;

b) Không có trong danh sách còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan;

c) Không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau được nêu tại khoản 5 Điều này hoặc hồ sơ của người nộp thuế là doanh nghiệp ưu tiên.

a) Trường hợp thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế (theo mẫu số 03/QĐHT/2013 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này) trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế;

b) Trường hợp xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế; căn cứ văn bản pháp luật quy định, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không hoàn thuế, không thu thuế trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế;

c) Trường hợp có cơ sở xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác hoặc chưa đủ căn cứ để hoàn thuế thì thông báo cho người nộp thuế biết về việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước; hoàn thuế, không thu thuế sau trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế;

d) Trường hợp phải nộp chứng từ thanh toán qua ngân hàng, nhưng khi nộp hồ sơ hoàn thuế người nộp thuế chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì xử lý như sau :

d.1) Trường hợp tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng do thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ kiện hợp đồng xuất khẩu dài hơn 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu cuối cùng hoặc dài hơn 60 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế, thì thời hạn phải nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế vẫn thực hiện theo đúng thời hạn hướng dẫn tại khoản 2 Điều này nhưng doanh nghiệp phải có bản cam kết xuất trình chứng từ thanh toán trong thời hạn 15 ngày làm việc kể từ ngày hết thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ kiện hợp đồng.

d.2) Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán do chưa đến hạn thanh toán nhưng doanh nghiệp đề nghị được xét hoàn thuế trước khi cung cấp được chứng từ thanh toán hoặc quá hạn thanh toán trên hợp đồng nhưng doanh nghiệp không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì chuyển hồ sơ hoàn thuế sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo đúng quy định tại Điều này. Nếu qua kết quả kiểm tra xác định hàng đã thực xuất thì hoàn thuế, không thu thuế theo quy định, doanh nghiệp không phải nộp chứng từ thanh toán sau khi đã có quyết định hoàn thuế, không thu thuế.

e) Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế, cơ quan hải quan thực hiện xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo Điều 130 Thông tư này. Khi kiểm tra chi tiết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, nếu xác định không đủ điều kiện thì cơ quan hải quan thu hồi lại quyết định hoàn thuế, không thu thuế và thực hiện ấn định thuế, xử phạt theo quy định.

Trường hợp qua kiểm tra hồ sơ xác định hàng hóa tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc nguyên liệu, vật tư nhập khẩu không đưa vào sản xuất thì thực hiện theo quy định tại khoản 8, khoản 9 Điều 11 Thông tư này.

a) Đối với trường hợp hàng nhập khẩu, xuất khẩu tại cùng một Chi cục Hải quan (trừ trường hợp thuộc đối tượng được hoàn thuế tại khoản 5, khoản 7, khoản 8 Điều 112 thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b khoản này):

a.1) Doanh nghiệp có văn bản khai báo bị mất tờ khai, đề nghị được sao y và được sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai bản lưu của cơ quan hải quan kèm giấy tờ chứng minh việc mất tờ khai để hoàn thuế;

a.2) Căn cứ văn bản đề nghị của doanh nghiệp, Chi cục hải quan nơi làm thủ tục hải quan thực hiện như sau:

a.2.1) Trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của doanh nghiệp, cơ quan hải quan:

- Kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai;

- Trường hợp có đủ cơ sở xác định việc khai báo là phù hợp thì sao y bản chính 01 bản từ bản chính tờ khai cơ quan hải quan lưu. Mỗi tờ khai chỉ được sao y bản chính 01 lần và 01 bản, đồng thời phải ghi chú lên tờ khai bản lưu tại cơ quan hải quan (bản chính) để tránh sao y bản chính nhiều lần. Nội dung ghi trên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày…tháng…năm”;

- Có văn bản thông báo gửi Cục hải quan các tỉnh, thành phố trên toàn quốc về việc doanh nghiệp khai báo mất tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và xin sao tờ khai hải quan để làm cơ sở hoàn thuế, không thu thuế; tờ khai gốc bản lưu người khai hải quan không còn giá trị sử dụng để hoàn thuế không thu thuế) nhập khẩu, xuất khẩu trên toàn quốc và dừng ngay việc thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai gốc (bản lưu người khai hải quan) doanh nghiệp khai báo bị mất.

a.2.2) Căn cứ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế; bản chụp y bản chính từ tờ khai cơ quan hải quan lưu, cơ quan hải quan nơi hoàn thuế thực hiện đối chiếu dữ liệu trên hệ thống kế toán KT559, chương trình quản lý hàng gia công, các nguồn thông tin khác (nếu có); kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo hướng dẫn Điều này và thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho doanh nghiệp nếu qua kết quả kiểm tra có cơ sở xác định hàng hóa đã thực xuất khẩu và hàng hoá thuộc tờ khai doanh nghiệp đề nghị sao y bản chính chưa được giải quyết hoàn thuế, không thu thuế.

a.2.3) Xử lý vi phạm đối với trường hợp doanh nghiệp có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.

b) Đối với trường hợp khác:

b.1) Doanh nghiệp có văn bản khai báo bị mất tờ khai, đề nghị được sao y và được sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai bản lưu của cơ quan hải quan kèm giấy tờ chứng minh việc mất tờ khai để hoàn thuế;

b.2) Căn cứ văn bản đề nghị của doanh nghiệp, cơ quan hải quan thực hiện:

b.2.1) Chi cục hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất có văn bản đề nghị các Cục Hải quan tỉnh, thành phố có văn bản xác nhận chưa giải quyết hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất và đề nghị không thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai bản gốc doanh nghiệp khai báo bị mất.

Các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản của người nộp thuế có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu hệ thống kế toán KT559, các chương trình quản lý hàng gia công, sản xuất xuất khẩu … nếu kết quả kiểm tra xác định người nộp thuế chưa hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất thì có văn bản xác nhận/trả lời cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất về việc tờ khai đó chưa hoàn thuế, không thu thuế và chịu trách nhiệm về nội dung xác nhận của mình, đồng thời không xử lý hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai doanh nghiệp khai báo bị mất.

b.2.2) Sau khi nhận được đầy đủ các văn bản xác nhận của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố nêu rõ chưa hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai bị mất, cơ quan hải quan thực hiện :

Kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai;

Trường hợp có đủ cơ sở xác định việc khai báo là phù hợp thì sao y bản chính 01 bản từ bản chính tờ khai cơ quan Hải quan lưu. Mỗi tờ khai chỉ được sao y bản chính 01 lần và 01 bản, đồng thời phải ghi chú lên tờ khai bản lưu tại cơ quan hải quan (bản chính) để tránh sao y bản chính nhiều lần. Nội dung ghi trên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày…tháng…năm”;

Có văn bản thông báo gửi Cục hải quan các tỉnh, thành phố trên toàn quốc về việc doanh nghiệp khai báo mất tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và xin sao tờ khai hải quan để làm cơ sở hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu, xuất khẩu trên toàn quốc.

b.2.3) Căn cứ văn bản đề nghị được sử dụng tờ khai sao trong hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của người nộp thuế, cơ quan hải quan nơi hoàn thuế, không thu thuế căn cứ hồ hoàn thuế, không thu thuế, tờ khai sao y bản chính cơ quan hải quan lưu, thực hiện đối chiếu dữ liệu trên hệ thống kế toán KT559; các chương trình quản lý hàng gia công, sản xuất xuất khẩu… các nguồn thông tin khác (nếu có); kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo hướng dẫn Điều này và thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho doanh nghiệp nếu qua kết quả kiểm tra có cơ sở xác định hàng hóa đã thực xuất khẩu và hàng hoá thuộc tờ khai doanh nghiệp đề nghị sao y bản chính chưa được giải quyết hoàn thuế, không thu thuế.

b.2.4) Xử lý vi phạm đối với trường hợp doanh nghiệp có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.