Điều 101 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Công văn đề nghị đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, nêu rõ số hàng hoá, lý do đề nghị miễn thuế theo mẫu ban hành kèm theo Thông tư này (mẫu số 08/CVĐKDMMT/2013 Phụ lục II áp dụng cho tài sản cố định và mẫu số 09/CVĐKDMMTK/2013 Phụ lục II áp dụng cho các trường hợp khác): nộp 01 bản chính;

b) Danh mục hàng hoá nhập khẩu được miễn thuế: nộp 02 bản chính kèm theo 01 phiếu theo dõi trừ lùi (theo mẫu số 10/PTDTL-ƯĐĐT/2013 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này); trong đó:

b.1) Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế phù hợp với ngành nghề, lĩnh vực đầu tư, mục tiêu, quy mô của dự án và phiếu theo dõi trừ lùi được xây dựng một lần cho cả dự án, hoặc xây dựng từng giai đoạn thực hiện dự án, từng hạng mục công trình của dự án (nếu tại Giấy chứng nhận đầu tư của cơ quan có thẩm quyền cấp hoặc luận chứng kinh tế kỹ thuật, các tài liệu khoa học kỹ thuật của dự án,… thể hiện dự án thực hiện theo từng giai đoạn hoặc theo từng hạng mục công trình), hoặc xây dựng theo từng tổ hợp, dây chuyền nếu hàng hoá là hệ thống tổ hợp dây chuyền thiết bị, máy móc.

b.2) Trường hợp Danh mục đã đăng ký cho cả dự án hoặc cho từng giai đoạn, cho từng hạng mục, công trình, tổ hợp, dây chuyền có sai sót hoặc cần thay đổi thì người khai hải quan được sửa đổi với điều kiện phải có giấy tờ, tài liệu nộp cho cơ quan hải quan trước thời điểm nhập khẩu hàng hoá để chứng minh việc bổ sung, điều chỉnh là phù hợp với nhu cầu của dự án.

c) Luận chứng kinh tế kỹ thuật, các tài liệu thiết kế kỹ thuật chi tiết của dự án và dự án mở rộng hoặc văn bản của cơ quan có thẩm quyền phê duyệt chương trình công tác năm và ngân sách hàng năm hoặc Nghị quyết hàng năm của Hội đồng liên doanh: xuất trình bản chính, nộp 01 bản chụp;

d) Tài liệu kỹ thuật và/hoặc Bản thuyết minh và/hoặc sơ đồ lắp đặt, sử dụng hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế ghi trong Danh mục gửi đăng ký đối với trường hợp thuộc đối tượng miễn thuế nêu tại điểm c, d khoản 7 và điểm a khoản 11 Điều 100 Thông tư này: nộp 01 bản chính;

Trường hợp tại thời điểm đăng ký Danh mục, người khai hải quan chưa nộp được hai loại giấy tờ nêu tại điểm d khoản này thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục ghi chú vào Danh mục đã đăng ký để Chi cục hải quan nơi làm thủ tục kiểm tra hai loại giấy tờ này.

đ) Tuỳ trường hợp cụ thể dưới đây, người nộp thuế phải nộp thêm, xuất trình các hồ sơ sau:

đ.1) Giấy chứng nhận đầu tư (bao gồm cả các dự án đầu tư trong nước có quy mô dưới mười lăm tỷ đồng Việt Nam) đối với các dự án đầu tư theo Luật Đầu tư: xuất trình bản chính, nộp 01 bản chụp;

đ.2) Giấy chứng nhận đầu tư mở rộng đối với trường hợp mở rộng dự án, thay thế, đổi mới công nghệ của trường hợp nêu tại khoản 9 Điều 100 Thông tư này đối với các dự án đầu tư mở rộng theo Luật Đầu tư: nộp 01 bản chụp;

đ.3) Quyết định của Thủ tướng Chính phủ hoặc quyết định phê duyệt của thủ trưởng cơ quan chủ quản theo đúng thẩm quyền phê duyệt chương trình dự án ODA; văn bản xác nhận của cơ quan có thẩm quyền về việc hàng hoá thuộc dự án ODA không được cấp kinh phí từ nguồn vốn đối ứng để nộp thuế đối với dự án ODA: xuất trình bản chính, nộp 01 bản chụp.

đ.4) Hợp đồng đóng tàu đối với nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm nhập khẩu phục vụ cho việc đóng tàu: xuất trình bản chính, nộp 01 bản chụp;

đ.5) Bản thuyết minh dự án sản xuất phần mềm đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất phần mềm: xuất trình bản chính, nộp 01 bản chụp;

đ.6) Đề tài, đề án nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ được cấp có thẩm quyền phê duyệt hoặc Giấy chứng nhận đầu tư đối với trường hợp thuộc dự án ưu đãi đầu tư về nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ đối với hàng hóa nhập khẩu để sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ: xuất trình bản chính, nộp 01 bản chụp;

e) Xác nhận của cơ quan có thẩm quyền cấp Danh mục hàng hoá miễn thuế cho các dự án cấp trước ngày 01/01/2006 đối với dự án cấp trước ngày 01/01/2006 nhưng chưa được cơ quan có thẩm quyền cấp Danh mục hàng hoá miễn thuế: xuất trình bản chính, nộp 01 bản chụp;

g) Bảng kê danh mục tài liệu hồ sơ đăng ký Danh mục miễn thuế: nộp 01 bản chính.

a) Các loại giấy tờ, tài liệu hướng dẫn từ điểm c, d, đ, e khoản 4 Điều này;

b) Lĩnh vực được ưu đãi về thuế nhập khẩu quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định số 87/2010/NĐ-CP hoặc địa bàn được ưu đãi thuế nhập khẩu quy định tại Phụ lục Danh mục địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và Nghị định số 53/2010/NĐ-CP ngày 19/5/2010 quy định về địa bàn ưu đãi đầu tư, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với đơn vị hành chính mới thành lập do Chính phủ điều chỉnh địa giới hành chính; trang thiết bị nhập khẩu lần đầu để tạo tài sản cố định quy định tại Phụ lục II và Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP hướng dẫn tại Điều 100 Thông tư này;

c) Các danh mục hàng hóa do cơ quan có thẩm quyền ban hành, tùy theo từng trường hợp cụ thể sau đây:

c.1) Danh mục máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng, nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm trong nước đã sản xuất được ban hành kèm theo Thông tư số 04/2012/TT-BKHĐT ngày 13/8/2012 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư;

c.2) Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ của Bộ Khoa học và Công nghệ;

c.3) Danh mục giống cây trồng, vật nuôi được phép nhập khẩu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn;

c.4) Danh mục các nhóm trang thiết bị chỉ được miễn thuế nhập khẩu lần đầu quy định tại Phụ lục II và Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP;

c.5) Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với phương tiện vận tải chuyên dùng cần thiết cho hoạt động dầu khí;

c.6) Xác nhận của Bộ Y tế đối với trang thiết bị y tế và thuốc cấp cứu sử dụng trên các giàn khoan và công trình nổi;

c.7) Danh mục hoặc tiêu chuẩn xác định của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với hàng hoá là phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ để tạo tài sản cố định của cơ sở đóng tàu;

c.8) Danh mục máy móc, thiết bị, phụ tùng, vật tư, phương tiện vận tải, công nghệ sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong nước đã sản xuất được để làm cơ sở xác định hàng hóa phục vụ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ do Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành.

a) Thông báo cho người đăng ký Danh mục để điều chỉnh Danh mục theo đúng quy định;

b) Thực hiện kiểm tra việc điều chỉnh và cập nhật kết quả xử lý vào Danh mục đã đăng ký theo mục tiêu, quy mô thực tế của dự án;

c) Thực hiện thu thuế đối với lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế vượt số lượng, chủng loại so với Danh mục mới sau điều chỉnh.

a) Cơ quan hải quan nơi cấp Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế có trách nhiệm:

a.1) Thu hồi Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế đã cấp;

a.2) Thông báo với các cơ quan hải quan trên toàn quốc dừng làm thủ tục miễn thuế theo Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế đã được cấp;

b) Các cơ quan hải quan nơi đã thực hiện miễn thuế cho dự án theo Danh mục đã bị thu hồi thực hiện thu thuế đối với hàng hóa đã miễn thuế theo quy định.

a) Hồ sơ đề nghị cấp lại:

a.1) Công văn đề nghị cấp lại Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi của doanh nghiệp, trong đó nêu rõ:

a.1.1) Lý do mất Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi;

a.1.2) Tên, lượng, trị giá hàng hóa theo Danh mục hàng hóa miễn thuế đã đăng ký;

a.1.3) Tên, số lượng, trị giá hàng hóa thực tế đã nhập khẩu theo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đã đăng ký;

a.1.4) Tên, số lượng, trị giá hàng hóa còn lại chưa nhập khẩu theo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đã đăng ký;

a.2) Toàn bộ tờ khai hải quan của số lượng hàng đã nhập khẩu theo Danh mục và phiếu theo dõi trừ lùi đã đăng ký (xuất trình bản chính, nộp bản chụp) và bảng kê tờ khai hàng hóa đã nhập khẩu;

a.3) Bản Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và phiếu theo dõi trừ lùi của cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng cuối cùng trước khi thất lạc (01 bản phô tô có xác nhận của cơ quan hải quan nơi nhập khẩu).

Doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của những khai báo trên.

b) Trình tự thực hiện:

b.1) Trường hợp mất Danh mục hàng hóa miễn thuế: Cơ quan hải quan nơi cấp lại căn cứ hồ sơ đề nghị và tài liệu kê khai do doanh nghiệp cung cấp thực hiện: Thông báo cho Cục hải quan các tỉnh, thành phố về việc hủy Danh mục đã cấp và thực hiện cấp 01 bản chụp Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế thay thế Danh mục hàng hóa nhập khẩu bị mất

b.2) Trường hợp mất Phiếu theo dõi trừ lùi:

b.2.1) Căn cứ vào hồ sơ khai báo bị mất Phiếu theo dõi trừ lùi và đề nghị cấp lại của doanh nghiệp, cơ quan hải quan thực hiện:

- Cơ quan hải quan nơi cấp lại thông báo cho Cục hải quan các tỉnh, thành phố về việc hủy Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp nhưng bị mất; đồng thời trước khi xem xét cấp lại đề nghị các Cục hải quan tỉnh, thành phố có văn bản xác nhận số lượng hàng hóa doanh nghiệp đã nhập khẩu miễn thuế theo Danh mục và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp (nêu rõ số Danh mục, Phiếu theo dõi trừ lùi và ngày cấp);

- Cơ quan hải quan các tỉnh, thành phố trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày nhận được văn bản của cơ quan hải quan nơi cấp lại có trách nhiệm:

Kiểm tra, đối chiếu hồ sơ hàng hóa nhập khẩu; hệ thống số liệu xuất nhập khẩu, xác định số lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế theo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp nay bị mất, gửi văn bản xác nhận cho cơ quan hải quan nơi cấp lại;

Không xử lý miễn thuế cho các lô hàng tiếp theo thuộc Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi bị mất;

b.2.2) Sau khi nhận được đầy đủ các văn bản xác nhận của các Cục hải quan tỉnh, thành phố về số lượng hàng hóa doanh nghiệp đã nhập khẩu theo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp, cơ quan hải quan nơi cấp lại thực hiện:

- Tổng hợp số lượng hàng hóa doanh nghiệp đã nhập khẩu miễn thuế theo Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cấp;

- Kiểm tra xác định số hàng hóa đã được miễn thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định của dự án và việc sử dụng số hàng hóa này trước khi cấp lại Phiếu theo dõi trừ lùi bị mất;

- Cấp lại Phiếu theo dõi trừ lùi mới cho số lượng hàng hóa còn lại chưa nhập khẩu của Phiếu theo dõi trừ lùi bị mất;

- Ghi rõ vào Phiếu theo dõi trừ lùi cấp lại: “CẤP LẠI LẦN 1”;

- Xử lý vi phạm quy định về lưu hồ sơ, chứng từ;

Thời hạn giải quyết trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đầy đủ văn bản xác nhận của các Cục hải quan tỉnh, thành phố.

Trong thời hạn 01 năm kể từ ngày cấp lại Danh mục và Phiếu theo dõi trừ lùi, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan đối với các dự án đề nghị cấp lại.

a) Tự xác định nhu cầu sử dụng và xây dựng Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế theo đúng quy định về đối tượng miễn thuế của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Nghị định số 87/2010/NĐ-CP, Điều 13 Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg, hướng dẫn tại Thông tư này và các văn bản quy định khác có liên quan;

b) Chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kê khai chính xác, trung thực các mặt hàng nhập khẩu tại Danh mục miễn thuế và việc sử dụng đúng mục đích miễn thuế đối với số hàng hoá này.

a) Cơ quan hải quan có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và xử lý như sau:

a.1) Trường hợp hồ sơ không đầy đủ thì trong 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, có văn bản trả lời (nêu rõ lý do);

a.2) Trường hợp hồ sơ đầy đủ thì trong 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, thực hiện kiểm tra đối chiếu các tài liệu, chứng từ trong hồ sơ với nội dung quy định tại Điều 12 Nghị định số 87/2010/NĐ-CP, Điều 13 Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg, hướng dẫn tại Điều 100, Điều 101 Thông tư này để xác định đối tượng được miễn thuế, tính thống nhất và chính xác của hồ sơ đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế và xử lý như sau:

a.2.1) Trường hợp hàng hoá không thuộc đối tượng miễn thuế theo quy định thì không đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, có văn bản trả lời cho doanh nghiệp.

Trường hợp dự án thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư nhưng hàng hoá tại Danh mục đăng ký nhập khẩu miễn thuế không phù hợp mục tiêu, qui mô của dự án thì hướng dẫn, thông báo cho doanh nghiệp biết để điều chỉnh lại Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế.

a.2.2) Trường hợp thuộc đối tượng miễn thuế, mọi nội dung trên hồ sơ phù hợp thì thực hiện vào sổ theo dõi, đóng dấu xác nhận vào 02 bản Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế và 01 bản phiếu theo dõi trừ lùi (giao cho người nộp thuế 01 bản Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế và 01 bản phiếu theo dõi trừ lùi để xuất trình cho cơ quan hải quan thực hiện trừ lùi khi làm thủ tục hải quan cho hàng hoá thực tế, nhập khẩu và cơ quan hải quan nơi cấp lưu 01 bản Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế) theo quy định.

a.2.3) Trường hợp tại thời điểm đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế chưa có đủ cơ sở xác định hàng hoá đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a và điểm c khoản 7 Điều 100 thì cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục ghi chú vào Danh mục và phiếu theo dõi trừ lùi để thực hiện kiểm tra, đối chiếu khi nhập khẩu hoặc thực hiện kiểm tra sau thông quan.

b) Chế độ báo cáo:

Định kỳ 3 tháng một lần chậm nhất vào ngày 10 của tháng đầu quý tiếp theo Cục hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hoá nhập khẩu miễn thuế, lập bảng kê các trường hợp đã đăng ký Danh mục hàng hoá miễn thuế tại đơn vị mình báo cáo Tổng cục Hải quan theo mẫu số 11/BCTHDMMT/2013 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này.