Điều 36 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Chi cục hải quan thuộc Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp có cơ sở sản xuất;

b) Trường hợp doanh nghiệp được tổ chức theo mô hình tập đoàn (công ty mẹ - công ty con) có đơn vị thành viên chuyên trách thực hiện việc nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để cung cấp cho các đơn vị trực thuộc hoặc có cơ sở sản xuất tại nhiều tỉnh, thành phố khác nhau thì được lựa chọn một Chi cục hải quan nơi doanh nghiệp có cơ sở sản xuất hoặc Chi cục hải quan tại cửa khẩu nhập nguyên liệu, vật tư để làm thủ tục hải quan.

Quy định này áp dụng đối với cả doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử theo quy định tại Thông tư số 196/2012/TT-BTC ngày 15/11/2012 của Bộ Tài chính.

a) Doanh nghiệp căn cứ kế hoạch sản xuất sản phẩm xuất khẩu để đăng ký nguyên liệu, vật tư nhập khẩu SXXK với cơ quan hải quan theo Bảng đăng ký (mẫu số 22/DMNVL-SXXK Phụ lục III ban hành kèm Thông tư này).

b) Thời điểm đăng ký là khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên thuộc Bảng đăng ký.

c) Doanh nghiệp kê khai đầy đủ các nội dung nêu trong Bảng đăng ký nguyên liệu, vật tư nhập khẩu; trong đó:

c.1) Tên gọi là tên của toàn bộ nguyên liệu, vật tư sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu. Nguyên liệu, vật tư này có thể nhập khẩu theo một hợp đồng hoặc nhiều hợp đồng.

c.2) Mã số hàng hóa là mã số nguyên liệu, vật tư theo Biểu thuế nhập khẩu hiện hành.

c.3) Mã nguyên liệu, vật tư do doanh nghiệp tự xác định theo hướng dẫn của Chi cục hải quan làm thủ tục nhập khẩu.

c.4) Đơn vị tính theo Danh mục hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam.

c.5) Doanh nghiệp phải khai thống nhất tất cả các tiêu chí về tên gọi, mã số hàng hóa, đơn vị tính, mã nguyên liệu, vật tư trong bảng đăng ký nguyên liệu, vật tư nhập khẩu và hồ sơ hải quan từ khi nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đến khi báo cáo quyết toán, hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu.

a) Thời điểm nộp văn bản cam kết có cơ sở sản xuất phù hợp với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu:

Doanh nghiệp nộp cam kết cơ sở sản xuất trước thời điểm làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên để sản xuất hàng xuất khẩu tại Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư.

Cơ quan Hải quan tiếp nhận cam kết cơ sở sản xuất do doanh nghiệp nộp và nhập thông tin cơ sở sản xuất vào cơ sở dữ liệu trên hệ thống.

b) Các trường hợp phải kiểm tra cơ sở sản xuất:

b.1) Doanh nghiệp được áp dụng thời hạn nộp thuế 275 ngày lần đầu tiên trên phạm vi toàn quốc;

b.2) Doanh nghiệp đăng ký tờ khai nhập khẩu tại Chi cục Hải quan khác với cơ sở sản xuất sản phẩm;

b.3) Doanh nghiệp ủy thác nhập khẩu

b.4) Kiểm tra trên cơ sở kết quả áp dụng quản lý rủi ro, có thông tin nghi vấn doanh nghiệp không có cơ sở sản xuất hoặc cơ sở sản xuất không phù hợp với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu; kiểm tra xác suất để đánh giá sự tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.

c) Thời điểm kiểm tra cơ sở sản xuất:

Việc kiểm tra cơ sở sản xuất được thực hiện sau 10 ngày làm việc kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng lô hàng nguyên liệu, vật tư đầu tiên để sản xuất hàng xuất khẩu. Việc kiểm tra cơ sở sản xuất được tiến hành trong thời hạn 03 ngày làm việc, trong trường hợp cơ sở sản xuất không thuộc địa bàn quản lý của Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu thì thời hạn kiểm tra không quá 05 ngày làm việc.

d) Thẩm quyền quyết định kiểm tra cơ sở sản xuất: Lãnh đạo Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp làm thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư và có văn bản thông báo cho doanh nghiệp biết trước 02 ngày làm việc.

đ) Nội dung kiểm tra cơ sở sản xuất:

đ.1) Kiểm tra địa chỉ cơ sở sản xuất: kiểm tra địa chỉ cơ sở sản xuất ghi trong văn bản cam kết hoặc có thể kiểm tra thông tin về địa chỉ cơ sở sản xuất qua chính quyền sở tại như Công an, Thuế địa phương, tổ dân phố,…

đ.2) Kiểm tra quyền sở hữu hợp pháp về nhà xưởng, máy móc, thiết bị của cơ sở sản xuất:

đ.2.1) Kiểm tra giấy tờ chứng minh quyền sử dụng hợp pháp về nhà xưởng, mặt bằng sản xuất.

đ.2.2) Kiểm tra quyền sở hữu, quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất để xác định quyền sở hữu hoặc sử dụng hợp pháp của doanh nghiệp đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất.

Nội dung kiểm tra: kiểm tra các tờ khai nhập khẩu (nếu nhập khẩu); hoá đơn, chứng từ mua máy móc, thiết bị (nếu mua trong nước); hợp đồng thuê tài chính (nếu thuê tài chính). Đối với hợp đồng thuê tài chính thì thời hạn hiệu lực của hợp đồng thuê bằng hoặc kéo dài hơn thời hạn hiệu lực của hợp đồng xuất khẩu sản phẩm;

đ.3) Kiểm tra năng lực sản xuất, công suất hoạt động của dây chuyền máy móc, thiết bị, số lượng công nhân làm việc tại cơ sở sản xuất để xác định sự phù hợp với mặt hàng, lượng nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu.

e) Lập Biên bản kiểm tra cơ sở sản xuất:

Kết thúc kiểm tra, công chức hải quan lập Biên bản kiểm tra cơ sở sản xuất theo các nội dung đã kiểm tra. Nội dung Biên bản kiểm tra cơ sở sản xuất phản ánh đầy đủ, trung thực với thực tế kiểm tra, có kết luận kiểm tra cơ sở sản xuất; trong kết luận kiểm tra phải xác định rõ:

e.1) Doanh nghiệp có cơ sở sản xuất, có dây chuyền máy móc, thiết bị phù hợp với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu đúng như văn bản cam kết hoặc

e.2) Doanh nghiệp không có cơ sở sản xuất hoặc cơ sở sản xuất đi thuê hoặc dây chuyền máy móc, thiết bị không phù hợp với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu.

Trường hợp này thực hiện truy thu đầy đủ các loại thuế theo quy định như đối với hàng hóa nhập khẩu kinh doanh.

Biên bản kiểm tra phải có đầy đủ chữ ký của công chức hải quan thực hiện kiểm tra và người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp được kiểm tra.