Điều 48 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Hàng hoá đưa vào, đưa ra khu phi thuế quan phải được làm thủ tục hải quan, chịu sự kiểm tra giám sát hải quan. Hàng hoá thuộc loại hình nào thì áp dụng quy trình thủ tục hải quan hiện hành theo loại hình đó;

b) Hàng hoá sau đây được lựa chọn làm hoặc không làm thủ tục hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 6 Quy chế ban hành kèm theo Quyết định số 100/2009/QĐ-TTg ngày 30/7/2009 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành quy chế hoạt động của khu phi thuế quan trong khu kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu: Văn phòng phẩm, lương thực, thực phẩm, hàng tiêu dùng do doanh nghiệp trong khu phi thuế quan mua từ nội địa để phục vụ cho điều hành bộ máy văn phòng và sinh hoạt của cán bộ, công nhân làm việc tại doanh nghiệp.

c) Hàng hoá sau đây không phải làm thủ tục hải quan:

c.1) Hàng hóa do cư dân đưa từ nội địa vào khu kinh tế thương mại đặc biệt Lao Bảo và khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo thuộc đối tượng không áp dụng mức thuế suất giá trị gia tăng 0% theo quy định tại khoản 3 Điều 9 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 và Nghị định số 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ;

c.2) Hàng hoá là sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa qua chế biến thành sản phẩm khác hoặc qua sơ chế thông thường của cư dân tự sản xuất, đánh bắt đưa từ khu kinh tế thương mại đặc biệt Lao Bảo và khu kinh tế cửa khẩu quốc tế Cầu Treo vào nội địa thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính.

d) Hàng hoá từ nội địa Việt Nam hoặc từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu đưa vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu không được mở tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu theo quy định tại Thông tư 116/2010/TT-BTC ngày 04/08/2010 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư 137/2009/TT-BTC ngày 03/7/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện một số điều của Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg ngày 02/3/2009 của Thủ tướng Chính phủ ban hành cơ chế, chính sách tài chính đối với khu kinh tế cửa khẩu.

a) Doanh nghiệp nội địa làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu tại Chi cục hải quan ở nội địa hoặc Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan. Trường hợp thủ tục hải quan được làm tại Chi cục hải quan ở nội địa thì việc vận chuyển hàng đến khu phi thuế quan được thực hiện theo quy định đối với hàng xuất khẩu chuyển cửa khẩu.

Doanh nghiệp trong khu phi thuế quan làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình nhập khẩu tại Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan.

b) Việc kiểm tra thực tế hàng hoá thực hiện theo quy định đối với hàng hoá xuất khẩu ra nước ngoài. Trường hợp hàng hoá đưa vào khu phi thuế quan do Chi cục hải quan khác Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan làm thủ tục, nếu phát hiện có dấu hiệu vi phạm thì Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan thực hiện kiểm tra lại hàng hoá theo quy định.

a) Hàng hoá từ khu phi thuế quan xuất khẩu ra nước ngoài làm thủ tục hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu.

b) Hàng hoá do doanh nghiệp trong khu phi thuế quan nhập khẩu từ nước ngoài hoặc từ nội địa sau đó xuất khẩu nguyên trạng ra nước ngoài thì khi làm thủ tục xuất khẩu ra nước ngoài, doanh nghiệp khai cụ thể trên tờ khai xuất khẩu "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài tại tờ khai số..." hoặc "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nội địa tại tờ khai số..." kèm theo tờ khai nhập khẩu ban đầu, bản kê chi tiết (nếu có).

a) Doanh nghiệp trong khu phi thuế quan làm thủ tục xuất khẩu theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu; doanh nghiệp nội địa làm thủ tục nhập khẩu theo quy định đối với từng loại hình nhập khẩu. Địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu là trụ sở của Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan.

b) Để làm cơ sở cho doanh nghiệp nội địa tính toán số tiền thuế phải nộp khi làm thủ tục nhập khẩu, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan phải thực hiện như sau:

b.1) Trường hợp sản phẩm xuất khẩu được sản xuất tại khu phi thuế quan, trước khi làm thủ tục xuất khẩu phải thông báo với cơ quan hải quan định mức nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài, cấu thành trong sản phẩm sản xuất.

Khi làm thủ tục xuất phải khai rõ trên tờ khai xuất khẩu tên, chủng loại nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu cấu thành trong sản phẩm đó.

b.2) Trường hợp hàng hoá do doanh nghiệp trong khu phi thuế quan nhập khẩu từ nước ngoài hoặc từ nội địa sau đó xuất khẩu nguyên trạng vào nội địa thì khi làm thủ tục xuất khẩu vào nội địa, doanh nghiệp khai cụ thể trên tờ khai xuất khẩu "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài tại tờ khai số..." hoặc "xuất khẩu nguyên trạng hàng hoá nhập khẩu từ nội địa tại tờ khai số..." kèm theo tờ khai nhập khẩu ban đầu, bản kê chi tiết (nếu có).

b.3) Doanh nghiệp trong khu phi thuế quan phải cung cấp cho doanh nghiệp nội địa đầy đủ hồ sơ, số liệu để doanh nghiệp nội địa tính số tiền thuế phải nộp.

a) Trường hợp doanh nghiệp nội địa nhận gia công hàng hoá cho doanh nghiệp trong khu phi thuế quan: Doanh nghiệp nội địa thông báo hợp đồng gia công và làm thủ tục hải quan đối với hợp đồng gia công đó tại Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan. Thủ tục hải quan thực hiện như nhận gia công cho thương nhân nước ngoài.

b) Trường hợp doanh nghiệp nội địa đặt doanh nghiệp trong khu phi thuế quan gia công hàng hoá: Doanh nghiệp nội địa thông báo hợp đồng gia công và làm thủ tục hải quan cho hợp đồng gia công đó tại tại Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan hoặc Chi cục hải quan trong nội địa. Thủ tục hải quan thực hiện như doanh nghiệp nội địa đặt gia công tại nước ngoài.

a) Khách hàng vào mua hàng tại cửa hàng, siêu thị trong khu phi thuế quan đưa vào nội địa phải nộp thuế theo quy định đối với hàng nhập khẩu trước khi đưa hàng ra khỏi khu phi thuế quan.

Đối với khách mua hàng là đối tượng được mua hàng miễn thuế theo định mức tại khu phi thuế quan trong khu kinh tế cửa khẩu đưa vào nội địa theo quy định của Thủ tướng Chính phủ tại Quy chế hoạt động của Khu phi thuế quan thì phải nộp thuế phần hàng hoá vượt định mức miễn thuế.

b) Khách hàng vào mua hàng tại cửa hàng, siêu thị trong khu phi thuế quan phải xuất trình giấy chứng minh nhân dân (dưới đây viết tắt là CMND) hoặc hộ chiếu (đối với khách hàng là người nước ngoài) với doanh nghiệp bán hàng khi mua hàng và hải quan giám sát cổng khi mang hàng ra khỏi khu phi thuế quan.

c) Khi bán hàng cho khách, doanh nghiệp bán hàng phải có hoá đơn bán hàng và sổ theo dõi bán hàng, trong đó ghi rõ: tên, địa chỉ, số CMND hoặc số hộ chiếu của người mua hàng; số lượng, đơn giá, trị giá hàng hoá bán cho từng người mua.

d) Tuỳ theo điều kiện cụ thể tại từng khu phi thuế quan, việc thu thuế đối với hàng hoá mua tại khu phi thuế quan đưa vào nội địa thực hiện theo một trong hai cách sau:

d.1) Người mua hàng kê khai nộp thuế tại hải quan cổng kiểm soát khu phi thuế quan:

d.1.1) Người mua hàng trước khi đưa hàng ra khỏi khu phi thuế quan phải kê khai hàng hoá thuộc diện nộp thuế vào tờ khai phi mậu dịch; nộp tờ khai, xuất trình Giấy chứng minh nhân dân, hàng hoá, hoá đơn bán hàng (liên dành cho người mua hàng ) cho Hải quan cổng khu phi thuế quan;

d.1.2) Hải quan cổng khu phi thuế quan: Đối chiếu Giấy chứng minh nhân dân do người mang hàng xuất trình với người mang hàng; đối chiếu hàng hoá với tờ khai hải quan và hoá đơn bán hàng; nếu phù hợp thì viết biên lai thu thuế và thu tiền thuế, nộp tiền thuế thu được vào Ngân sách Nhà nước theo đúng quy định pháp luật

d.2) Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan uỷ nhiệm cho doanh nghiệp bán hàng thu thuế:

d.2.1) Việc uỷ nhiệm cho doanh nghiệp bán hàng thu thuế thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 3 Nghị định 83/2013/NĐ-CP. Trách nhiệm của bên được uỷ nhiệm, trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3, khoản 4 Điều 3 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP.

d.2.2) Khi đưa hàng ra khỏi khu phi thuế quan, người mua hàng phải xuất trình Giấy chứng minh nhân dân, hàng hoá, hoá đơn mua hàng, biên lai thu thuế cho Hải quan giám sát cổng khu phi thuế quan;

d.2.3) Hải quan cổng khu phi thuế quan có trách nhiệm: đối chiếu CMND do người mang hàng xuất trình với người mang hàng; đối chiếu hàng hoá với hoá đơn bán hàng, biên lai thu thuế. Nếu qua kiểm tra, đối chiếu phát hiện có sự không phù hợp giữa người mang hàng với ảnh người trong CMND; giữa số CMND ghi trong hoá đơn bán hàng, biên lai thu thuế với số trong CMND do người mang hàng xuất trình; giữa hàng hoá mang ra với hàng hoá ghi trong hoá đơn bán hàng, biên lai thu thuế thì lập biên bản vi phạm và xử lý theo đúng quy định pháp luật.

a) Khu phi thuế quan phải có hàng rào ngăn cách với bên ngoài, có cổng kiểm soát hải quan để giám sát hàng hoá đưa ra, đưa vào khu phi thuế quan.

b) Hàng hoá đưa ra, đưa vào khu phi thuế quan, hàng hoá vận chuyển qua khu phi thuế quan để nhập khẩu vào nội địa hoặc xuất khẩu ra nước ngoài phải đi qua cổng kiểm soát hải quan và phải chịu sự giám sát của Hải quan cổng kiểm soát này.

c) Hàng hoá từ nước ngoài nhập khẩu vào nội địa hoặc hàng hoá từ nội địa xuất khẩu ra nước ngoài khi đi qua khu phi thuế quan phải đi đúng tuyến đường do Hải quan quản lý khu phi thuế quan phối hợp với Ban quản lý khu phi thuế quan quy định.

a) Đối với doanh nghiệp sản xuất kinh doanh trong khu phi thuế quan: định kỳ sáu tháng một lần phải báo cáo cơ quan hải quan về hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong kỳ và báo cáo xuất-nhập-tồn; thời hạn nộp báo cáo chậm nhất sau kỳ báo cáo 15 ngày.

Hồ sơ báo cáo gồm:

a.1) Bảng tổng hợp tờ khai nhập khẩu nguyên liệu, vật tư trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 31/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

a.2) Bảng tổng hợp hoá đơn nguyên liệu, vật tư mua tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 32/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

a.3) Bảng tổng hợp tờ khai xuất khẩu sản phẩm trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 33/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này );

a.4) Bảng tổng hợp hoá đơn sản phẩm bán tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 34/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

a.5) Bảng tổng hợp nguyên liệu, vật tư đã sử dụng để sản xuất sản phẩm xuất khẩu và bán tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 35/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

a.6) Bảng báo cáo nguyên liệu, vật tư nhập-xuất-tồn trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 36/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

a.7) Hoá đơn (bản chụp) mua nguyên, vật tư tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có);

a.8) Hoá đơn (bản chụp) bán sản phẩm tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có).

b) Đối với doanh nghiệp kinh doanh thương mại thuần tuý trong khu phi thuế quan thì một tháng một lần phải báo cáo hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trong kỳ và báo cáo xuất-nhập-tồn kho với cơ quan hải quan quản lý khu phi thuế quan. Thời hạn nộp hồ sơ báo cáo chậm nhất là ngày thứ 15 của tháng tiếp theo.

Hồ sơ báo cáo gồm:

b.1) Bảng tổng hợp hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 37/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này);

b.2) Bảng tổng hợp hàng hoá nhập khẩu từ nội địa trong kỳ báo cáo (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 38/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

b.3) Bảng tổng hợp hàng hoá mua tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có): 02 bản (mẫu số 39/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

b.4) Bảng tổng hợp hàng hoá bán tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 40/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

b.5) Bảng tổng hợp hàng hoá xuất khẩu trong kỳ báo cáo (nếu có): 02 bản chính (mẫu số 41/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

b.6) Bảng báo cáo hàng hoá nhập-xuất-tồn trong kỳ báo cáo: 02 bản chính (mẫu số 42/HSBC-PTQ/2013 phụ lục III ban hành kèm Thông tư này);

b.7) Hoá đơn (bản chụp) mua hàng, bán hàng tại khu phi thuế quan trong kỳ báo cáo (nếu có).

c) Đối với hàng gia công: thực hiện theo quy định đối với loại hình gia công.

d) Đối với doanh nghiệp vừa sản xuất kinh doanh, vừa kinh doanh thương mại thuần tuý, vừa gia công hàng hoá: loại hình nào báo cáo theo loại hình đó.

đ) Kiểm tra báo cáo nhập-xuất-tồn:

đ1) Doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm về việc khai báo và sử dụng hàng hóa.

đ2) Cơ quan Hải quan thực hiện tiếp nhận báo cáo nhập-xuất-tồn do doanh nghiệp nộp; trên báo cáo nhập-xuất-tồn ghi rõ ngày, tháng, năm tiếp nhận; ký tên, đóng dấu số hiệu công chức hải quan tiếp nhận.

Trên cơ sở đánh giá quá trình tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp, Chi cục hải quan quản lý khu phi thuế quan thực hiện kiểm tra xác suất để đánh giá việc tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp; kiểm tra hàng tồn kho nếu xét thấy cần thiết; nếu phát hiện vi phạm pháp luật, hàng hoá nhập khẩu vào khu phi thuế quan bị thẩm lậu vào nội địa thì xử lý vi phạm theo đúng quy định pháp luật.

Trường hợp phát hiện hàng từ nội địa đưa vào khu phi thuế quan, sau đó thẩm lậu trở lại nội địa thì hải quan quản lý khu phi thuế quan thông báo cho Cục thuế nơi có trụ sở doanh nghiệp nội địa đưa hàng vào khu phi thuế quan biết để phối hợp xử lý.