Điều 130 Thông tư 128/2013/TT-BTC quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất, nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất, nhập khẩu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định.

Khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) được trừ thuế với nội dung "Số tiền thuế được trừ ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm ... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của..."; đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi (Mẫu dấu thực hiện theo mẫu số 14/MDHT/2013 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này).

b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng cùng loại hình nhập khẩu, cơ quan hải quan thực hiện bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn với số tiền thuế nợ hoặc tiền chậm nộp hoặc tiền phạt người nộp thuế còn nợ.

c) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng không cùng loại hình nhập khẩu phải nộp ngân sách, cơ quan hải quan viết giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước hoặc giấy nộp tiền vào tài khoản để nộp thay người nộp thuế theo đúng số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt người nộp thuế còn nợ.

d) Trường hợp sau khi đã thực hiện bù trừ như nêu trên mà còn thừa, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt được hoàn, nộp thừa làm thủ tục hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn lại cho người nộp thuế.

Trường hợp người nộp thuế đề nghị không hoàn trả lại tiền thuế được hoàn hoặc tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa sau khi đã thực hiện thanh toán hết các khoản nợ theo thứ tự thanh toán tiền thuế mà có văn bản đề nghị cho bù trừ vào số tiền thuế phát sinh của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần sau, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn, tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện bù trừ theo đề nghị của người nộp thuế như hướng dẫn tại điểm a khoản này.

a) Trường hợp người nộp thuế không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt và không yêu cầu bù trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo, cơ quan hải quan gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn thuế cho Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế. Trường hợp cơ quan hải quan đã bù trừ một phần tiền thuế có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì trong giấy đề nghị hoàn thuế gửi Kho bạc Nhà nước ghi rõ số tiền còn lại của quyết định hoàn thuế đề nghị được hoàn. Căn cứ quyết định hoàn thuế do cơ quan hải quan ban hành, Kho bạc Nhà nước thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.

Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:

- Trường hợp khoản thu chưa quyết toán, Kho bạc Nhà nước thực hiện thoái thu theo đúng mục lục ngân sách Nhà nước.

- Trường hợp khoản thu đã quyết toán, Kho bạc Nhà nước hạch toán chi ngân sách theo số tiền tương ứng và gửi 01 bản chứng từ hoàn trả thuế (chứng từ giấy hoặc chứng từ điện tử) cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt để theo dõi, quản lý.

b) Trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế quá hạn tiền chậm nộp, tiền phạt của các lô hàng khác nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (mẫu số 05/ĐNHT kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013 của Bộ Tài chính về hướng dẫn thực hiện kế toán áp dụng cho hệ thống thông tin quản lý ngân sách và nghiệp vụ Kho bạc (TABMIS), trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan hải quan nơi hoàn trả để xem xét giải quyết. Sau khi cơ quan hải quan kiểm tra, xác định số thuế được bù trừ có cùng sắc thuế hoặc giữa các sắc thuế với nhau tại cùng địa bàn thu ngân sách thì gửi giấy đề nghị hoàn thuế kèm theo quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách Nhà nước cho Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại nơi hoàn trả thuế để Kho bạc Nhà nước hoặc Ngân hàng thương mại hạch toán theo quy định;

Khi bù trừ tiền thuế, cơ quan hải quan nơi người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phải đối chiếu trên mạng theo dõi nợ thuế và xử lý theo trình tự như sau:

Nếu người nộp thuế không còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt thì thực hiện hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho người nộp thuế theo đúng quy định;

Khi bù trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp lần sau của người nộp thuế, cơ quan hải quan đóng dấu trên tờ khai hải quan được trừ thuế (bản gốc người khai hải quan lưu và bản gốc lưu tại đơn vị hải quan) với nội dung "Số tiền thuế được trừ ... đồng, theo Quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa số... ngày... tháng... năm ... của... và Quyết định khấu trừ số... ngày... tháng... năm... của..."; đồng thời đóng dấu ghi rõ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã trừ và số, ngày, tháng, năm của tờ khai hải quan được bù trừ lên bản chính quyết định hoàn thuế, các tờ khai hải quan được hoàn thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, chứng từ nộp thuế của tờ khai hải quan được hoàn thuế để theo dõi (Mẫu dấu thực hiện theo mẫu số 14/MDHT/2013 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này).

Việc hạch toán hoàn trả thực hiện như sau:

b.1) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế đồng thời là kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì việc hạch toán hoàn trả thực hiện theo hướng dẫn tại điểm a khoản này. Việc hạch toán thu ngân sách thực hiện theo lệnh thu của cơ quan hải quan, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.

b.2) Trường hợp Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả thuế khác với Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế thì Kho bạc Nhà nước nơi hoàn trả hạch toán hoàn trả thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này chuyển số tiền được hoàn trả cùng với lệnh thu ngân sách của cơ quan hải quan cho Kho bạc Nhà nước nơi thu thuế để hạch toán thu ngân sách Nhà nước theo đúng nội dung ghi trên lệnh thu, thanh toán số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn thừa (nếu có) cho người nộp thuế.

c) Kho bạc Nhà nước sau khi thực hiện hoàn trả thuế gửi một (01) bản chứng từ hoàn trả thuế cho cơ quan hải quan nơi ban hành quyết định hoàn thuế/hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa để theo dõi, quản lý.