Công văn 5474/TXNK-CST năm 2017 do Cục Thuế xuất nhập khẩu ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc liên quan đến việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu nhưng sau đó lại xuất khẩu. Nội dung công văn tập trung phân định rõ thẩm quyền giải quyết, căn cứ pháp lý áp dụng và quy trình phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế nhằm đảm bảo thực thi đúng quy định pháp luật.

- Thẩm quyền giải quyết hoàn thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu

Công văn làm rõ nguyên tắc phân định thẩm quyền giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế trong việc xử lý thuế GTGT đối với loại hình hàng hóa này:

• Cơ quan Hải quan không thực hiện hoàn trả số thuế GTGT mà doanh nghiệp đã nộp ở khâu nhập khẩu đối với hàng hóa sau đó tái xuất (bao gồm cả trường hợp xuất trả lại cho chủ hàng nước ngoài, xuất sang nước thứ ba hoặc xuất vào khu phi thuế quan).
• Thẩm quyền giải quyết hoàn thuế GTGT thuộc về cơ quan Thuế địa phương nơi doanh nghiệp đăng ký trụ sở chính và kê khai nộp thuế. Việc xử lý được thực hiện thông qua cơ chế khấu trừ thuế GTGT đầu vào hoặc hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.

- Căn cứ pháp lý áp dụng

Hướng dẫn tại Công văn 5474/TXNK-CST được xây dựng dựa trên hệ thống văn bản quy phạm pháp luật hiện hành về thuế, bao gồm:

• Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13.
• Nghị định số 100/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT.
• Thông tư số 130/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn chi tiết về điều kiện, hồ sơ và thủ tục khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa xuất khẩu.

- Điều kiện và thủ tục khấu trừ, hoàn thuế tại cơ quan Thuế

Để được cơ quan Thuế chấp thuận khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, người nộp thuế phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

• Có chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu (giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước) đối với lô hàng đã nhập khẩu trước đó.
• Có tờ khai hải quan xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục thông quan và có xác nhận thực xuất của cơ quan Hải quan.
• Có hợp đồng xuất khẩu hoặc hợp đồng bán hàng hóa, gia công hàng hóa ký kết với thương nhân nước ngoài theo quy định.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (thanh toán qua ngân hàng) đối với hàng hóa xuất khẩu theo đúng quy định của pháp luật về thuế GTGT.
• Doanh nghiệp thực hiện kê khai, tổng hợp số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu vào tờ khai thuế GTGT gửi cơ quan Thuế quản lý trực tiếp để được khấu trừ hoặc hoàn thuế theo định kỳ.

- Trách nhiệm phối hợp của các cơ quan quản lý và lưu ý cho doanh nghiệp

Văn bản cũng đưa ra các chỉ dẫn nhằm tối ưu hóa quy trình phối hợp giữa các bên liên quan:

• Cơ quan Hải quan có trách nhiệm kiểm tra, giám sát chặt chẽ quy trình xuất khẩu, xác nhận thực xuất trên hệ thống dữ liệu điện tử và cung cấp thông tin tờ khai xuất khẩu cho cơ quan Thuế khi có yêu cầu đối chiếu, xác minh.
• Doanh nghiệp cần phân biệt rõ ràng giữa hoàn thuế nhập khẩu (thuộc thẩm quyền của cơ quan Hải quan) và hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu (thuộc thẩm quyền của cơ quan Thuế) để nộp hồ sơ đúng cơ quan tiếp nhận, tránh việc nộp sai nơi gây chậm trễ trong quá trình giải quyết quyền lợi thuế.