Tổng cục Thuế nhận được Công văn số 2942/CT-THNVDT ngày 20/7/2017 của Cục Thuế tỉnh Quảng Trị v/v hoàn thuế GTGT khâu nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa và Công văn số 10/TH ngày 30/8/2017 của Công ty CP ĐT&PT Trường Hưng (do Cục Thuế tỉnh Nghệ An quản lý) v/v hoàn thuế GTGT năm 2016. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Trên cơ sở vướng mắc của Cục Thuế tỉnh Quảng Trị và Công ty CP ĐT&PT Trường Hưng tại các Công văn nêu trên, Tổng cục Thuế đã có ý kiến với Tổng cục Hải quan trong việc chỉ đạo cơ quan Hải quan địa phương thực hiện giải quyết hoàn thuế GTGT theo đúng quy định.

Ngày 11/10/2017, Tổng cục Hải quan có Công văn số 6653/TCHQ-TXNK v/v hoàn thuế GTGT gửi Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị, Cục Hải quan tỉnh Quảng Bình, cụ thể:

“1. Đối với tờ khai xuất khẩu trước ngày 01/7/2016

Giao Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị, Cục Hải quan tỉnh Quảng Bình phối hợp với cơ quan liên quan (cơ quan thuế, cơ quan kiểm lâm) thực hiện kiểm tra, rà soát toàn bộ hồ sơ nhập khẩu, xuất khẩu, so sách chứng từ kế toán, chứng từ thanh toán, hồ sơ lâm sản và các giao dịch có liên quan đến các lô gô nhập khẩu sau đó tái xuất sang nước thứ ba của Công ty TNHH MTV Long Đại Tiến, Công ty CP Đầu tư và Phát triển Trường Hưng. Kết quả kiểm tra nếu đủ cơ sở xác định các loại gỗ trên tờ khai xuất khẩu phù hợp về chủng loại, quy cách, phẩm cấp gỗ trên các tờ khai nhập khẩu trước đó; Công ty TNHH MTV Long Đại Tiến, Công ty CP Đầu tư và Phát triển Trường Hưng đã nộp số tiền thuế GTGT ở khâu nhập khẩu nhưng chưa được cơ quan thuế địa phương hoàn trả thì cơ quan hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp theo quy định tại Điều 49, Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015.

Trường hợp Công ty TNHH MTV Long Đại Tiến, Công ty CP Đầu tư và Phát triển Trường Hưng đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT với cơ quan thuế nhưng chưa được xử lý hoàn thuế GTGT thì cơ quan hải quan phối hợp với cơ quan thuế liên quan hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện kê khai điều chỉnh lại và nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT cho cơ quan hải quan.

2. Đối với tờ khai xuất khẩu từ ngày 01/7/2016

Cục Hải quan tỉnh Quảng Trị, Cục Hải quan tỉnh Quảng Bình hướng dẫn Công ty TNHH MTV Long Đại Tiến, Công ty CP Đầu tư và Phát triển Trường Hưng thực hiện theo quy định tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016.”

Căn cứ hướng dẫn của Tổng cục Hải quan tại nêu trên, Tổng cục Thuế đề nghị Cục Thuế tỉnh Quảng Trị, Cục Thuế tỉnh Nghệ An phối hợp với cơ quan Hải quan liên quan thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn số 6653/TCHQ-TXNK đối với những hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế thuộc trường hợp hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa.

Tổng cục Thuế Cục Thuế tỉnh Quảng Trị, Cục Thuế tỉnh Nghệ An biết và thực hiện./.